Стандартная значимость

Матрица сравнения может помочь в правильном расположении последовательностей. Рассчитанная выше стандартная значимость [c.236]

После установления совпадения по матрице, показанной на рис. 9.5, б, можно рассчитать с помощью процедуры, описанной выше для сравнения миоглобина с гемоглобином, кумулятивные вероятности, а следовательно, стандартную значимость родства. [c.237]

Качественный критерий родства можно вывести из наблюдаемого распределения сумм М. Очень часто, однако, явного совпадения обнаружить не удается. В таких случаях наблюдаемое распределение всех значений М(р, д) (20 ООО при сравнении цепи из 100 остатков с цепью из 200 остатков) можно сравнить с распределением, ожидаемым при сравнении случайных последовательностей. Если высокие значения М р, д) встречаются намного чаще, чем можно было ожидать, то в последовательностях имеется много совпадающих участков и белки родственны друг другу. Однако степень этого родства трудно выразить количественно, поскольку стандартная значимость не может быть рассчитана. [c.237]

Стандартную значимость для сравнения типов свертывания цепей пока определить нельзя. При сравнении свертывания цепей можно использовать среднеквадратичное Сс -расстояние таким же образом, как использовалась сумма М, введенная для сравнений аминокислотных последовательностей. Однако если кумулятивная вероятность для М могла быть рассчитана путем сравнения со случайными аминокислотными последовательностями (рис. 9.5, а), то в случае свертывания цепей ситуация более сложна, поскольку случайные укладки цепи неизвестны. Поэтому пока еще невозможно уста- [c.238]

Матрица сравнения С -расстояний может выявить совпадение цепей. Структуры отдаленно родственных белков обычно сильно отличаются друг от друга за счет больших вставок и делеций, как это показано на рис. 9.4 для структур химотрипсина и протеазы В. При сравнении свертывания цепей, как и при сравнении аминокислотных последовательностей, требуется совпадение соответствующих остатков, хотя на среднеквадратичном С -расстоянии нарушения совпадения сказываются не так резко, как на сумме М. Такое совмещение можно производить по той же схеме, что и при сравнении последовательностей, рис. 9.5, б М[р, д) нужно заменить среднеквадратичными С, -расстояниями между сегментами цепи данной длины, центрированными относительно ряд [802]. После установления совпадений можно определить общее среднеквадратичное расстояние между соответствующими остатками. Однако его опять-таки нельзя перевести в стандартную значимость подобия двух рассматриваемых белков, поскольку кумулятивные вероятности для среднеквадратичных Со,-расстояний пока не известны. [c.239]

Сравнения топологии слоев подчеркивают важность для структур белков р-складчатых листов. Учитывая трудности перевода средних Сщ-расстояний в стандартные значимости, следует упомянуть о менее строгом способе сравнения свертывания цепей, основанном на топологии (З-структуры и, естественно, применимом только к белкам, содержащим (З-складчатые листы. Подобную топологию определяют как ход цепи в (З-структуре (субструктуре, считающейся жесткой) без учета точных координат [255] (рис. 7.7). Например, различное расположение листов вдоль цепи или сочленений между параллельными листами на разных сторонах (З-структуры описывает различную топологию 3-структур. [c.240]

В двух случаях приближенные стандартные значимости родства определены по топологиям 8-структуры. Априорную значимость можно снизить до приближенной стандартной значимости, равной 3500, если учесть наблюдаемую предпочтительность Ра(3-звеньев (разд. 5.2) и наблюдаемую корреляцию по соседним остаткам в (3-структурах (рис. 5.15, а) оба эти условия отражают пространственные ограничения, которые снижают число возможных топологий (3-структур. Значимость, равная 3500, без сомнения, указывает на эволюционное родство дегидрогеназ. [c.241]

Метод Мак-Лахлана дает стандартную значимость для родства двух последовательностей. Поскольку кумулятивная вероятность учитывает биологические ограничения, налагающиеся ка замену аминокислот (хотя и в весьма обобщенном виде), она намного более достоверна, чем априорная вероятность. Такую биологически согласованную вероятность называют стандартной вероятностью , а обратную ей величину — стандартной значимостью [387]. Уровень, выше которого стандартная значимость означает эволюционнсе родство, не является достаточно четким. Ясно, что для величин, бель- [c.235]

Стандартная значимость была определена также для топологий Р-структур иммуноглобулина и пероксид-дисмутазы [548]. Ее величина, равная 30 ООО (по расчету авторов 3000, X 10 в связи с учетом ограничения группы сравниваемых белков, как в случае дегидрогеназ), явно указывает на эволюционное родство. Хотя сравнения топологий (3-структур возможны лишь в ограниченном числе структур, тем не менее они показывают, каким способом можно выполнять сопоставление и количественно оценивать по свертыванию цепи очень отдаленное родство белков. [c.241]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология