Нуклеация спирали

Нуклеации спирали и -структуры наращиваются в обе стороны. На следующем этапе нуклеация спирали с центром на остатке 4 и нуклеация складчатого листа с центром на остатке 12 наращиваются в обоих направлениях до тех пор, пока значение средней склонности тетрапептида не упадет ниже 1,00. Правила не указывают точно, какой из остатков нарушающего тетрапептида следует включать соответственно в спираль и (3-структуру. По-видимому, целесообразно включать только остатки Н, Ь и I. Таким образом, спираль предсказывается для остатков 1—7, а (3-структура — для остатков 10—14. [c.145]

На самом деле для образования первой водородной связи должны быть упорядочены три остатка (разд. 20.3), но в настоящем рассмотрении мы этим пренебрегаем. Важным обстоятельством является то, что акт нуклеации спирали значительно менее выгоден, чем акт роста. [c.193]

НУКЛЕАЦИЯ СПИРАЛИ ОБРАЗОВАНИЕ ПЕТЕЛЬ И ШПИЛЕК [c.326]

B. ренатурация (гибридизация) ДНК нуклеация спирали [c.296]

Свертывание апомиоглобина рассматривалось как сборка а-спиралей. Моделирование свертывания апомиоглобина [470J было выполнено без применения ЭВМ, поскольку использовалась предельно простая модель, в которой были заранее заданы девять спиралей, наблюдающихся в нативной структуре (рис. 8.4, а). Это существенно сузило рассматриваемое конформационное пространство. На начальной стадии процесса свертывания были определены четыре структурные нуклеации, каждая из которых содержала три соседние по цепи а-спирали. В каждой нуклеации спирали располагались различным образом. Свободная энергия этих спиральных образований рассчитывалась исключительно по гидрофобным взаи- [c.193]

В простейшей форме комплементарные взаимодействия, играющие в общей рекомбинации центральную роль, можно воспроизвести в экспериментах ш vitro по ренатурации ДНК, разделенной на отдельные цепи. Такая ренатурация (или гибридизация) происходит, когда в растворе вследствие случайного соударения одиночных цепей ДНК комплементарные нуклеотидные последовательности оказываются одна напротив другой и образуют короткий отрезок двойной спирали. За этим сравнительно медленным этапом нуклеации спирали следует очень быстрый этап застегивания молнии двойная спираль при этом растет до тех пор, пока не образуется максимально возможное число водородных связей (рис. 5-59). Для образования таким путем новой двойной спирали разделившиеся цепи во время отжига должны быть выпрямлены, чтобы их основания были открытыми. По этой причине эксперименты с гибридизацией ДНК in vitro проводят при высокой температуре или в присутствии таких органических растворителей, как формамид в этих условиях плавятся и короткие спирали ( шпильки ), возникающие в одиночной цепи ДНК вследствие комплементарных взаимодействий при ее складывании саму на себя. Бактериальные клетки не переносят, разумеется, столь жестких воздействий. В них распрямление спиралей достигается под воздействием специального дестабилизирующего белка, или SSB-белка. У Е. oh SSB-белок необходим и для репликации ДНК, и для общей рекомбинации кооперативно связываясь с сахарофосфат- [c.304]

Рис. 5-59. При габридизации ДЬЖ ш vitro двойные спирали ДЬЖ образуются заново из ранее разделившихся цепей. Восстановление спиралей зависит от случайного соударения двух комплементарных целей. Вольшинство таких соударений безрезультатно (как это видно из левой части рисунка), но некоторые из них приводят к спариванию на коротком участке комплементарных оснований (т, е, к нуклеации спирали). За этим следует быстрое засгегавание молнии и двойная спираль готова. Посредством такого процесса - методом проб и ошибок каждая цепь ДНК может найти себе комплементарного партнера среди миллионов неподходящих цепей. По-видимому, общая рекомбинация всегда инициируется именно

Справочник химика 21

Химия и химическая технология