Контиги

Построение контигов из YA -, ВАС-и РАС-библиотек [c.462]

При построении физических карт тех или иных районов хромосом или целых хромосом из геномных библиотек, содержащих крупные вставки (YA -, ВАС- или РАС-библиотек), наиболее приемлем метод картирования, основанный на использовании STS. STS — это короткий одно-копийный участок ДНК (примерно 100-300 п. п.), который можно вьшвить при помощи ПЦР с использованием уникального набора праймеров. Для получения протяженного контига, охватывающего значительный участок хромосомы, требуется большое число STS, находящихся на расстоянии 50-100 т. п. н. друг от друга. Напри- [c.462]

Построение контигов из космидных, Р1- и Х-библиотек [c.463]

Более удобными для генетических исследований и широкомасштабного секвенирования часто оказываются контиги из небольших фрагментов ДНК, чем из крупных. Для построения контигов определенных районов хромосом или целых хромосом нередко используют космидные библиотеки. Обычно перекрывающиеся космидные клоны идентифицируют методом геномной дактилоскопии. Для этого из каждого клона экстрагируют ДНК и обрабатывают ее рестриктазой. Полученные фрагменты метят, разделяют при помоши электрофореза и визуализируют радиоавтографическими методами. Каждый клон порождает специфический набор фрагментов - уникальный отпечаток его ДНК у перекрывающихся клонов один или несколько фрагментов совпадают. [c.463]

Рис. 20.18. STS-картирование. А. STS (с 1 по 15), обнаруженные с помощью ПЦР-скрининга в клонах а—е, обозначены знаком плюс (+). Буквами L и R указаны STS, находящихся на 5 - и 3 -концах вставки (на ее левом и правом концах соответственно). Б. Идентифицировав перекрывающиеся участки, можно построить контиг из пяти клонов и карту расположения STS. Полученные данные не позволяют установить порядок некоторых из них (номера в скобках). Интервалы между STS представлены одинаковыми в действительности они неизвестны.

Что такое контиг Опишите подробно, как строится контиг хромосомы. [c.482]

Контиг ( ontig) Непрерывный набор клонов, охватывающих данную область хромосомы или всю хромосому. [c.551]

Использование YA для получения клонотек нуклеотидных последовательностей. При создании искусственных хромосом дрожжей in vitro в среднем удается клонировать фрагменты ДНК длиной 300 т.п.о. Однако с помощью гомологичной рекомбинации, проводимой непосредственно в клетках дрожжей, можно получать вышеупомянутые вставки в несколько млн п.о. Для реализации полной емкости вектора используют предварительно полученные YA -конструкции, в которых клонированы частично перекрывающиеся последовательности. Для обнаружения перекрывающихся клонов используют рестрикционное картирование с гибридизацией по Саузерну, метод прогулки по хромосоме и ряд других стандартных методов исследования генома, которые будут рассмотрены во втором томе этой книги. После обнаружения таких перекрывающихся клонов проводят скрещивание гаплоидных клеток, содержащих требуемые YA , в полученных диплоидных штаммах индуцируют мейоз, при котором с высокой частотой возникают требуемые рекомбинантные YA с протяженными непрерывными последовательностями - контигами - исследуемого генома. Для предотвращения образования в результате рекомбинации дицент-рических и ацентрических YA , которые нестабильны, объединяемые вставки должны быть клонированы в одной и той же 5 3 -ориентации по отношению к маркерам вектора. После завершения клетками мейотических делений и споруляции в спорах обнаруживают требуемые рекомбинанты, конечная длина которых после проведения серии последовательных скрещиваний может превышать 2 млн п.о. [105, в]. [c.91]

Секвенирование клеточных геномов. Разработка автоматических секвенаторов существенно ускорила ироцесс анализа последовательностей и позволила приступить к секвенированию клеточных геномов, для которых предварительно составляют физические карты. Как правило, секвенируют по отдельности фрагменты геномной ДНК размером 40—200 т.п.н., клонированные с помошью космид, A-векторов, а также векторов типа YA , ВАС или РАС (см. с. 271). Для этого ДНК каждой вставки дробят случайным образом и субклоны секвенируют наугад. Далее составляют контиги, объединение которых завершает анализ фрагмента. Последовательная привязка фрагментов к физической карте генома позволяет контролировать процесс его секвенирования. Уже известна полная нуклеотидная последовательность нескольких клеточных геномов [c.309]

Контиг — группа из нескольких последовательно соединенных секвенированных участков ДНК. [c.496]

Контиг - перекрывающиеся по последовательности ДНК клоны, происходящие из одной протяженной области генома. [c.62]

Контига — смежные последовательности ДНК, созданные путём сборки перекрывающихся секвенированных фрагментов хромосомы. [c.354]

Молекулярная биотехнология принципы и применение (2002) -- [ c.444 , c.462 , c.463 , c.464 , c.464 , c.465 , c.466 ]

Искусственные генетические системы Т.1 (2004) -- [ c.0 ]

Основы генетической инженерии (2002) -- [ c.300 , c.308 , c.309 , c.311 ]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология