Сверхпредсказание

В двух белках с неизвестной структурой более чем двум третям остатков была приписана правильная вторичная структура. Предсказательная способность методов охарактеризована в табл. 6.5,, где приведены результаты опробования на двух белках аденилаткиназе [383] и Т4-лизоциме 384], а также проиллюстрирован уровень соответствия в базовом наборе. Для каждого белка было сделано по нескольку предсказаний, однако в табл. 6.5 входят только средние значения по двум лучшим предсказаниям. Очевидно, что в параметрах (Ззз и Qзrt преобладают отрицательные правильные предсказания и что они дают завышенную оценку. Более достоверные коэффициенты корреляции Q , имеют величину 0,45 они свидетельствуют о наилучших предсказаниях для а- и наихудших для г/-структур. Значение (Зз достигает 68%, что указывает на правильное предсказание более чем двух третей остатков. Для аденилаткиназы показатели Qз и Q,, выше, чем для Т4-лизоцима,. однако значения Qз близки. Это несоответствие объясняется тем, что для аденилаткиназы число сверхпредсказаний больше, чем для Т4-лизоцима, а сверхпредсказание сильнее сказывается на значении Qз , чем на показателе Qя или Q . [c.150]

Более объективен показатель надежности эмпирических корреляций Qv, предложенный Б. Мэтьюзом [158]. Он рассчитывается по средневзвешенным значениям w, х, у, z, т.е. в нем учитываются также недопредсказания и сверхпредсказания. В выше отмеченном первом примере его значение составляет -0,17, а во втором +0,38 при максимальных изменениях от -1,0 (в случае полностью неправильных предсказаний w = х= 0) до + 1,0 (w = х = 1, у = z = 0). Таким образом, в первом примере предсказание хуже, чем среднестатистическое, беспорядочное, а во втором — несколько лучше. Значения критерия Мэтьюза для сегментов а-спиралей, -структур и -изгибов аденилаткиназы, рассчитанные по лучшим из имеющихся для этого белка предсказаниям, равны соответственно 0,56, 0,58 и 0,60, а для лизоцима Т4 —0,42, 0,28 и 0,20 [157]. [c.268]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология