Раскручивание ДНК при интеркаляции

Именно такого рода исследования физических свойств связанных с ДНК лигандов привели в свое время к предположению, что этидий, акрифлавин и другие лиганды с плоской стереохимической структурой связываются с ДНК путем интеркаляции. В пользу этой модели говорили и результаты рентгеноструктурных исследований волокон, однако в присутствии связанных лигандов удавалось приготовить лишь мало упорядоченные волокна, так что получаемая информация была весьма неполной. Был проведен ряд элегантных исследований по влиянию связывания бромистого этидия на гидродинамические свойства кольцевой замкнутой ДНК, результаты которых не только находились в согласии с моделью интеркаляции, но позволили получить количественную оценку угла раскручивания двойной спирали при связывании одной молекулы лиганда. Однако всех этих дан- [c.371]

Интеркаляция часто используется для оценки степени отрицательной суперспиральности молекул ДНК- Добавляя возрастающие количества интеркалирую-щего агента, следят за тем, как изменяется константа седиментации (или другие свойства) ДНК- По мере возрастания степени интеркаляции происходит раскручивание витков вторичной структуры ДНК [р в уравнении (2-14)]. Каждое интеркалирую-щее кольцо вызывает раскручивание спирали на —26°. Поскольку для замкнутого ковалентного дуплекса значение а [уравнение (2-14)] постоянно, понижение р при возрастании интеркаляции ведет к увеличению т. Когда интеркаляция достигнет уровня, при котором т повысится до О, будет наблюдаться минимальная скорость седиментации. Дальнейшее добавление интерка-лирующего агента приведет к положительной суперспирализации. [c.141]

Приведенная здесь оценка основана на том, что интеркаляция одной молекулы профлавина дает угол раскручивания 16° для сравнения отметим, что этиднумбро-мид приводит к раскручиванию на 26°. В более ранней литературе угол раскручивания для этидиумбромида принимался равным 12° и получавшаяся в результате плотность супервнтков ( а) оказывалась ниже приводимых теперь ( а) [84, 86а, Ь]. [c.141]

Пространственная модель комплекса должна учитывать раскручивание ДНК и его особенности. Лерман предложил модель интеркаляции, согласно которой молекулы АК прослаиваются между парами оснований ДНК, вступая с ними в вертикальное взаимодействие [142]. Для такой интеркаляции необходимо раскручивание сахаро-фосфатных остовов обеих цепей ДНК, что создает между парами оснований свободное пространство, достаточное для включения молекулы красителя. Ван-дер-ваальсова толщина этой молекулы составляет 3.4 А. Модель Лермана [c.528]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология