ПОИСК Статьи Рисунки Таблицы Пакеты прикладных программ для полного анализа нуклеотидных последовательностей секвенированных фрагментов ДНК из "Секвенирование ДНК" Многие компьютерные программы тех лет представляли собой небольшие программки для решения конкретных задач, вроде поиска сайтов рестрикционных эндонуклеаз, определения размеров получающихся фрагментов после расщепления ими молекул ДНК или определения молекулярной массы таких фрагментов, их нуклеотидного состава. С целью некоторого упорядочения информации обо всех этих программах и лучшей ориентации исследователей был подготовлен специальный указатель, вобравший в себя максимально возможное число известных к тому времени компьютерных программ и дающий краткое описание их возможностей [Rawling, 1986].Однако становилась очевидной насущная потребность создания так называемых пакетов прикладных программ, которые бы позволяли проводить целый ряд необходимых операций по всевозможному анализу секвенированных фрагментов ДНК, начиная от занесения последовательности нуклеотидов в компьютер до выявления особенностей кодируемых ими белков. [c.339] Чтобы выявить какие-то особенности или характерные черты исследуемого гена или фрагмента ДНК, необходимо провести анализ его нуклеотидной последовательности, ставшей известной в результате секвенирования. Причем, зачастую требуется всесторонний анализ, который более удобно осуществить с помощью интегрированного пакета специализированных программ. В настоящее время имеется широкий выбор различных пакетов таких программ, отличающихся требованиями, предъявляемыми ими к самой компьютерной технике, к операционным системам. В силу особенностей компьютерного парка нашей страны, представленного подавляющим количеством IBM-совместимых компьютеров, программы, написанные для других типов машин, здесь, за редкими исключениями, упоминаться не будут. [c.340] Еще один уже упоминавшийся выше модуль MapDraw из пакета программ Lasergene рассчитан на поиск в секвенированной последовательности сайтов различных рестрикционных эндонуклеаз, поиск открытых рамок считывания и их трансляцию в белковые продукты. Построение как линейных, так и кольцевых карт сопровождается возможностью добавления большого числа поясняющих символов различных элементов. Важной чертой этого модуля является создание рисунков, пригодных для публикации. [c.343] Широкие возможности анализа белков заключены в модуле Protean. Так, данная программа позволяет выявлять в исследуемых белках участки с а-спиральной структурой и Р-складками и прочие элементы их структурной организации, рассчитывать гидрофильные и гидрофобные области белков, предсказывать физико-химические и электрофоретические свойства анализируемых с помощью компьютера белков. [c.343] Важным элементом анализа секвенированных последовательностей ДНК является их сравнение друг с другом или так называемое множественное выравнивание. Ранее большинство компьютерных программ позволяло одновременно сравнивать друг с другом только две последовательности, что снижало ценность получаемых результатов. В настоящее время уже многие программы анализа ДНК и белков рассчитаны на одновременный анализ большого числа родственных последовательностей. Такая же возможность реализована в модуле Meg Align пакета программ Lasegene. Причем данный пакет позволяет проводить множественное выравнивание как последовательностей ДНК, так и белков. Повышению достоверности проведенного анализа способствует возможность ручного редактирования и окончательного доведения таких данных, поскольку случается так, что компьютер в некоторых случаях дает определенные систематические ошибки. Затем на основе уже выравненных последовательностей можно реконструировать филогенетические деревья, с вычисленным процентом сходства и генетическими расстояниями. Полученные результаты возможно сохранить в виде специальных файлов, что весьма удобно. [c.343] Вернуться к основной статье