Последовательности канонические

Часто эту последовательность называют ТАТА или блоком Хогнесса. Эта каноническая последовательность всецело состоит из А-Т-пар (в двух положениях ориентация этих пар может изменяться). Только в незначительном числе описанных случаев присутствует пара G- . Блок, как правило, окружен последовательностями, богатыми G- , которые, возможно, принимают участие в его функционировании. Он почти идентичен с блоком Прибнова, обнаруженным в бактериальных промоторах. Действительно, единственное существенное отличие состоит в локализации этих участков. Блок Хогнесса располагается предпочтительно в положении —25, тогда как блок Прибнова В положении —10. Видимо, эта структура не абсолютно необходима для транскрипции, так как извест- [c.149]

Минимальная частичная реализация. Алгоритм построения минимальной реализации, рассмотренный выше, касался динамических систем, для которых заранее точно заданы либо матричная передаточная функция, либо последовательность марковских параметров. Более распространенным случаем является ситуация, когда то и другое точно задать нельзя. В таких случаях обычно на основе анализа входных и выходных сигналов каким-либо приближенным методом конструируется передаточная функция системы например, задается структура передаточной функции, а входящие в нее параметры определяются с помощью стандартных методик идентификации (см. 6.2—6.5). После того как передаточная функция определена, переход к описанию системы в форме канонических уравнений пространства состояний без труда реализуется с помощью алгоритма Хо или любого другого алгоритма построения минимальной реализации динамической системы. Очевидный недостаток такого подхода состоит в том, что структура передаточной функции задается жестко заранее, следовательно, теряется гибкость метода, отсюда точность реализации системы не может быть высокой. В связи с этим возникает необходимость в методе, который позволял бы строить приближенную минимальную реализацию непосредственно по экспериментальным данным так же, как алгоритм Хо позволяет строить точную реализацию для системы с точным заданием последовательности марковских параметров. [c.114]

Здесь ди, ( 21, , — значения координат в узловых точках Л -мерного пространства, которые определяются функцией распределения (7.2). Для вычисления узловых точек используется реализация цепи Маркова [336]. Этот метод называется методом Монте-Карло и состоит из двух этапов. На первом, как правило более трудоемком, генерируется последовательность узловых точек. На втором этапе, используя полученные данные, вычисляют средние значения искомых величин. Значение <Л> соответствует каноническому ансамблю. В ряде задач более удобно использовать другие статистические ансамбли, при этом несколько изменяется процедура определения узловых точек в (7.3). Необходимо отметить, что узловые точки с физической точки зрения представляют собой мгновенные конфигурации равновесной многочастичной системы и поэтому дают информацию, которая недоступна в реальном эксперименте. [c.119]

Пиррол изоэлектронен циклопентадиенил-аниону, но электрически нейтрален вследствие присутствия в нем атома трехвалентного азота. Другое следствие, связанное с присутствием атома азота в цикле, обусловлено отсутствием у пиррола радиальной симметрии для пиррола не существует одинаковых канонических форм, для него могут быть написаны одна каноническая структура без разделения зарядов 33 и две пары эквивалентных структур с разделенными зарядами, которые демонстрируют смещение электронной плотности от атома азота. Вклад резонансных форм в истинное строение пиррола не одинаков и может быть представлен следующей последовательностью 33 > 35, 37 > 34, 36. [c.21]

Матричное уравнение для узловых значений параллельных переменных структурного графа (У,68) записано в канонической форме, когда независимыми задающими источниками являются только компоненты-источники последовательных переменных. Однако в ряде случаев задающими источниками служат компоненты-источники параллельных переменных, т. е. структурный граф ХТС не отвечает канонической форме уравнений (У,68). [c.244]

Эквивалентное преобразование компонента-источника параллельных переменных в компонент-источник последовательных переменных можно осуществить при любом числе источников параллельных переменных и любом их включении. После такого преобразования задача сводится к анализу канонической формы уравнений (У,68). [c.244]

Дается систематический обзор современных результатов по дисперсионному — обычному и запаздывающему — взаимодействию в капиллярных системах. В качестве исходного для микроскопической теории используется представление о молекулярной природе капиллярных систем и о межмолекулярных силах. Последовательное молекулярно-статистическое описание капиллярных систем строится на большом каноническом ансамбле Г иббса. Для этого используется метод производящего функционала, позволяющий компактно и замкнуто вывести необходимые общие соотношения статистической механики. Решение основополагающей проблемы о влиянии среды на взаимодействие молекулярных объектов достигается как строгий результат исследования коллективных явлений в системах многих молекул. Этот результат формулируется в виде принципа взаимодействия на языке фундаментальных физических понятий, отражающих роль среды как посредника взаимодействия. С единой точки зрения принципа взаимодействия рассматривается широкий круг самых различных по своим масштабам ключевых задач теории капиллярных систем. Сюда относятся молекулярные корреляции в капиллярных системах молекулярная структура плоских, слабо и сильно искривленных поверхностных слоев взаимодействие макроскопических частиц. Используемые в принципе взаимодействия понятия реализуются в этих задачах как сжимаемости и адсорбции. Они и являются параметрами описания коллективных явлений, обусловленных влиянием среды. Особо рассматривается построение парного эффективного межмолекулярного потенциала по данным о рассеянии рентгеновских лучей. На протяжении всей статьи проводится сопоставление с альтернативным макроскопическим подходом, в котором вещество рассматривается не как состоящее из молекул, а как континуум, описываемый макроскопической характеристикой — диэлектрической проницаемостью. Это сопоставление касается не только расклинивающего давления пленки, на примере которого была первоначально сформулирована макроскопическая теория, но и большинства других результатов по дисперсионному взаимодействию [c.163]

Трудности геометрической интерпретации уравнения регрессии второго порядка возрастают с увеличением числа факторов. При п > 3 дать наглядное геометрическое представление функции отклика, очевидно, невозможно, однако и в этом случае каноническое преобразование дает хорошие результаты, если последовательно рассматривать изменение двух факторов, считая остальные стабильными. Такой прием позволяет получить серию контурных кривых на плоскости для числа факторов л > 3. Однако объемное изображение функции отклика при /г = 3 также не дает исследователю особых преимуществ. [c.235]

В интронах отсутствует более или менее заметная гомология между двумя концами их, а на границах с экзонами в разных генах присутствует так называемая каноническая (усредненная) последовательность нуклеотидов (относительно короткая) — нередко СТ—слева и АС—справа [c.161]

КП обозначает каноническую последовательность, цифры проценты случаев обнаружения оснований на границе экзон-ин-трон [c.161]

Отдельная молекула белка может содержать от десятков до нескольких сотен мономерных звеньев. Но если взять все белки клетки и расчленить их на отдельные звенья, то окажется, что наберется всего 20 сортов аминокислот. Собственно, разновидностей аминокислот как химических соединений может быть бесчисленное множество и химики могут, в принципе, синтезировать любые аминокислоты. Но живая природа использует только 20 вполне определенных аминокислот, которые поэтому получили название природных нли канонических. Этот набор из 20 аминокислот абсолютно одинаков, универсален для всей живой природы на Земле. Возьмете ли вы самую ничтожную букашку или самого мудрого корифея, вы обнаружите в них один и тот же набор аминокислот. Чем же отличается букашка от корифея Отличие заключается в том, какие цепочки образуют аминокислоты. Иными словами, оно сводится к последовательностям аминокислотных остатков в белках. [c.23]

Существует на удивление много вариантов канонических правил, сводящихся к установлению иерархии (перечню приоритетов) определенных структурных элементов. Различные атомы и группы имеют различное положение в этой иерархии (различный приоритет). Наиболее часто используют свод правил Моргана [293], который представляет собой улучшенное для включения данных стереохимии [182, 184] развитие подхода Глюка [294]. Иерархия в системе Моргана представляет собой процесс последовательного установления старшинства атомов. Определяющим является значение связности каждого атома в структуре. Такой подход напоминает обычное химическое обозначение раз-ветвленности соединения, выраженное понятиями четвертичного, третичного, вторичного и первичного С-атома здесь четвертичные С-атомы считаются вершиной иерархической лестницы. Детальная разработка этого подхода в виде свода правил является необходимой при установлении ранга атомов с незначительными различиями (например, при выборе между двумя четвертичными атомами). Перечислим эти правила [c.23]

Отсюда следуют два важных вывода 1) гамильтониан производит действительное движение системы 2) это движение, совершаемое системой за время является бесконечно малым каноническим преобразованием. Произведение двух канонических преобразований будет также каноническим преобразованием. Отсюда следует, что динамическая траектория точки, изображающей систему, представляет собой каноническое преобразование, поскольку она является не чем иным, как последовательностью бесконечно малых канонических преобразований, уводящих систему от начальных величин до н ро- Гамильтониан производит движение системы во времени. [c.33]

Матрицу С будем называть матрицей порядка для комплексов. Отношение порядка между комплексами показывает, в каком порядке должен производиться расчет комплексов если < Kj, то комплекс К1 должен быть рассчитан раньше комплекса K . Если последовательность комплексов , такая, что при 1 величина = О, то сложная схема может быть рассчитана в соответствии с данной последовательностью комплексов. Такую последовательность комплексов будем называть канонической. [c.106]

Способ образования канонической последовательности комплексов весьма прост. Выбираем все комплексы, не имеющие предшествующих таким комплексам соответствуют нулевые столбцы в матрице [c.106]

Матрица п каноническая последовательность комплексов имеют соответственно вид [c.108]

В последнем уравнении оператор Р выражен в терминах функций фт через уравнение (11.24), однако он может быть выражен через gi [при рассмотрении последовательности равенств (11.24) в обратном направлении]. Отсюда следует, что функции gi — канонические орбитали. Поскольку gi принадлежат тому же векторному пространству, что и фт, последние не являются каноническими ССП-орбиталями. Следует отметить, что предыдущий аргумент [см. уравнение (11.25)] является обращением (11.5). [c.104]

Каноническая последовательность может быть представлена в следующем виде [c.143]

Далее против хода транскрипции имеется другая последовательность, которая у некоторых промоторов консервативна, хотя в ряде других случаев она отсутствует. Эта последовательность располагается между положениями — 70 и — 80, и ее канонический состав имеет вид [c.149]

В качестве одного из объяснений резкого увеличения частоты транспозиций, наблюдаемого в некоторых линиях дрозофилы, была предложена гипотеза сумасшедшей копии. Она подразумевает, что активизация ретротранспозона может быть следствием мутации в последовательности самого элемента. Действительно, удалось выявить два структурных варианта ретротранспозона gypsy, различающихся по транспозиционной активности (Lyubomirskaya et al., 1990). Однако предпринятый нами анализ последовательности активно перемещающейся копии ретротранспозона opia в линии, характеризующейся очень высокой частотой его транспозиций, показал ее идентичность последовательности канонических копий (Филатов и др., 1998). В регуляторном районе активно перемещающегося ретропозона [c.34]

На основании сравнения последовательностей разных промоторов выведена каноническая последовательность промотора, в которой представлены наиболее часто встречающиеся в каждом положении нуклеотиды. Каноническая последовательность участка —10 — ТАТААТ (эта последовательность называется также блоком Приб-нова), участки —35 — TTGA A (при рассмотрении промоторов обычно приводят последовательность только той нити ДНК, которая в транскрибируемой части совпадает с последовательностью РНК, т. е. является незначащей). Каноническая последовательность промотора несимметрична, что отражает его функциональную несимметричность. Действительно, промотор определяет не только место начала транскрипции, но и ее направление. Среди природных промоторов пока не обнаружено ни одного с канонической последовательностью, но искусственно сконструированный промотор с канонической последовательностью отличается очень высокой эффективностью (этот результат не был заранее очевиден усредненная последовательность вполне могла бы обладать средними свойствами). О том, что каноническая последовательность является наиболее эффективной, свидетельствуют и результаты многочисленных данных по мутационным изменениям последовательности промоторов изменения, приближающие последовательность промотора к канонической, как правило, увеличивают его силу, тогда как изменения, уменьшающие его сходство с канонической,— уменьшают его силу. Изменения нуклеотидной последовательности вне участков —10 и —35 обычно слабо сказываются на силе промотора. Знание этих закономерностей, однако, еще не позволяет надежно предсказывать силу промоторов и находить промоторы, рассматривая последовательность ДНК, хотя РНК-полимераза делает это очень быстро. [c.141]

Промоторы, используемые РНК-полимеразами, содержащими минорные сг-субъединииы, заметно отличаются по нуклеотидной последовательности от промоторов, используемых РНК-полимеразой, содержащей главную о-субъединнцу. Для каждого типа о-субъеднннцы характерна своя каноническая последовательность участков, аналогичных участкам —35 и —10 . [c.142]

Использование символической динамики имеет, однако, и недостатки оно не носит канонического характера и не учитывает унформации, содержащейся в предположениях дифференцируемости. Этот метод последовательно улучшался в статьях Тэнгермана [1], Рюэля [10, 11] и Фрида [2]. [c.206]

Краевые условия для него Т ( , 0) = Тд Т ( , оо) = Т1 Г (О, 1]) равно начальному распределению температуры. Уравнению (1.88а) можно придать канонический вид, не связанный с конкретной гидродинамической обстановкой, что особенно удобно для численного интегрирования. Выше отмечалось, что задание начального распределения температуры в общем случае затруднено. В приближенной же (локально-) однопараметрической псстановке оно равносильно очевидному условию (0) = /о. Поэтому вместо продольной координаты 5 введем бесконечную сходящуюся последовательность формпараметров, положив по определению [c.53]

КИСЛОТНЫХ остатков депсипептида, как и у аминокислотной последовательности, описываются с помощью тех же четырех канонических форм К, В, Ь и Н. Различия в конформационной свободе остатков пептидной и депсипептидной цепей касаются числа разрешенных областей, их относительной энергии и размера. Варьирование боковых цепей и Ы-метилирование в обоих случаях не сопровождается образованием новых областей низкой энергии. [c.553]

Модель Ут-92 представляет собой последовательное обобщение и развитие модели Ни и Коважного [65]. В результате многолетней работы ее авторам удалось добиться вполне удовлетворительного описания не только большинства канонических сдвиговых турбу- [c.110]

Пригожин последовательно сопоставил свойства оператора Ь со свойствами квантовомеханических операторов и показал, что в фазовом пространстве справедлив принцип суперпозиции, т. е. если решениями канонических уравнений являются плотности распределения р1 и р2, то и линейная комбинация а,р1 + а2р2 тоже будет решением. [c.53]

Несмотря на общий подход к проблеме, теория Тамма, по существу, оставалась полуфеноменологической, так как в ней оставались неизвестными явные выражения констант ангармоничности кристалла. Развитие микроскопической теории для молекулярных кристаллов и конкретное вычисление коэффициентов ангармоничности было выполнено в работах Л. Н. Овандера [367]. В этих работах из гамильтониана молекулярного кристалла методом канонического преобразования последовательно выделяются слагаемые второго и третьего порядка при условии, что взаимодействие между молекулами кристалла достаточно мало. В соответствии с этой теорией [c.407]

Теперь очевидно, что любую разветвленную модель можно преобразовать к каноническим формам, последовательно применяя к частям схемы правила перехода от параллельной модели к последовательной и обратно. Так, в упомянутой модели Френкеля и Образцова для /С + зС следует преобразовать каждую из двух последовательных цепочек в параллельную, и тогда вся схема будет иметь такой вид, как на рис. 11.6,6 (без элемента т]оо). Таким образом, формулы (11.35) и (11.36) дают самый общий вид связи У1бжду воздействием и откликом, который можно получить комбинированием упругих и вязких свойств. [c.149]

Как указывалось выше, в литературе не описаны канонические поатомиые системы кодирования. Мелкоблочные канонические системы кодиро- шия известны. Одна из подобных систем была разработана Хейвардом 144—46] для использования в Бюро патентов США и в Национальном бюро-с гандартов. При кодировании по данной системе последовательно записываются углеродный скелет и затем гетероатомы и функциональные группы. В системе используются, в частности, следующие блоки [c.57]

Таким образом можно представить автоматизированные ИПС, в которых в качестве поисковых образов реакций используются канонические линейные записи структурных схем любых видов. Поскольку важным типом задачи является поиск классов химически однотипных реакций, представляется целесообразным двухступенчатый поиск с последовательным использованием кодов скелетных и типовых схем реакций. При этом поисковый образ запроса касающегося класса реакций задается в виде соче-тания скелетной схемы и одной или нескольких типовых схем. Поскольку образы запросов до поиска могут быть капонизировапы, поиск долн ен вестись только па совпадепие. В результате из системы могут быть выданы записи структурных уравнений конкретных реакций, характеризующихся указанными в запросе типовыми уравнениями. Записи могут содержать сведения об условиях проведения реакций, в частности, указание па применяемые растворители и катализаторы, температурный режим, давление, а также ссылки на первичные источники информации. [c.205]

Блок прибнова — каноническая последовательность ТАТААТО, находящаяся на расстоянии около 10 п. н. перед стартовой точкой транскрипции бактериальных генов. Представляет собой часть промотора, отвечающую за связывание РНК-полимеразы. [c.459]

Против хода транскрипции от стартовой точки располагается область из 6 п. н., которая может быть обнаружена почти во всех промоторах. Эта последовательность не является строго постоянной, но всегда имеет большое сходство с последовательностью ТАТААТ, которая часто называется блоком Прибнова. Фактически как таковая последовательность ТАТААТ встречается довольно редко, но она является среднестатистической, или канонической, последовательностью, составленной из оснований, наиболее часто встречающихся в каждой позиции. [c.143]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология