Сходство аминокислотной последовательности бактериальных и эукариотических РНК-по-лимераз дает основание предположить, что эти ферменты имеют обшее эволюционное происхождение. Полагают, что с ДНК связываются самые большие субъединицы РНК-полимераз из клеток Е. соИ, дрожжей и дрозофилы . Закрашенные участки последовательности гомологичны более, чем на 70 у дрожжей и дрозофилы и более, чем на 40 -у дрозофилы и Е. соИ. Показано, что на карбоксильном конце эукариотических субъединиц имеется уникальная последовательность Ser-Pro-Ser Tyr-S r-Pro-Thr, функция которой неизвестна