Предсказания методы опробование критериев

Оценка индивидуальных результатов — ключ к дальнейшим улучшениям. Вообще говоря, для улучшения предсказаний необходимо анализировать все индивидуальные результаты отдельно. Для этого можно воспользоваться обоими рассмотренными выше случаями аденилаткиназы и Т4-лизоцима, поскольку они позволяют читателю самому оценить возможности методов. Но опять-такн следует иметь в виду, что опробование было проведено на белках, которые представляют только два из пяти классов, перечисленных в табл. 5.2. Этот недостаток удалось обойти Ленстра [382], который сравнил результаты трех индивидуальных и одного коллективного методов предсказания по всему базовому набору, используя в качестве критерия показатель Q,. Он обнаружил отчетливые различия в качестве предсказаний. По-видимому, наилучшие результаты дает коллективный метод [383]. [c.151]

Серию интересных исследований вьшолнили Е. Каба и Т. Ву [84-87]. Придерживаясь традиционного представления Полинга и Кори о структуре белка, они попытались локализовать спиральные и неспиральные участки на основе статистического анализа конформационного Состояния каждого остатка (п) с учетом влияния предшествующего (п-1) и последующего ( + 1) остатков. Авторы составили таблицу конформационных состояний трипептидов, основанную на данных по 11 белкам известной структуры. В них содержится лишь 15% общего количества возможных тройных комбинаций стандартных природных аминокислот, что недостаточно для предсказания а-спиральных, -структурных и нерегулярных участков. Поэтому предложенный Каба и Ву эмпирический алгоритм применим только для серий гомологичных белков и при использовании других, менее очевидных критериев отбора. Метод был опробован на цитохроме с, для которого известна трехмерная структура и имеются данные о последовательностях 18 гомологов. Даже в таком благоприятном случае удовлетворительного совпадения достигнуто не было. Из 24 остатков, входящих в а-спирали, правильно предсказаны 20 при 24 ошибках остальные остатки (80) не идентифицированы. [c.253]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология