Зонды вырожденные

Если известна первичная структура гена или кодируемого им белка, или хотя бы их фрагментов, то для скрининга клонов можно использовать синтетические олигонуклеотиды — зонды. Экспериментально установлено, что зонды не должны быть короче 14 —15 п.о. Лучше брать два зонда одновременно к разным участкам одного и того же гена. В силу вырожденности кода, если известна только аминокислотная последовательность, приходится синтезировать набор олигонуклеотидов, из которых один будет полностью комплементарен к искомому гену. [c.155]

Обратная трансляция. Выбрать последовательность зонда и праймеров для ПЦР к неизвестному гену иногда оказывается возможным путем очистки небольшого количества белка, кодируемого клонируемым геном, и определения последовательности его нескольких Н-концевых или С-концевых аминокислотных остатков [237, 238]. На основании этих данных с учетом вырожден- [c.164]

Проблема патентования молекул ДНК весьма противоречива. Ведомство по патентам и товарным знакам США (РТО) отказало в выдаче патентов на частично секвенированные кДНК, поскольку в заявках отсутствовали конкретные данные о их практической пользе отказано было и в выдаче патентов на гены, идентифицированные с помощью гибридизационных зондов, которые были синтезированы исходя из опубликованных данных по аминокислотной последовательности. Позже решение РТО было отменено в суде на основании того, что вырожденность генетического кода не позволяет однозначно определить нуклеотидную последовательность кДНК исходя из данных об известной аминокислотной последовательности соответствующего белка, а следовательно, условие неочевидности, необходимое для патентования такого рода изобретений, выполняется. [c.541]

N0. Как уже указывалось, N0 является П-paдикaлoм, и его сигнал ЭПР нельзя наблюдать до тех пор, пока не снято вырождение к -орбиталей. Как следует из уравнения (19), спектральные характеристики чрезвычайно чувствительны к величине расщепления тс-орби-талей. Следовательно, молекула N0 должна быть идеальным зондом для определения потенциала электрического поля, обусловленного катионами в цеолитах. Лансфорд [17] первым описал спектры N0, адсорбированной на цеолитах Ыа и NH4Y. Гарднер и Вайнбергер [18] наблюдали подобные спектры при адсорбции N0 на цеолитах 4А, [c.430]

Рис. 5-84. Выбор участков с известной аминокислотной последовательностью для приготовлеиия синтетических о лигонуклеотидных зондов В действительности кодирует данный белок только одна какая-то нуклеотидная последовательность. Однако вследствие вырожденности генетического кода несколько разных нуклеотидных последовательностей могут дать одну и ту же аминокислотную последовательность, так что нельзя заранее сказать, какая из них окажется правильной. Желательно, чтобы в смеси олигонуклеотидов, используемых в качестве зонда, правильная нуклеотидная последовательность составляла наибольшую фракцию, поэтому выбирают участки, для которых число возможностей минимально, как это видно на рисунке. После того как смесь олигонуклеотидов будет синтезирована химическим путем, 5 -конец каждого

Программы дизайна зондов учитывают два возможных источника информации для синтеза праймеров — ДНК (или РНК) и белок. В обоих случаях задается интервал нуклео.идной или аминокислотной последовательности, и программа предлагает лучший вариант для этого интервала. Из-за вырожденности кода зонд, синтезированный на основе данных по аминокислотной последовательности, не может быть полностью комплементарным отыскиваемой последовательности. В заданном интервале программа отыскивает участок, содержащий метионины и фиптофаны (они имеют по одному кодону) и не включающий лейцины, серины и аргинины (они имеют по шесть кодонов). Как правило, программа предлагает вырожденные праймеры, отличающиеся друг от друга одним нуклеотидом. Вырожденные праймеры используются, когда неизвестна точная структура отыскиваемой последовательности (поиск нового гена какого-либо семейства генов, поиск межвидовых гомологичных генов, известна только структура белка). [c.472]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология