Действие нуклеаз

Обработку супернатанта (надосадочной жидкости) проводят с целью освобождения от нуклеиновых кислот (действие нуклеазами, высокомолекулярными катионами-полиэтилениминами и др.), от других белков (хроматография). [c.463]

Палиндромы в ДНК обнаруживаются путем кратковременной ренатурации денатурированной ДНК, гидролиза всей не успевшей ренатурировать ДНК нуклеазой S1 (специфической для однонитевой ДНК) и задержания на колонке оксиапатита двунитевых фрагментов, которые в этих условиях образуют только палиндромы. Лин и Ли [Lin, Lee, 1979] вели денатурацию фрагментированной ультразвуком ДНК в щелочной среде, а ренатурацию — путем быстрой нейтрализации раствора и выдерживания его при повышенной температуре в течение 2 с. Затем раствор энергично охлаждали до 4° и диализовали на холоду против 0,1 М Na-ацетатного б фера (pH 5), содержавшего 0,1 мМ ацетата цинка, что необходимо для действия нуклеазы S1. Кроме того, к раствору добавляли половинный объем диоксана, который, как оказалось, почти втрое ускоряет и повышает эффективность действия фермента. Наконец, вносили саму нуклеазу 81 (80 ед/мл), выдерживали 45 мин при 37°, а затем, как обычно, гидролизат переводили диализом в 0,12 М Na-фосфат- [c.242]

Белковая оболочка надежно защищает нуклеиновую кислоту вируса от действия нуклеаз она также способна внедряться в клеточную стенку бактерий, после чего ДНК обнажается и проникает через клеточную мембрану. В результате попадания вирусной ДНК или РНК в клетку останавливается синтез нуклеиновых кислот клетки-хозяина (всего через несколько минут) и начинается синтез вирусных макромолекул. После заражения клетки-хозяина размножение вируса может привести к лизису клетки кроме того, ДНК вируса может включаться в ДНК клетки и вызывать трансформацию клетки, в том числе и в раковую клетку. [c.41]

Специфичность и механизм действия нуклеаз более подробно рассмотрены в разделе об определении последовательности нуклеотидов в нуклеиновых кислотах (см. стр. 67) обсуждение других вопросов, касающихся нуклеаз, можно найти в недавно вышедшей монографии [c.29]

Сильная зависимость хода реакции с карбодиимидом СП от вторичной структуры и ограничение действия нуклеаз после модификации позволяют использовать реакцию с этим карбодиимидом для обнаружения полинуклеотидных участков, на которых происходит разрущение двухцепочечного комплекса при частичной денатурации ДНК 2. После обработки ДНК карбодиимидом СП, а затем панкреатической ДНК-азой и фосфодиэстеразой змеиного яда удается выделить длинные олигонуклеотиды, возникающие из дефектных участков полимера. [c.385]

Форма и структура вирусных частиц определяются в основном входящими в их состав белками, а не нуклеиновыми кислотами, так как последние можно отщепить соответствующими ферментами, не нарушая ни формы, ни структуры частиц [115]. При этом, однако, под действием нуклеаз теряется активность вирусов и их способность, к размножению. [c.398]

Другим, возможным источником образования фосфорных соединений сахаров могут быть некоторые органические вещества иочвы. Например, из нуклеопротеидов, содержащихся в растительных остатках и микроорганизмах (Хейфец, 1948), могут образовываться фосфаты, рибозы под действием нуклеаз и нуклеозидаз. [c.58]

Упаковка в липосомы. Это один из методов, используемых для защиты экзогенного генетического материала, который вводится в протопласты растений, от действия нуклеаз, которые разрушают нуклеиновые кислоты. [c.61]

Деградация одноцепочечных областей под действием нуклеазы S1 [c.140]

В результате независимо гидролизуются различные фосфодиэфирные связи нуклеиновой кислоты. При определенных условиях каждая фосфодиэфирная связь подвергается действию нуклеазы, но при этом гидролиз данной связи происходит только в ограниченном числе молекул ДНК. Если РНК-полимераза блокирует доступ нуклеазы к ДНК, то определенные связи вообще не будут разорваны. [c.141]

Похожие результаты могут быть получены в экспериментах с использованием экзонуклеазы. Этот фермент действует на концевой участок ДНК и последовательно его деградирует. Если с ДНК связан белок, то при столкновении с ним действие нуклеазы прекращается. В данном случае также можно определить границы промотора, т. е. точки, расположенные по обе стороны от него, далее которых экзонуклеаза не может продвинуться. Таким образом, еще раз подтвердилось, что последовательность, связывающаяся с РНК-полимеразой, расположена примерно на 44 п. н. левее стартовой точки транскрипции. [c.143]

Минимальная нуклеосома была идентифицирована по действию нуклеазы микрококков на нуклеосомный мономер. Реакция этого фермента начинается с введения разреза между нуклеосомами. Но если продолжить реакцию после того, как образованы мономеры, то расщепление [c.362]

Наиболее существенный вывод, который можно сделать из этих результатов, состоит в следующем сайт разрезания представляет собой короткий отрезок (порядка 3-4 пар оснований), в котором фосфодиэфирные связи в обеих цепях открыты для действия нуклеазы. Аналогичный вывод был сделан при детальном исследовании в гелях высокого разрешения фрагментов одной цепи с концевой меткой, полученных при разрезании минимальной нуклеосомы ДНКазой I или II. Пример такого эксперимента показан на рис. 29.15. В каждом сайте действительно существуют 3-4 положения, в которых может произойти разрез, т. е. сайт разрезания определяется с точностью +1 п. н. Относительная интенсивность разрезания указывает на то, что некоторые положения оказываются предпочтительнее других. На основе полученной картины можно подсчитать среднюю точку разрезания. При этом видно, что нуклеотидные пары сайтов от 81 до 84 лежат на расстоянии 10,0 п.н. друг от друга, сайты от 84 до 810 разделены на 10,7 п.н., а для сайтов [c.366]

Для успешного протекания рекомбинации необходим SSB-белок, который покрывает образованную в результате действия Re B D-белка одноцепочечную ДНК и предохраняет ее от действия нуклеазы без SSB-белка нуклеаза Re B D in vitro, вместо того чтобы осуществлять описанную реакцию, деградирует обе цепи ДНК [c.91]

Регуляторные ДНК-связывающие белки прокариот вызывают заметные изменения конформации ДНК. При рентгеноструктурном исследовании комплекса регуляторного белка TFIHA со своим участком ДНК оказалось, что двойная спираль находится в А-форме. Другие изменения (изгибы и изломы двойной спирали) можно обнаружить с помощью электронной микроскопии, электрофореза ДНК-белковых комплексов, а также при действии нуклеаз. Связанный белок защищает от расщепления 15—30 п. о. в месте связывания и порождает два участка повышенной чувствительности к нуклеазам с обеих сторон от места связывания. Тонкий анализ мест гиперчувствительности в хроматине эукариот показал, что они имеют точно такую же структуру — две гипер-чувствительные точки, разделенные защищенны.м участком. [c.257]

В процессе белкового синтеза рибосома каждый раз связана лишь с ограниченным отрезком матричного полинуклеотида (мРНК). Так как отрезки матричного полинуклеотида, непосредственно связанные с рибосомами, оказьшаются защищенными от действия нуклеаз, они могут быть выделены после нуклеазной обработки комплексов рибосома матрица. Длина таких отрезков была найдена равной от 20 до 60 нуклеотидных остатков. В то же время, длина кодирующей последовательности мРНК обычно превосходит 300 нуклеотидных остатков. Отсюда давно стало очевидно, что для считывания всей кодирующей последовательности мРНК рибосома должна последовательно пройти (или, что то же самое, последовательно протащить через себя) матрицу, от 5 -концевой части кодирующей последовательности до ее З -концевой части. Другими словами, рибосома должна работать как лентопротяжный механизм. [c.54]

Хорошим примером дискретной системы, которую можно выделить и которая содержит тесно ассоциированные друг с другом белки и нуклеиновые кислоты, является вирус. Вирус простейшего типа состоит из РНК или ДНК, одно- либо двухцепочечной, окруженной белковой оболочкой, состоящей из идентичных или различных субъединиц, организованных в симметричную структуру. В более сложных типах вирусов имеется также внешний слой, состоящий из липидов и гликопротеинов. Между нуклеиновой кислотой и белком (белками) оболочки существует тесная взаимосвязь, генетическая информация для биосинтеза этого белка закодирована в нуклеиновой кислоте, и в то же время белок предохраняет нуклеиновую кислоту от действия нуклеаз клетки-хозяина. Еще более тесная физическая связь имеет место между белковыми субъединицами. Такая связь была продемонстрирована в результате разрушения вируса табачной мозаики, за которым следовала спонтанная самосборка белка в отсутствие нуклеиновой кислоты. Пустая оболочка, или капсида, была, однако, менее стабильна, чем содержавшие нуклеиновую кислоту реконструированные вирусные частицы. Этот результат указывает, что взаимодействия белок-ну-клеиновая кислота играют важную, хотя, вероятно, не столь значительную роль, по сравнению с белок-белковыми взаимодействиями. Вирусы, таким образом, как бы образуют смысловой мостик между предыдущим разделом и рассматриваемым ниже взаимодействием гистонов с нуклеиновыми кислотами. [c.567]

Синтезированы антисмысловые олигонуклеотиды с фосфорамидитной и полиамидной (пептидной) связями (рис. 21.14, Вм Г). Такие молекулы очень устойчивы к действию нуклеаз. Химические группы, присоединенные к 2 -угле-родному атому сахарного остатка и С-5-атому пиримидинов, также защищают антисмысловые олигонуклеотиды и облегчают их связывание с сайтом-мишенью (рис. 1.14, Ди ). Все преимущества этих и других модификаций сейчас интенсивно изучаются. [c.506]

Химический гидролиз ДНК почти не применяют из-за ослож-ния его побочными процессами. Более предпочтителен фермен-тивный гидролиз под действием нуклеаз. Обычно для этой цели пользуют змеиный яд, в котором содержатся ферменты, рас-епляющие фосфодиэфирные связи. Такие ферменты проявляют ецифичность по отношению к разным типам нуклеиновых [c.443]

Образовавшиеся под действием нуклеаз нуклеотиды расщепляются нуклеотид азами и нуклеозидазами (табл. 26.1). [c.423]

Примером фенольного метода получения является следующая схема выделения ДНК из Euglena gra ilis, разработанная Браверманом и др. [15]. Преимущество этого метода в том, что фенол сразу же останавливает действие нуклеаз, недостаток — незначительный выход ДНК (см. схему). [c.61]

Значительное увеличение молярной экстинкции препаратов 5S РНК из Е. oli после обработки формальдегидом позволяет сделать вывод о существовании в молекуле большого числа спаренных оснований. Этот вывод подтверждается и данными по дисперсии оптического вращения (сопоставление экспериментальных данных с рассчитанными для известной нуклеотидной последовательности в предположении, что такая последовательность не дает спирализованных участков, см. стр. 292) ° . О том же свидетельствует и различная устойчивость олигонуклеотидных участков молекулы к действию нуклеаз, и, наконец, различная реакционная способность одинаковых оснований в полинуклеотидной последовательности 5S РНК2 [c.299]

Присоединение воды по двойной связи С-5—С-6 урацильного ядра или димеризация урацильных звеньев влияют на способность соседней (3 —>-5 )-фосфодиэфирной связи расщепляться под действием нуклеаз. В фотогидратах, получаемых из UpU, расщепление идет с меньшей скоростью, чем в исходном соединении, а в [c.643]

Единственная существенная проблема в описанном выше подходе к фрагментации РНК заключается в том, чтобы в каждом опыте получать одинаковые фрагменты. В случае рРНК дополнительную гарантию воспроизводимости фрагментации можно получить, действуя нуклеазами на целую рибосому (Сох, 1969). Было найдено, что при обработке рибосом ретикулоцитов кролика панкреатической РНК-азой теряется 20-30% рибосомной РНК, однако при этом не наблюдается заметного изменения коэффициента седиментации рибосом или их вида на электронных микрофотографиях. Размеры фрагментов РНК, выделенных после нуклеазной обработки рибосом, указывают на то, что в большой субъединице рибосомы имеется около 40, а в малой - примерно [c.154]

Чтобы понять природу процесса модификации, обеспечивающего защиту ДНК фага X от действия нуклеазы, необходимо прежде всего внести поправку в то упрощенное рассмотрение химии ДНК, которое проводилось в предыдущих главах. Действительно, до сих пор мы считали, что в полинуклеотидной цепи ДНК встречаются только четыре основания аденин, гуанин, тимин и цитозин (за исключением особого случая ДНК Т-четных фагов, где вместо цитозина содержится оксиметилцитозин). Однако аналитические исследования Чаргаффа и Хочкисса, проведенные в конце сороковых годов, показали, что ДНК, выделенные из самых различных источников, содержат также небольшое количество других. [c.370]

Образование двухценочечной конформации проще всего проиллюстрировать, смешивая содержащие соль растворы полимеров адениловой и уридиловой кислот (поли-А и поли-У). Если растворы поли-А и поли-У смешать в эквимолярной концентрации, то в результате спаривания каждого остатка А с остатком У произойдет спонтанное образование двухцепочечного полимера, обладающего следующими особенностями а) поглощение комплекса в ультрафиолете составляет только около 60% поглощения, характерного для данной смеси б) образовавшийся комплекс характеризуется гораздо большим оптическим вращением (—300°), чем одноцепочечный полинуклеотид (—30°) в) аминогруппа и атом N-1 аденина у комплекса теряют способность к химическим взаимодействиям г) комплекс устойчив к действию нуклеаз. Хотя энергия водородной связи не превышает 4 ккал/моль, кооперативный эффект сотен взаимодействующих остатков [c.103]

Однако вопреки этим данным результаты изучения состава оснований и способности к гибридизации указывают на существование явного различия между данными типами Д]ЗК. Это и неудивительно, так как способность к гибридизации зависит от существования в цепях ДНК более длинных участков с одинаковой последовательностью, чем те, которые можно выявить методом ближайших соседей. По существу метод гибридизации заключается в том, что два типа денатурированной нагреванием ДНК (или РНК) смешивают и смесь очень медленно охлаждают (отжиг). Если одна из этих кислот содержит радиоактивную метку, то ее включение в гибридную двойную спираль можно измерить. О происшедшей гибридизации судят по образованию двухцепочечных ДНК, которые нетрудно отдифференцировать от двухцепочечных ДНК с помощью обычных методов ультрацентрифугироваиия. О двухцепочечном строении ДНК говорит и устойчивость к действию нуклеаз [561, 562]. [c.119]

Гидролиз нуклеиновых кислот протекает под действием нуклеаз — дезоксирибонуклеаз (ДНКсзб/) и рибонуклеаз (РНКазь/). Эти ферменты катализируют гидролиз внутренних эндонуклеазы) или концевых экзонук-леазы) 3, 5 -фосфодиэфирных связей в молекулах ДНК или РНК. [c.356]

Какова точная локализация оператора по отношению к промотору Определение размеров /асО-локуса по длине ДНК, защищаемой репрессором in vitro от действия нуклеаз, показало, что он представляет собой область размером около 26 пар нуклеотидов. Она простирается от положения — 5 сразу же слева от стартовой точки мРНК до положения -I- 21 в пределах транскрипционной единицы. Следовательно, область оператора может перекрываться с концом промотора, начинающимся от блока Прибнова и кончающимся в пределах транскрипционной единицы. [c.182]

Каким образом репрессор определяет, в каком сайте начать связывание, сталкиваясь с такой трипликацией связывающих сайтов в каждом операторе В каждом операторе сайт 1 имеет более высокое сродство (примерно в 10 раз) к репрессору по сравнению с другими сайтами. В результате репрессор всегда связывается сначала с Ol 1 или Or 1. Так, при низких концентрациях репрессора in vitro от действия нуклеаз в каждом операторе защищается фрагмент длиной около 25 пар оснований. Фрагмент соответствует 17 парам оснований сайта 1 плюс нескольким соседним нуклеотидам. При увеличении концентрации репрессора защищается фрагмент из 50 пар оснований, соответствующий операторам 0l1-0l2 или Or 1-Or 2. Для связывания с сайтом З требуются большие концентрации репрессора, но, если это достигается, оказывается защищенным фрагмент из 80 пар оснований, соответствующий полному оператору. [c.215]

ОН-группа, образовавщаяся под действием нуклеазы, должна превратиться в 5 -фосфатную. Обычно это происходит путем обычной киназной реакции, в которой донорной группой служит у-фосфат АТР. [c.319]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология