Стэкинг оснований свободная энергия

Основания имеют плоскую форму и располагаются парами перпендикулярно оси спирали. Свободная энергия водородных связей между спаренными основаниями вносит свой вклад в термодинамическую стабильность двойной спирали. Вдоль спирали основания уложены стопкой друг на друга энергия, необходимая для поддержания спиральной структуры частично обеспечивается гидрофобными межплоскостными взаимодействиями оснований (стэкинг-взаимодействия). [c.27]

В действительности оказывается, что основным источником свободной энергии при двуспиральном спаривании служит гидрофобное взаимодействие оснований, уложенных стопкой вдоль по спирали (межплоскостное, или стэкинг-взаимодействие). Каждая комбинация пар оснований имеет различную свободную энергию, на которую влияет не только состав пар, но и порядок их расположе- [c.34]

КОНСТАНТЫ АССОЦИАЦИИ И ЗНАЧЕНИЯ СВОБОДНОЙ ЭНЕРГИИ ПРЕДПОЛАГАЕМОГО СТЭКИНГА ОСНОВАНИЙ В ВОДНОМ РАСТВОРЕ ПРИ 25°С [c.309]

В последующих многочисленных работах [32—35] количественные оценки, сделанные Де Во и Тиноко, неоднократно критиковались, в частности все авторы указывали на недопустимость приближения точечных диполей и проводили учет кулоновских взаимодействий, центрируя заряды ка атомах оснований. Корректность той или иной параметризации для различных составляющих свободной энергии полинуклеотида и в настоящее время не может быть доказана с определенностью. Между тем основные идеи были высказаны именно Де Во и Тиноко и ими же теоретически было установлено наличие сильных стэкинг-взаимодей-ствий, стабилизирующих структуру однотяжевых и двухтяжевых полинуклеотидов, в то время как водородные связи, на которых основывалась ьюдель Уотсона и Крика, играют второстепенную роль. Анализируя результаты расчетов различных авторов, можно от.метить, что хотя между ними нет количественного согласия, качественный вывод Де Во и Тиноко о доминирующей роли стэ-кинг-взаимодействий в стабилизации конформаций дикулеозид-фосфатов, олигомеров, а также однотяжевых и двухтяжевых полинуклеотидов разделяется всеми авторами. [c.412]

Свободную энергию, значения которой приведены в табл. 6.4, нельзя прямо сопоставлять с энергией стэкинга оснований в полинуклеотидной цепи, поскольку первая из них вычислена с учетом добавочного члена -/ 71п 55,6 (см. гл. 5). Таким образом, для более корректного сопоставления ко всем величинам, приведенным в таблице, следует прибавить — гГ1п55,6 = —2,4 ккал моль . Так, для дезоксиаденозина получаем при 25 ° С величину — 3,9 ккал моль . ДС стэкинга аденина в ро1у(А) составляет —1 ккал [c.308]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология