Фосфодиэфирный метод синтеза олигонуклеотидов

Для синтеза таких олигонуклеотидов используют два метода. Одни из них, так называемый фосфодиэфирный , основан на конденсации нуклеотида (I) с защищенной гидроксильной группой с нуклеозидом [c.366]

При ступенчатом синтезе олигонуклеотидов фосфодиэфирным методом в качестве нуклеотидного компонента обычно применяют производные нуклеозид-5 -фосфатов. Так, тимидилил-(3 - 5 )-тимидин был получен взаимодействием 3 -0-ацетилтимидин-5 -фос-фата ЬХХХП и 5 -0-тритилтимидина в присутствии дициклогексилкарбодиимида (стр. 90). [c.89]

Ключевой стадией при синтезе олигонуклеотидов является создание 3 —5 -фосфодиэфирной связи между остатками нуклеозидов, входящими в состав полимера. В настоящее время для этого используют два основных метода. [c.83]

Хотя оба метода позволяют получать полинуклеотиды длиной до 100 нуклеотидов и более, с их помощью нельзя получить функциональные гены. Поэтому синтетические олиго- и полинуклеотиды, используемые для сборки гена, и в настоящее время сшивают способом, который на заре развития полинуклеотидно-го синтеза был предложен Г.Корана для соединения 20-мерных олигонуклеотидов, полученных фосфодиэфирным методом (рис. 83). Для соединения олигонуклеотидов I и II используется третий, вспомогательный, нуклеотид III, которых комплементарен 5 -концу одного и 3 -концу другого олигонуклеотида, образуя дуплекс с ником. Этот вспомогательный нуклеотид III играет роль матрицы для олигонуклеотидов I и II, причем его 3 -конец комплементарен 3 -концу олигонуклеотида II, а 5 -конец — 5 -концу олигонуклеотида I, несущего фосфомоноэфирную группу. Размер матрицы должен обеспечивать достаточную устойчивость дуплекса с ником, для чего каждый из сшиваемых олигонуклеотидов должен перекрывать матрицу III длиной по 8—10 пар нуклеотидов. Обработка комплекса олигонуклеотидов I, II и III ДНК-лигазой в присутствии доноров остатков АМР (АТР или NAD ) приводит к сшиванию олигонуклеотидов I и II. Как видно из рис. 83, двуцепочечный фрагмент образуется с выступающими одноцепочечными концами. Эти концы могут быть использованы для дальнейшего наращивания цепи. Для этого необходимо синтезировать олигонуклеотиды IV и V, частично перекрывающие выступающие 3 - и 5 -концевые фрагменты I — II нуклеотида. Обработка комплекса, содержащего олигонуклеотиды I — II, III, IV [c.298]

Огромный вклад в дело химического синтеза олигонуклеотидных блоков с заданной последовательностью внес уже упоминавшийся Х.Г.Корана, которому вместе с коллегами пришлось преодолеть многочисленные трудности. Так, 60-е и начало 70-х годов двадцатого столетия были периодом фосфодиэфирного синтеза, который позволил сдвинуть весь этот пласт, но оказался непригоден для широкого использования из-за своей крайней медлительности, поскольку средняя скорость нарагцивания олигонуклеотидной цепи этим методом составляла одно звено в месяц. Более того, осугцествить подобный процесс мог только высококлассный химик, обладавший к тому же адским терпением. С появлением в начале 70-х гг. фосфотриэфирного метода, скорость синтеза заметно возросла, что постепенно превратило процесс получения олигонуклеотидов в довольно рядовое событие. [c.12]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология