Прибнова блок

Между блоком Прибнова и окружающими последовательностями существует вполне четкое разграничение. Если частота встречаемости оснований указывает на их важное значение для взаимодействий с РНК-полимеразой, то мы вправе ожидать, что высококонсервативный димер ТА в начале блока Прибнова и полностью консервативный Т в конце являются наиболее важными основаниями. Прочие основания в блоке Прибнова, обладающие промежуточной степенью консервативности, вероятно, также вовлечены в процесс взаимодействия с ферментом. Следующие несколько позиций, находящихся против хода транскрипции, имеют склонность быть обогащенными А Т-парами, которые, возможно, способствуют взаимодействию, но не являются абсолютно необходимыми. [c.144]

Часто эту последовательность называют ТАТА или блоком Хогнесса. Эта каноническая последовательность всецело состоит из А-Т-пар (в двух положениях ориентация этих пар может изменяться). Только в незначительном числе описанных случаев присутствует пара G- . Блок, как правило, окружен последовательностями, богатыми G- , которые, возможно, принимают участие в его функционировании. Он почти идентичен с блоком Прибнова, обнаруженным в бактериальных промоторах. Действительно, единственное существенное отличие состоит в локализации этих участков. Блок Хогнесса располагается предпочтительно в положении —25, тогда как блок Прибнова В положении —10. Видимо, эта структура не абсолютно необходима для транскрипции, так как извест- [c.149]

Рис. 11.5. Точки контакта для РНК-цолимеразы находятся на одной поверхности ДНК, образующей промотор. Последовательность ДНК представляет типичный промотор с консервативными последовательностями в положениях -35 и -10. Область первоначального разделения цепей начинается от блока Прибнова и заканчивается сразу за стартовой точкой.

Степень консервативности каждого основания в определенном положении в некоторой степени варьирует. Если в состав рассматриваемой области включать основания, встречающиеся в небольшом числе промоторов, например в 40% случаев, то ее можно продолжить за пределы блока Прибнова. Имеющиеся данные можно сум- [c.143]

Среднестатистическая последовательность блока Прибнова состоит исключительно из пар А-Т. Это наводит на мысль о том, что ее функционирование может быть связано с плавлением и образованием одноцепочечных участков. Для разрыва двух водородных связей в каждой паре А-Т требуется меньще энергии, чем для разрыва трех водородных связей в паре О-С. Из этого следует, что для расхождения цепей в участке, состоящем из пар А-Т, требуется минимальное количество энергии. В действительности же большинство блоков Прибнова, идентифицированных в бактериальных промоторах, содержат одну пару О-С, поэтому в реакции плавления обычно расходуется больше энергии, чем то минимальное количество, которое возможно теоретически. [c.144]

Распределение мутаций внутри блока Прибнова с центром в положении — 10 подтверждает важную роль трех консервативных оснований. Большинство (18 из 20) мутаций, ослабляющих транскрипцию, возникает в каком-либо из этих положений. Любая замена в димере ТА, расположенном в начале блока Прибнова или в последнем Т, приводит к возникновению таких мутаций. Почти все эти мутации представляют собой замены пар А-Т на пары G- . Это служит еще одним доводом в пользу вывода о важном значении высокой концентрации пар А-Т. Однако незначительное число мутаций, возникших в результате трансверсий от А-Т к Т-А или наоборот, показывает, что отсутствие пар G- не единственное условие, определяющее функцию промотора. Например, один [c.145]

Непосредственно слева от блока Прибнова (но еще в частично консервативной области -10) возникают другие мутации, способные как усиливать, так и ослаблять экспрессию гена. Место возникновения таких мутаций свиде- [c.145]

При рассмотрении в трех измерениях все точки контакта, находящиеся против хода транскрипции от блока Прибнова, располагаются на одной и той же поверхности ДНК (рис. 11.5). Эти основания, вероятно, узнаются при первоначальном образовании закрытого бинарного комплекса. Это создает возможность для реакции узнавания между РНК-полимеразой и ДНК путем образования контакта между ферментом и одной из поверхностей ДНК, что является простейшей из возможных моделей. После того как расплетание ДНК началось, возможно узнавание и связывание со следующими сайтами, расположенными на другой стороне ДНК. [c.147]

В положении — 10 расположена консервативная последовательность, которая по своему А-Т-богатому составу аналогична блоку Прибнова, хотя все основания, образующие пары, находятся в одной ориентации [c.159]

К настоящему времени определены последовательности многих промоторов, узнаваемых РНК-полимеразой фага Т7. Они существенно отличаются от промоторов, с которыми взаимодействует фермент клетки-хозяина. Размеры промоторов фага Т7 меньше, чем размеры бактериальных промоторов. Для них характерно наличие консервативной последовательности протяженностью в 23 п.п., занимающей положение от — 17 до +6. Внутри этой области нет аналога блоку Прибнова, хотя промотор обогащен парами А—Т и обнаруживаются два по- [c.161]

Блок прибнова — каноническая последовательность ТАТААТО, находящаяся на расстоянии около 10 п. н. перед стартовой точкой транскрипции бактериальных генов. Представляет собой часть промотора, отвечающую за связывание РНК-полимеразы. [c.459]

Против хода транскрипции от стартовой точки располагается область из 6 п. н., которая может быть обнаружена почти во всех промоторах. Эта последовательность не является строго постоянной, но всегда имеет большое сходство с последовательностью ТАТААТ, которая часто называется блоком Прибнова. Фактически как таковая последовательность ТАТААТ встречается довольно редко, но она является среднестатистической, или канонической, последовательностью, составленной из оснований, наиболее часто встречающихся в каждой позиции. [c.143]

Центр блока Прибнова обычно располагается примерно на расстоянии 10 п.н. от стартовой точки против хода транскрипции. Поэтому иногда этот блок обозначают просто как положение —10. В действительности положение гексануклеотидного участка варьирует от — 11 до [c.144]

Мутация, локализующаяся в области блока Прибнова и усиливающая транскрипцию, обнаружена в /ас-промо-торе. Промотор дикого типа имеет структуру TATGTT. Мутация, усиливающая транскрипцию, приводит к возникновению последовательности TATATT. Таким образом, ее эффект состоит в увеличении степени гомологии со среднестатистической последовательностью. Должна существовать какая-то причина, в силу которой это увеличение эффективности не произошло спонтанно и не было закреплено отбором у бактерий. (Очень небольшое число других мутаций, усиливающих транскрипцию, было обнаружено в участке — 10. Все они возникают в промоторах, у которых гомология с блоком Прибнова слищком незначительна, чтобы можно было понять механизм действия этих мутаций. Однако вполне возможно, что они повышают степень гомологии со среднестатистической последовательностью.) [c.145]

Но в области — 35 обнаруживаются различия. Как и в случае промоторов Е. соИ, только в этой области (кроме блока Прибнова) промоторов средних генов можно выявить сколько-нибудь консервативную последовательность. Эта последовательность представляет собою гексануклеотид [c.160]

Какова точная локализация оператора по отношению к промотору Определение размеров /асО-локуса по длине ДНК, защищаемой репрессором in vitro от действия нуклеаз, показало, что он представляет собой область размером около 26 пар нуклеотидов. Она простирается от положения — 5 сразу же слева от стартовой точки мРНК до положения -I- 21 в пределах транскрипционной единицы. Следовательно, область оператора может перекрываться с концом промотора, начинающимся от блока Прибнова и кончающимся в пределах транскрипционной единицы. [c.182]

У бактерий им соответствует блок Прибнова (ТАТААТ), расположенный примерно за 10 п. н. от старта, кстати очень похожий по последовательности на ТАТА-блок, и элемент —35 (TGTTGA A), расположенный за 35 п. н. от старта. [c.65]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология