Васкес

По мнению Васкеса, Немети и Шераги, "... метод приводит к хорошим результатам в расчетах коротких олигопептидов и в очень редких, особых случаях - более сложных в отсутствие дополнительной информации его применение быстро становится неконтролируемым для пептидов из 10 и более аминокислот". Далее они высказывают точку зрения принятую, но в то же время подтверждающую высказанную выше мысль об отсутствии четкого представления о структурной организации молекул пептидов и белков. Авторы пишут "Так как в самой процедуре наращивания цепи дальние взаимодействия не могут быть учтены на ранней стадии, то, следовательно, данная процедура не будет работать, когда эти взаимодействия превалируют над ближними взаимодействиями" [136. С. 2193] Тем самым допускается, что нативные конформации белков могут находиться в напряженном состоянии. Если это так, метод последовательного наращивания полипептидной цепи, как и любой другой, связанный с минимизацией энергии, в принципе бесперспективен для предсказания пространственного строения белков. [c.242]

Васкес, Г. Немети и Г. Шерага, анализируя возможности метода с излечением статистической информации, замечают, что "...он не может ггь полезным в отсутствие сведений о дальних взаимодействиях" [136. р, 2196], иными словами, без знания трехмерных структур. [c.245]

Рис. 18.2. А. Очищенные вирионы, образующее фегуляторную двумерную решетку. Их сердцевина состоит из плотно упакованной РНК и окружена белковым чехлом толщиной примерно 5 нм. Стрелкой указан свободный от РНК пустой капсид, называемый природным верхним компонентом (ПВК). Б. Хороший кристалл полиовируса Х64. Фотография приводится с любезного разрешения Ф. Шеффера. Мелкие кристаллические скопления вируса часто обнаруживаются и в цитоплазме зараженных клеток. В. Разрушающиеся вирионы (pH 6, 20 X) белковые оболочки частично сброшены, но сердцевина остается интактной. Г. Дальнейшая диссоциация вирионов (pH 6, 37 °С) с освобождением искривленных пластинок ( козырьков фуражек ) [310]. Сердцевина теперь полностью развернута, но цепи РНК слишком тонки для того, чтобы их можно было увидеть цри таком способе окрашивания (2%-ный уранилацетат). Фотографии вируса ящура приведены с любезного разрешения К. Васкеса. X 288 ООО.

Справочник химика 21

Химия и химическая технология