Методы ab-initio и эмпирические подходы

Существующие представления о принципах структурной организации белка и путях многостадийного процесса самосборки полипептидной цепи можно отнести к трем альтернативным точкам зрения. Каждой из них отвечает свой специфический набор экспериментальных и теоретических методов, свой особый подход к изучению этого уникального природного явления и своя возможность в достижении конечной цели - количественного описания механизма сборки и расчета координат атомов нативной трехмерной структуры и динамических конформационных свойств белковой молекулы по известной аминокислотной последовательности. Обсуждению современного состояния и перспектив развития трех направлений исследований структурной самоорганизации белка, условно названных эмпирическим, теоретическим (аЬ initio) и генетическим, уделено в этой книге основное внимание. [c.6]

Интегралы межэлектронного отталкивания, встречающиеся в различных вариантах метода Попла, можно оценить двумя различными способами. Во-первых, эти интегралы можно вычислять непосредственно сейчас существует большое число программ для их оценки, которые использовались в разных расчетах аЬ initio. Однако для этой цели нельзя применять обычные ОСЦ. Это обусловлено теми же причинами, которые были указаны при рассмо- рении соответствующих интегралов в приближении Попла для я-электронных систем использование стандартных ОСЦ приводит к значениям одноцентровых интегралов, намного превышающим величины, найденные эмпирически из уравнений (10.19) и (10.20). Эти отличия могут быть уменьшены при использовании АО из расчетов атомов методом ССП. Однако такой подход не только очень трудоемок, но имеет еще тот недостаток, что не позволяет ввести поправки для учета электронной корреляции (см. разд. 5.3). Очевидным выходом из этого положения является введение в такие интегралы эмпирических поправок, с тем чтобы, например, вычисленные интегралы приближались к эмпирическим значениям одноцентровых интегралов при стремлении межъядерных расстояний к нулю. Этого можно добиться, например, путем изменения эффективного заряда ядра Z в вЬфажениях для ОСЦ. Именно такой подход был использован нами в предварительных расчетах методом ПДДП [7]. [c.556]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология