В флуоресцентной микроскопии обычно используют два красителя флуоресцеин и тетраметилродамин, структуры которых представлены на данном рисунке. Флуоресцеин излучает желто-зеленый свет после активации светом соответствующей длины волны. Родамин излучает красный свет. Часть молекулы, обозначенная цветом, указывает на расположение химически активной группы в этом положении, как правило, формируется ковалентная связь между красителем и белком В настоящее время промышленность выпускает несколько вариантов этих красителей с различными типами реакционно-активных групп, что позволяет нацелить этот краситель либо на 8Н-группы, либо на МНг-группы