Кинетика конформационных стэкинга

Кинетические процессы, соответствующие конформационным изменениям в нуклеиновых кислотах, характеризуются широким диапазоном времен релаксации. Образование изолированных пар оснований и стэкинга оснований происходит за время порядка наносекунд. Короткие двойные спирали могут образовываться с константой скорости около 10 М с При этом быстро образуется неустойчивый зародыш спирали, а лимитирующей стадией является, по-видимому, образование второй или третьей пары затем происходит быстрый рост спирали. Кинетика денатурации коротких спиралей оказывается очень быстрой и характеризуется высокой энергией активации. Напротив, кинетика плавления ДНК очень сложна и может быть очень медленной. Это связано с расплетанием частично денатурированной двойной спирали, которое лимитируется трением. [c.380]

Из соотнощения (23.53) можно определить мольную долю динуклеотилов со стэкингом Xs и затем найти константу равновесия для образования стэкинга в основном состоянии, = х,/(1 — Xs) = 9. Если бы константы скоростей для образования стэкинга в основном и возбужденном состояниях совпадали, то константа скорости разрушения стэкинга была бы равна А 5 = к /К = 1,9- 10 с . Тогда время релаксации, которое получалось бы в результате исследований метолом температурного скачка или каким-либо аналогичным методом (гл. 16), составило бы т = (к + к ) = 5,3 не. Это значительно меньше тех значений, которые обычно наблюдаются в релаксационных экспериментах. Следовательно, мы вполне можем пренебречь временем образования одноцепочечного стэкинга при анализе кинетики других конформационных изменений в нуклеиновых кислотах. Лимитирующие процессы или релаксационные процессы, наблюдаемые в двухцепочечных системах, должны соответствовать другим элементарным актам. [c.335]