ПОИСК Статьи Рисунки Таблицы Молекулярная динамика белка из "Биофизика Т.1" Мы рассмотрели основные экспериментальные и теоретические подходы к изучению и физическому моделированию внутримолекулярной динамики биополимеров и, в первую очередь, белка. Связывание низкомолекулярных лигандов с белком гема представляет собой простую реакцию, на примере которой удобно показать, как применяются выше изложенные представления. [c.327] Полоса III является следствием образования связи низкоспинового железа с порфирином в комплексе с переносом заряда, включающего орбитали железа и порфирина. Положение максимума зависит от расстояния между железом и плоскостью гема и увеличивается с расстоянием. Другой фактор, влияющий на положение максимума полосы III, связан с конформационным состоянием белка в области Р-спирали, где локализован проксимальный гис-93 (рис. XI. 18). Движение Р-спирали отражается на положении полосы III, которая характеризует таким образом конформационные перестройки в белке. [c.328] Па рис. XI. 19 показана карта конформационной энергии Mb. В центре находится энергетический минимум, соответствуюш ий гидрофорбному карману, на краю которого локализован атом железа. Наиболее короткий путь лиганда из кармана на периферию молекулы гема проходит между гис Е7 и вал Е11. [c.329] НОСИТЬ функциональный характер, обеспечивающий диффузию лиганда в белковой глобуле. [c.330] Рассмотрим теперь, какие экспериментальные данные подтверждают это предположение. [c.330] С формальной точки зрения процесс рекомбинации (рис. XI. 20) включает несколько температурно зависимых стадий, каждая из которых имеет собственную энергию активации, что свидетельствует от структурных перестройках в белке. [c.330] В силу этого и наблюдается красный сдвиг полосы III на 100-200 см по отношению к положению 13000 см равновесной дезоксиформы МЬ. Совокупность молекул МЬ характеризуется набором разных конформационных подсостояний с соответствующим набором расстояний х до плоскости гема. При низких температурах (Т 50 К) лиганды СО, находящиеся вблизи Ре + разных г, могут рекомбинировать с Ре +, переводя железо в исходное низкоспиновое состояние. Рекомбинация происходит преимущественно с формами МЬ, где железо находится на больших расстояниях г от плоскости гема, что приводит к необратимому изменению полосы III и уменьшению исходного поглощения. [c.330] Наблюдаемая общая скорость рекомбинации СО + МЬ МЬСО характеризуется набором констант скоростей, отвечающих распределению МЬ по конформационным состояниям, т.е. по значениям х и соответствующим энергетическим барьерам активации. [c.332] Вернуться к основной статье