Олигонуклеотиды, используемые

Для синтеза таких олигонуклеотидов используют два метода. Одни из них, так называемый фосфодиэфирный , основан на конденсации нуклеотида (I) с защищенной гидроксильной группой с нуклеозидом [c.366]

Синтетические олигонуклеотиды используются в качестве линкеров или адаптеров для облегчения встраивания ДНК в векторы, затравок для ферментативного синтеза ДНК, а также затравок при секвенировании ДНК и РНК. Их применяют для сайт-направленного мутагенеза и как контрольные элементы для изучения экспрессии генов. Синтетические нуклеотиды используют также для конструирования полных генов. В зависимости от цели использования их длина варьирует от 5 до 60 нуклеотидов. Трудности, возникающие при получении длинных олигонуклеотидов, связаны не с собственно их синтезом, а с очисткой материала. [c.88]

После удаления Ы-защитной группы наращивание полипептидной цепи проводят стандартными методами пептидного синтеза в р-ре (см. Пептиды). В качестве конденсирующих агентов наиб, часто используют карбодиимиды или предварительно превращают аминокислоты в активир, эфиры. При синтезе олигонуклеотидов в качестве Н, используют макропористые стекла или силикагель. Якорной группой служит карбоксильная группа, отделенная от пов-стн Н. спец, ножкой , напр, [c.504]

Полевую десорбцию используют при исследовании многих термически нестабильных и полярных соединений, особенно сахаров, пептидов, олигонуклеотидов, а также полярных и неполярных синтетических материалов с массой до 10 ООО Д и выше. [c.30]

С разработкой быстрых и недорогих методов химического синтеза фрагментов ДНК методология молекулярно-биологических исследований ДНК существенно изменилась. Химически синтезированные олигонуклеотиды можно использовать для конструирования целых генов или их фрагментов, для амплификации специфических фрагментов ДНК, для направленных мутаций изолированных ДНК, а также в качестве зондов при гибридизации и в качестве линкеров, облегчающих клонирование. [c.47]

На примере 1-5 установлено, что нуклеотидный состав влияет на интенсивность флуоресценции интеркалирующего красителя этидийбромида. Так, при равных величинах оптической плотности растворов бедные 1 уанином олигонуклеотиды окрашиваются этидийбромидом намного хуже. По-видимому, наличие гуанина влияет на интеркалирующую способность красителя. Все синтезированные олигонуклеотиды использовались для амплификации соответствующих участков ДНК-матриц. [c.47]

Одноцепочечные олигонуклеотиды используют в качестве праймеров для сайт-специфического мутагенеза in vitro. [c.86]

Зонд (Probe) 1. Соединение, меченное тем или иным способом и использующееся для выявления родственных биохимических молекул в сложном образце. 2. Олигонуклеотид, использующийся для выявления комплементарных последовательностей с помощью гибридизации. [c.549]

Метод синтеза, при котором на каждом последующем шаге присоединяется мономерное звено, называется ступенчатым. Обычно таким образом синтезируются не более чем 3 — 4-звенные олигонуклеотиды, что связано с трудностями отделения продукта конденсации от исходного олигонуклеотида по мере увеличения д,7ины цепи, поскольку они различаются всего на одно звено. Для синтеза более длинных олигонуклеотидов используют блочный метод. К динуклеотиду со свободной 3 -гидроксильной группой (tt) [c.359]

Расчеты показывают, что для специфичного связывания с геном в геноме, иап(жмер для бактериофага >., достаточна длина 12 нуклеотидных звеньев, последовательность 15 звеньев идентифицирует уникальный ген в дрожжевом геноме, а 18—20-членные олигонуклеотиды используют для поиска генов в банке генов млекопитающих. [c.379]

Для выделения транспортной РНК и синтетически защищенных олигонуклеотидов используют БД-сефадекс. Это липофильное производное ДЗАЭ-сефадекса А-25, полученное бензоилировани-ем, соответствует - 5 мэкв, бензоильных групп на 1 г сухого геля. Емкость по тРНК составляет 20 мг на 1 мл объема колонки. Поскольку при экстремальных pH возможен гидролиз эфирных связей ароматических групп с матрицей, фирима рекомендует непосредственно перед использованием проводить промывку сорбента. [c.142]

Такой подход — полное ацилирование нуклеозида и последующее избирательное 0-деацилирование — широко применяется в настоящее время для получения N-ацильных производных нуклеозидов и нуклеотидов, используемых в синтезе олигонуклеотидов (см. гл. 1). Различие в скорости отщепления О- и N-ацильных групп в нуклеозидах увеличивается при переходе от ацетатов к бензоатам и далее к произодным /г-метоксибензойнои (анисовой) кислоты параллельно уменьшению скорости деацилировання. Поэтому наиболее часто в синтезе олигонуклеотидов используется Ы-(/г-ани- [c.404]

В результате -РНК-азного гидролиза этого фрагмента с последующей гомо зоматографией были получены три длинных олигонуклеотида. Каждый из них анализировали, сочетая действие панкреатической РНК-аэы, кислой РНК-азы селезенки и панкреатической РНК-азы после СМТС-модифшш-рующего реагента. Для определения структуры одного из этих олигонуклеотидов использовали также и2 РНК-азу. [c.178]

В 1978-1979 гг. С. Джиллам и М. Смит с соавторами экспериментально обосновали возможность использования синтетических олигонуклеотидов в качестве мутагенов (рис. 6.10, а). Объектом мутагенеза авторы выбрали фаг 0X174, имеющий небольшую одноцепочечную кольцевую ДНК, для которой уже была известна последовательность нуклеотидов. Одноцепочечную кольцевую ДНК гибридизовали с синтетическим олигонуклеотидом, имевшим определенные отличия от соответствующей последовательности фагового генома, например точечную замену одного из нуклеотидов. Данный олигонуклеотид использовали в качестве праймера для достройки второй цепи на ДНК- [c.180]

Внимательный читатель скорее всего заметил, что в ходе написания данной статьи авторы волей-неволей концентрировали свое внимание на различных аспектах применения ПЦР и неразрывно связанных с этим могцным методом олигонуклеотидных праймеров. Однако сделанное чуть выгпе описание отдельных наноструктур и наномеханических устройств показало, что олигонуклеотиды используются не только в качестве затравок при ферментативном построении новых цепей ДНК, а также в клонировании и секвенировании. Другое оригинальное применение олигонуклеотидов связано с их использованием в качестве фармацевтических препаратов. [c.64]

Группа Летсингера и Клотца разработала недавно метод синтеза иеитидов с использованием матриц этот метод напоминает природный механизм синтеза на рибосомах (рис. 2.1). В методе используются полимерный носитель и полинуклеотидная матрица, но отсутствует необходимость, как и в природных системах, временно защищать аминокислоты для образования правильных связей. Такой подход назван методом комплементарного носителя (рис. 2.5). Растущая полипептидная цепь связана концевой карбоксильной группой с 5 -ОН-группой олигонуклеотида эфирной связью. Новая поступающая аминокислота также присоединена эфирной связью, но с З -ОН-групной второго олигонуклеотида. [c.65]

Удаление шнффова основания можно проводить обработкой п кислых ил> щелочных условиях обычно используют раствор аммиака в метаноле. 2, 3 -0-Дп метиламинометиленовая группа сахарного остатка еще более лабильна и уда ляется при добавлении всего лишь воды. Тем не менее чувствительность шпф фовых оснований к кислотам и щелочам может стать недостатком, если в даль нейших операциях используется кислотная или щелочная обработка. Кроме того тимин и урацил (если они входят в состав олигонуклеотида) могут подвергаться метилированию, например [c.157]

Для флуоресцентного детектирования олигонуклеотидов наибольшее применение находит метод, основанный на использовании люминесцентных праймеров ДНК [14], образующихся при нуклеофильной атаке свободной аминогруппой 5 -аминоолигонуклеотида элекгрофильного центра люминофора. В качестве последнего используют молекулы с шестью и более сопряженными ненасыщенными связями, обычно содержащие фенильный фрагмент с нуклеофильно подвижным атомом галогена. Одним из таких люминофоров является 7-фтор-4-нитробенз-2-окса-1,3-диазол [c.39]

Идентификация модифицированных нуклеотидных остатков в полинуклеотидной цепи РНК долгое время была задачей особой трудности. С появлением современных методов секвенирования нуклеиновых кислот она существенно упростилась. Модификацию РНК или ее расщепление ферментами ведут таким образом, чтобы (как и при секвенировании) было затронуто в среднем только одно звено на молекулу (в чем есть дополнительный смысл, так как множественная модификация РНК искажает ее структуру). Далее, если изучается РНК небольшого размера или сегмент РНК, примыкающий к одному из ее концов, то этот конец метят радиоактивной меткой и задача идентификации модифицированного основания (после расщепления соответствующего звена) или атакованной нуклеазой межнуклеотидной связи сводится, как и при секвенировании, к определению длины фрагмента по его подвижности в высокоразрешающем электрофорезе в геле. В том случае, когда анализируемый район удален от концов молекулы на расстояние больше 150—200 н. о., используют реакцию обратной транскрипции (см. гл. 13). Для этого синтезируют олигонуклеотид, комплементарный участку РНК, расположенному вблизи от анализируемого района с З -концевой стороны молекулы, и далее используют его как праймер для обратной траискриптазы. Так как этот фермент останавливается на модифицйрованных остатках матрицы (или в том месте, где расщеплена фосфодиэфирная связь), то вновь по длине образующегося фрагмента можно определить положение модифицированного звена в РНК. [c.40]

Это — очень круппопористые, относительно мягкие обменники с Миснл 10 . Они широко используются для хроматографии белков и олигонуклеотидов. [c.270]

В большинстве случаев в качестве лигандов для этой цели используют триазиновый краситель Giba ron Blue F3GA , гепарин и иммобилизованные нуклеиновые кислоты или олигонуклеотиды. Рассмотрим несколько примеров каждого из этих вариантов. [c.420]

Олигонуклеотиды несут большой отрицательный заряд, поэтому они с успехом могут быть разделены на слабых крупнопористых анио-нообменниках. Для этой цели используют колонки, заполненные ДЭАЭ-сефадексом, ДЭАЭ-целлюлозой, Эктеола-целлюлозой и др. Нуклеотиды элюируются с колонки в градиенте концентрации Na l в порядке увеличения их молекулярной массы. Для подавления неспецифической сорбции нуклеотидов на полисахаридных матрицах хроматографию проводят в присутствии 7 М мочевины. [c.177]

В табл. 11.3 прелстав ен краткий обзор работ, которые могут служить иллюстрацией методов, применяющихся в синтезе олигонуклеотидов. (В таблице использованы также применяющиеся в этой области сокращения. 2 [c.427]

В качестве нуклеотидного и нуклеозидного компонентов применяют мономеры или олигонуклеотиды. Эту р-цию используют для синтеза ди-, три- и тетрарибонуклеотидов. При увеличении длины олигорибонуклеогида начинает преобладать обратная р-ция (гидролиз олигонуклеотида). [c.301]

В 1958 г. Хорана предложил для последовательной деструкции цоли-дезоксирибонуклеотидов использовать избирательный ферментативный гидролиз. Были найдены два специфических фермента, которые избирательно расщепляли 3 -5 -связь дизамещенного эфира по месту связи Ссз)—О или С сз)—С ("5) — О. Фосфодиэстераза селезенки расщепляла эту связь по месту С(5)—О, оставляя С (з)-фосфат, диэстераза змеиного яда — связь С (3) —О, оставляя С (5)-фосфат. Так как в полимерной цепи ДНК или соответствующего олигонуклеотида с одного края всегда находится нуклеотид со свободной С (3)-гидроксильной группой, а с другой стороны цепь заканчивается нуклеотидом со свободным С (Г)-гидроксилом, то, очевидно, можно, действуя тем или иным ферментом, последовательно разрушать цепь с одного из ее концов, идентифицируя отщепляющиеся мононуклеотиды с помощью бумажной хроматографии. [c.254]

Сам синтез осуществляется вирус-специфической РНК-полимеразой. Для работы очищенных препаратов этого фермента требуется не только матрица, но и затравка — комплементарный матрице олигонуклеотид другими словами, фермент катализирует элонгацию цепи РНК, но не может осуществить инициацию этой цепи. Вновь синтезируемая цепь формирует межцепочечный дуплекс с матрицей. Из-за этого, а также из-за отсутствия соответствующих затравок очищенная РНК-полимераза вируса полиомиелита не способна осуществлять полный цикл репликации вирусного генома in vitro. Есть основания полагать, что и in vivo лля репликации РНК вируса полиомиелита используется многокомпонентный аппарат, который включает помимо РНК-полимеразы и VPg по крайней мере еще [c.320]

Смотреть страницы где упоминается термин Олигонуклеотиды, используемые: [c.498] [c.89] [c.48] [c.67] [c.160] [c.20] [c.320] [c.326] [c.148] [c.286] [c.322] [c.322] [c.447] [c.449] [c.496] [c.497] [c.502] [c.502] [c.503] [c.505] [c.421] [c.301] [c.137] [c.20]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология