Скорпион праймерами

Праймеры типа Скорпион . В одной из последних разработок по обнаружению продуктов ПЦР в реальном времени используются праймеры, которые сами заключают в своей последовательности флуоресцентно меченные зонды [309]. Такие праймеры выполняют двойную функцию обычную, обеспечивая синтез цепей ДНК, и функцию зонда, которая реализуется после включения праймера в продукт ПЦР. Принцип действия праймеров Скорпион представлен на рис. 25, из которого также видно, почему этот класс олигонуклеотидов получил такое экзотическое название. Действительно, графическое изображение праймера в составе продукта ПЦР отчасти напоминает профиль этого отшельника пустыни. [c.231]

Во время амплификации праймеры Скорпион , как обычно, включаются в продукт ПЦР (рис. 25, а). При прохождении стадий [c.231]

Рис. 25, Праймеры типа Скорпион , используемые для обнаружения продуктов ПЦР в реальном времени [279

При использовании стандартных праймеров Скорпион имеет место некоторое тушение флуоресценции даже после их гибридизации с ампликоном, из-за пространственной близости флуорофора и тушителя флуоресценции. Дальнейшее усиление интенсивности сигнала в этой системе достигается путем отделения флуорофора и тушителя друг от друга, которые связывают с отдельными олигонуклеотидами, комплементарными друг другу (рис. 25, б). [c.233]

З -Концевая часть олигонуклеотида Скорпион заключает в себе последовательность, комплементарную анализируемому участку ДНК, и в ПЦР выполняет непосредственную роль праймера. 5 -Концевая часть олигонуклеотида сконструирована таким образом, что образует структуру типа стебель-петля . За счет этого происходит сближение флуорофора, присоединенного непосредственно к 5 -концу Скорпиона с тушителем флуоресценции, расположенным в центральной части олигонуклеотида на границе последовательности праймера. В этом отношении пространственная структура олигонуклеотидов Скорпион напоминает таковую молекулярных маяков и выполняет ту же функцию - обеспечивает тушение флуоресценции флуорофора до тех пор, пока олигонуклеотиды находятся в свободном состоянии. Однако, в отличие от молекулярных маяков , участок ДНК, находящийся в петле Скорпиона , комплементарен последовательности нуклеотидов амплифицируемой последовательности ДНК (ампликона), что и обеспечивает ему уникальные свойства. Кроме того, непосредственно за тушителем флуоресценции в цепь ДНК вводится мономер гексэтиленгликоля (HEG), который блокирует прохождение ДНК-полимеразы вдоль матрицы до 5 -конца, т.е. прекращает амплификацию в этой точке, и последовательность, образующая структуру типа стебель-петля , остается неамплифицированной. [c.231]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология