ПОИСК Статьи Рисунки Таблицы Пример 1 сериновые протеазы из "Структура и механизм действия ферментов" Сначала в результате атаки субстрата гидроксилом 5ег-195 образуется нековалентно связанное промежуточное соединение, превращающееся в тетраэдрическое промежуточное соединение. Затем это соединение распадается с образованием ацилфермента с высвобождением амина или спирта. Далее происходит гидролиз ацилфермента и образование комплекса фермент—продукт. Кристаллографические исследования позволили установить структуру большинства из этих комплексов. [c.37] Природа предоставила нам редкую возможность установить структуру фермент-субстратных комплексов трипсина и химотрипсина с полипептидами, создав множество ингибиторов-полипептидов, которые очень прочно связываются с трипсином и химотрипсином, поскольку зафиксированы в той конформации, которую субстрат принимает при связывании [52]. Эти полипептиды не гидролизуются при физиологических условиях, так как подвижность аминогруппы, которая высвобождается при расщеплении пептида, ограничена и она не может диффундировать из активного центра фермента. При устранении ограничений в панкреатическом ингибиторе трипсина путем восстановления дисульфидного мостика в полипептидной цепи пептидная связь между Ьуз-15 и А1а-16 легко расщепляется трипсином [53]. Структура трипсина, его комплекса с основным панкреатическим ингибитором трипсина и свободного ингибитора была установлена при разрешении 1,4, 1,9 и 1,7 А соответственно [54]. Полученные данные относятся к числу наиболее точных — положение атомов известно с точностью 0,1—0,2 А. Эти и другие исследования дали следующую информацию относительно связывания субстратов [55—65]. [c.39] Карман, связывающий субстрат в химотрипсиие, можно назвать гидрофобным карманом , поскольку он образован неполярными боковыми цепями аминокислот. Эти цепи создают подходящую среду, необходимую для связывания неполярных или гидрофобных боковых цепей субстратов. Физическая природа и прочность гидрофобных сил обсуждаются в гл. 9. [c.40] Участок гидрофобного связывания в субтилизине представляет собой не столь четко выраженную впадину, как у панкреатических ферментов он больше похож на неглубокую выемку. [c.40] Образование же водородных связей характерно в равной степени для всех ферментов (рис. 1.12). [c.41] Участок связывания реакционноспособного кислорода карбонильной группы локализован на полипептидном остове между ЫН-группами 5ег-195 и 01у-195. Образующиеся здесь водородные связи имеют большое значение, поскольку кислород в процессе реакции приобретает отрицательный заряд. Водородная связь имеется также между ЫН-группой Ы-ациламинового фрагмента субстрата и С=0-группой 5ег-214. [c.41] Вернуться к основной статье