Этидий комплекс с динуклеотидами

Структура кристаллов этидий-иод-ирА однозначно указывает на то, что интеркаляция лигандов вполне возможна. Она позволяет также сделать весьма интересные предположения о природе эффекта исключения мест связывания. Кольцо сахара в В-форме двойной спирали находится в конфигурации 2 -эндо (гл. 3), а в А-форме ДНК и в РНК-11 — в конфигурации Ъ -эндо. Однако в комплексе этидия с 5-иод-ирА (рис. 23.30,/ )сахар находится в конформации У-эндо у нуклеозидов, присоединенных через З -атом, и в конформации 2 -эндо у нуклеозидов, присоединенных через 5 -атом (т.е. структура соответствует 2 -эндо-иод-ир-3 -эндо-А). Такая структура наблюдалась только в динуклеотидах и может быть обусловлена концевыми эффектами, но, если предположить, что она имеет место и в полимерах, можно прийти к весьма интересным выводам. В каждой из цепей конформации сахара 2 - и У-эндо могут чередоваться (рис. 23.30, Г). и это имеет два следствия. Из-за такого чередования оказывается нарушенной симметрия относительно оси вращения второго порядка, лежащей в плоскости пары оснований. Однако ось симметрии С2, расположенная между соседними парами оснований, может сохраняться, и эта ось будет проходить теперь чдзез центр кольца связанного этидия. [c.376]

Концепция локальной симметрии играет важную роль и при анализе структуры комплекса актиномицина D с дезоксигуанозином (см. рис. 23.31,/ ).Стехиометрия этого комплекса такова, что на две молекулы дезоксигуанозина приходится одна молекула лиганда. Структура имеет ось приблизительной симметрии j, поворот вокруг которой переводит две молекулы дезоксигуанозина друг в друга и, кроме того, меняет местами пептидные кольца актиномицина. Комплекс из двух оснований и плоского кольца актиномицина очень похож на структуру с интеркалированным лнгандом. Плоскости всех трех ароматических колец параллельны друг другу, и, если к двум гуаниновым основаниям присоединить два цитидина, структура будет иметь почти такую же геометрию, как и динуклеотид с интеркалированным лнгандом. Осн симметрии j в таком комплексе — это такие же осн, как и в комплексе ДНК с интеркалированным лигандом (см. структуру комплекса ДНК с этидием). Этн осн изображены на рнс. 23.31,В, где представлена также структура комплекса ДНК с актиномицином, полученная путем экстраполяции данных для дезоксн-гуанозина. [c.377]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология