Нуклеотидная последовательность энергию образования пары оснований

Рассмотрим вначале вопросы статистической термодинамики образования двойной спирали. Природные ДНК и РНК и даже гомогенные по последовательности синтетические полинуклеотиды столь сложны, что попытки разграничить типы термодинамических взаимодействий, ответственных за образование упорядоченных структур, оказываются безуспешными. Прекрасной моделью для исследования таких взаимодействий являются олигонуклеотиды, поскольку их длина может изменяться в любых пределах. Рис. 23.1. иллюстрирует конкретные вопросы, которые можно исследовать, используя олигонуклеотиды. Как велико влияние последовательности на стабильность двойной спирали Как сказывается на стабильности наличие одноцепочечных концов, одноцепочечных петель, разрывов в одной или обеих цепях Как влияет на стабильность структур со шпильками размер петли в шпильке В принципе следовало бы проверить влияние последовательности оснований (или по крайней мере нуклеотидного состава) на все эти эффекты. Хотелось бы также найти значения свободной энергии для каждого из десяти специфических взаимодействий между соседними парами в двойной спирали и выяснить влияние на эти параметры различных конфигураций неспаренных оснований. [c.308]

Инициация. Белки гер, или ферменты хеликазы (лат. helix — спираль), расплетают короткие участки ДНК. На разделение каждой пары оснований расходуется энергия гидролиза двух молекул АТФ до АДФ и неорганического фосфата. К каждой из разделившихся цепей прочно присоединяются несколько молекул ДНК-связывающе-го белка, которые препятствуют образованию комплементарных пар и обратному воссоединению цепей. Благодаря этому нуклеотидные последовательности цепей ДНК оказываются доступными для репликативной системы. Быстрое раскручивание цепей родительской ДНК в процессе репликации (4500 об/мин) компенсируется биологическим шарниром — ферментом гиразой (семейство топоизо-мераз), который обеспечивает кратковременный разрыв одной из цепей ДНК, быстро восстанавливаемый с высокой точностью после [c.302]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология