Реверсивные повороты предсказание

В реверсивных поворотах цепи следует учитывать относительное положение остатка. Информация только об отдельных остатках (синглетах) была использована также для предсказания реверсивных поворотов. Льюис и сотр. [326] определили реверсивные повороты пептидной цепи как фрагменты из четырех остатков / + 1, I + 2, 1 + 3, в которых расстояние между Са,-атомами в положе- [c.132]

Подобные частоты встречаемости использованы Кроуфордом и сотр. [200] и позднее Чоу и Фасманом [340] для предсказания реверсивных поворотов цепи, идентифицированных согласно данным Льюиса и сотр. [326]. В табл. 6.2 приведены частоты встречаемости, найденные Льюисом и сотр. [326], а также Чоу и Фасманом [340]. Однако чтобы придать таблице компактный вид, в ней перечислены только усредненные значения частот встречаемости остатков в реверсивных поворотах цепей. Для некоторых остатков различия положений заметны Рго находят почти исключительно в положении г + 1, а Тгр — только в положении / + 3. [c.133]

Предсказание 01-спирали, -структуры и реверсивного поворота (г/) для 24 К-концевых остатков аденилаткиназы [389] с помощью процедуры Чоу и [c.144]

Реверсивные повороты содержат главным образом полярные остатки. Простой стереохимический подход для предсказания поворотов цепи был предложен Кунтцем [203]. Автор обратил внимание на то, что повороты располагаются почти исключительно на поверхности белка. В связи с этим он высказал предположение, что все триплеты полярных остатков (обозначенные буквой Т в табл. 6.2) имеют конформацию реверсивного поворота. [c.141]

Предсказание реверсивного поворота. Для предсказания поворота Чоу и Фасман [340] применили метод Льюиса и сотр. [326] с расширенным базовым набором. Потенциал реверсивного поворота тетрапептида определялся как произведение склонностей к повороту четырех остатков в положениях г, г + 1, г 2, / + 3 (разд. 6.1). Соответствующие величины показаны на рис. 6.2. С использованием порога 50 10 повороты были предскаэаны для остатков 16—23. [c.145]

Реверсивные повороты не определяются локальными взаимодействиями. В табл. 6.5 наиболее неудовлетворительными выглядят предсказания поворотов. Это объяснимо в том случае, если считать, что повороты цепи, несмотря на их геометрически локальную природу, определяются нелокальными взаимодействиями. При таком допущении повороты следует рассматривать как точку наименьшего сопротивления при свертывании цепи, т. е. точку вынужденного изгиба цепи. Энергетические соображения приводят к тому же зак ючению, так как поворот содержит только одну водородную [c.153]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология