Справочник химика 21

Химия и химическая технология

Статьи Рисунки Таблицы О сайте English

Олигонуклеотиды

    Для синтеза таких олигонуклеотидов используют два метода. Одни из них, так называемый фосфодиэфирный , основан на конденсации нуклеотида (I) с защищенной гидроксильной группой с нуклеозидом [c.366]

    Твердофазный синтез олигонуклеотидов не достиг такого же высокого уровня, как твердофазный синтез пептидов. Оказалось сложным подобрать подходящую нерастворимую матрицу и прео- [c.180]


    Эту последовательность реакций можно повторять, пока не будет синтезирована желаемая полипептидная цепь. Отметим, что на каждой стадии растущая полипептидная цепь переносится на олигонуклеотидный носитель, а после окончания синтеза оли-гонуклеотидный носитель отщепляют от нерастворимой матрицы. Олигонуклеотид, прикрепленный к полипептидной цепи, облегчит хроматографическую очистку полипептида, а затем его можно отщепить мягкой щелочной обработкой. [c.66]

    Олигонуклеотиды с остатком гуанозин-З -фос-фата на З -конце [c.14]

    Модель 2, Выявление частот встречаемости олигонуклеотидов различной длины. [c.224]

    БЛОК АНАЛИЗА ЧАСТОТ ВСТРЕЧАЕМОСТИ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ [c.230]

    Полученные таким образом характеристики отражают насыщенность олигонуклеотидами различных типов протяженных участков последовательностей функциональных сайтов. Схема получаемых в данной модели характеристик представлена на рисунке 5. [c.230]

    Химический синтез нуклеиновых кислот остается пока нерешенной задачей. Получены синтетические полинуклеотиды, которые отличаются от природных нуклеиновых кислот тем, что они являются полимерами только одного или нескольких ргуклеотидов, но с произвольным, неспецифическим их распределением в цепи. Гомогенные олигонуклеотиды синтезируют обычно поликонденсацией мононуклеотидов под действием дициклогексилкарбодиимида  [c.366]

    И - олигонуклеотид, выявлений на первом этапе. [c.230]

    АНАЛИЗ ЧАСТОТ ВСТРЕЧАЕМОСТИ МОНО- И ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ В ВЫБОРКЕ ПРОМОТОРОВ [c.233]

    Поэтому для уточнения полученой закономерности был проведен анализ частот олигонуклеотидов в 5 и З направлениях от каждой пары в последовательности. [c.233]

    Группа Летсингера и Клотца разработала недавно метод синтеза иеитидов с использованием матриц этот метод напоминает природный механизм синтеза на рибосомах (рис. 2.1). В методе используются полимерный носитель и полинуклеотидная матрица, но отсутствует необходимость, как и в природных системах, временно защищать аминокислоты для образования правильных связей. Такой подход назван методом комплементарного носителя (рис. 2.5). Растущая полипептидная цепь связана концевой карбоксильной группой с 5 -ОН-группой олигонуклеотида эфирной связью. Новая поступающая аминокислота также присоединена эфирной связью, но с З -ОН-групной второго олигонуклеотида. [c.65]

    Удаление шнффова основания можно проводить обработкой п кислых ил> щелочных условиях обычно используют раствор аммиака в метаноле. 2, 3 -0-Дп метиламинометиленовая группа сахарного остатка еще более лабильна и уда ляется при добавлении всего лишь воды. Тем не менее чувствительность шпф фовых оснований к кислотам и щелочам может стать недостатком, если в даль нейших операциях используется кислотная или щелочная обработка. Кроме того тимин и урацил (если они входят в состав олигонуклеотида) могут подвергаться метилированию, например  [c.157]


    Серия работ группы Карузерса открывается статьей, описывающей воз можности использования силикагеля в качестве нерастворимой матрицы для твердофазного синтеза олигонуклеотидов [367]. [c.181]

    В последние годы параметры В-, А- и Z-форм двойных спиралей ДНК удалось уточнить высокоразрешающим рентгеноструктурным анализом монокристаллов самокомплементарных синтетических олигонуклеотидов, образующих короткие двойные спирали (дуплексы). При этом можно оценить конформацию каждой нуклеотидной пары в дуплексе. Оказалось, что внутри двойной спирали сушествует конформационная микрогетерогенность в зависимости от последовательности нуклеотидных пар конформации сахаров в нуклеотидных остатках несколько отличаются. 2 го приводит к отличиям в межнуклеотидных расстояниях вдоль оси спирали и к различному наклону пар оснований к этой оси. Такие зависящие от первичной структуры различия во вторичной структуре ДНК, по-видимо.му, чрезвычайно важны для ее функционирования. [c.29]

    Для флуоресцентного детектирования олигонуклеотидов наибольшее применение находит метод, основанный на использовании люминесцентных праймеров ДНК [14], образующихся при нуклеофильной атаке свободной аминогруппой 5 -аминоолигонуклеотида элекгрофильного центра люминофора. В качестве последнего используют молекулы с шестью и более сопряженными ненасыщенными связями, обычно содержащие фенильный фрагмент с нуклеофильно подвижным атомом галогена. Одним из таких люминофоров является 7-фтор-4-нитробенз-2-окса-1,3-диазол [c.39]

    Идентификация модифицированных нуклеотидных остатков в полинуклеотидной цепи РНК долгое время была задачей особой трудности. С появлением современных методов секвенирования нуклеиновых кислот она существенно упростилась. Модификацию РНК или ее расщепление ферментами ведут таким образом, чтобы (как и при секвенировании) было затронуто в среднем только одно звено на молекулу (в чем есть дополнительный смысл, так как множественная модификация РНК искажает ее структуру). Далее, если изучается РНК небольшого размера или сегмент РНК, примыкающий к одному из ее концов, то этот конец метят радиоактивной меткой и задача идентификации модифицированного основания (после расщепления соответствующего звена) или атакованной нуклеазой межнуклеотидной связи сводится, как и при секвенировании, к определению длины фрагмента по его подвижности в высокоразрешающем электрофорезе в геле. В том случае, когда анализируемый район удален от концов молекулы на расстояние больше 150—200 н. о., используют реакцию обратной транскрипции (см. гл. 13). Для этого синтезируют олигонуклеотид, комплементарный участку РНК, расположенному вблизи от анализируемого района с З -концевой стороны молекулы, и далее используют его как праймер для обратной траискриптазы. Так как этот фермент останавливается на модифицйрованных остатках матрицы (или в том месте, где расщеплена фосфодиэфирная связь), то вновь по длине образующегося фрагмента можно определить положение модифицированного звена в РНК. [c.40]

    Разработаны методы синтеза полинуклеотидов — простейших моделей нуклеиновых кислот. Эти методы послужили основой для синтеза олигонуклеотидов с заданной последовательностью нуклеотидов. Использование химических и биохимических методов синтеза дали возможность Каране получить полинуклеотид, соответствуюший активному фрагменту дезоксирибонуклеиновой кислоты. Все эти достижения в области исследования строения, функций и синтеза биополимеров позволили на другом, новом—молекулярном уровне подойти к изучению жизненных процессов. Есть все основания предполагать, что в ближайшее время нас ждут большие и интересные открытия в мире познания самых сложных и тонких областей жизнедеятельности организма (деятельности нервной системы, межклеточного взаимодействия, явлений иммунитета и т. д.). [c.54]

    Во избежание циклизации образующихся олигонуклеотидов в реакци-онную смесь добавляют определенное количество регулятора молекул лярной массы (см. с. 150) — нуклеотида с защищенной, например ацети-лированной, гидроксильной группой. Такой нуклеотид как бы обрывает реакционную цепь наращивания олигонуклеотидов и делает невозможной ее циклизацию. Таким образом были синтезированы различные олигонуклеотиды со степенью полимеризации 15. При конденсации не мононуклеотида, а ди- или тетрануклеотидов различного строения получаются блоколигонуклеотиды , построенные из блоков, каждый из которых содержит различные нуклеотиды. [c.366]

    Следующая стадия, инициация, требует наличия субстратов РНК-полимеразы, нуклеозидтрифосфатов и заключается в образовании первых нескольких звеньев цепи РНК- Первый нуклеотид входит в состав цепи, сохраняя свою трифосфатную группу, а последующие присоединяются к 3 -ОН-группе предыдущего с освобождением пиро юсфата. На стадии инициацни РНК-продукт связан с матрицей и РНК-полн.меразой непрочно и с высокой вероятностью может освобождаться из комплекса. В этом случае РНК-полимераза, не покидая промотора, снова инициирует РНК- Такой синтез ДИ-, три- и более длинных олигонуклеотидов называют абортивной инициацией в противоположность продуктивной (т.е. завершающейся образованием полноценного РНК-продукта) инициации. Когда РНК-продукт достигает критической длины (от 3 до 9 нуклеотидов на разных промоторах), абортивная инициация полностью прекращается, транскрибирующий комплекс стабилизируется и уже не распадается до тех пор, пока синтез. молекулы РНК не будет доведен до конца. Примерно в этот же мо.мент, который считается концом инициации и началом элонгации, ог РНК-полимеразы отделяется а-субъединица. [c.138]


    К первой группе относятся неспецифическая щелочная фосфомоноэстераза, отщепляющая 3-фосфат от молекул олигонуклеотидов. Фермент малоспецифичен и одинаково легко гидролизует различные субстраты 3-АМФ, 5-АМФ, рибозо-5-фосфат. Оптимум pH равен 8,6—9,5. Ионы Са+2 и Mg+ активируют энзим (Д. Н. Сахибов и соавт., 1972). [c.85]

    ДНК-полимераза I состоит из одного полипептида длиной 911 аминокислотных остатков (а. а.) (Л1г=102 000 D). Этот фермент отличается от прочих ДНК-полимераз Е. oli наличием 5 -экзонуклеазной активности. Фактически ДНК-полимераза I — это два фермента на одной полипептидной цепи ограниченный протеолиз расщепляет эту ДНК-полимеразу на большой и малый фрагменты с разными активностями. Большой субфрагмент ДНК-па имеразы I (называемый также ДНК-полимеразой Кленова или фрагментом Кленова) обладает полимеризующей и З -экзонуклеазной (корректирующей) активностями. Л алый субфрагмент несет 5 -экзонуклеаз-ную активность. 5 -экзонуклеаза ДНК-полимеразы I действует на 5 -конец полинуклеотидной цепи только в составе дуплекса и отщепляет от него как моно-, так и олигонуклеотиды. Направление действия 5 -экзон клеазы совпадает с направлением полимеризации новой цепи ДНК, т. е. в ходе полимеризации экзонуклеаза расчищает дорогу для полимеразы (рис. 29). Подобные свойства ДНК-полимеразы I соответствуют ее функциям в клетке эта полимераза удаляет различного рода дефекты нз ДНК в ходе репарации и служит вспомогательной поли- [c.48]

    ЛТР зависн.мая эндонуклеаза иугЛВС вносит разрывы по обе стороны от пов-реждеиня. Хелнказа и. тО способствует-освобождению вырезанного олигонуклеотида одновременно ДНК-полимераза I застраивает образовавшуюся брешь) [c.77]

    ДНК-аза яда кобры известна как ингибитор роста опухолевых клеток. Эта же эндонуклеазная ДНК-аза, а также РН1 -аза и экзонуклеазная фосфодиэстераза широко применяются для определения последовательности нуклеотидов в нуклеиновых кислотах и олигонуклеотидах (Zeller, 1966). [c.190]

    Б настоящей статье приводится описание первой части этой системы, ориентированной на поиск закономещостей в распределениях олигонуклеотидов и повторов различного типа в функциональных сайтах. На основе обучающей выборки функциональных айтов в процессе работы системы производится вычисление боль-юго количества (более 2-х миллионов) характеристик, отража-ощих насыщеность определенными олигонуклеотидами и повторами (ункциональных сайтов. Информативность ка цой характеристики [c.221]

    В данном блоке на первом этапе производится расчет частот встречаемости моно-, ди-. три-, и тетрануклеотидных фрагментов в последовательностях. Значения каждой характеристики представляют собой частоты встречаемости олигонуклеотида определенного типа в данных последовательностях- [c.230]

    На втором этапе производится оценка обедненности олигонуклеотидами различных типов в 5 - и з - направлениях от опорных олигонуклеотидов, выявленых на первом этапе. [c.230]

    Было выявлено 10 информационно значимых хармтеристик (табл.2), соответствуодих олигонуклеотидам, присутствупцим с низкой частотой в 5 - и 3 - направлениях от пар лл в промоторах. В большинстве случаев это были тугоплавкие олигонуклеотиды (см. табл. 2). По-видимому, данные характеристики отражают наличие в промоторных зонах специфических легкоплавких участков. [c.233]


Смотреть страницы где упоминается термин Олигонуклеотиды: [c.6]    [c.66]    [c.67]    [c.67]    [c.187]    [c.368]    [c.160]    [c.139]    [c.14]    [c.14]    [c.20]    [c.47]    [c.320]    [c.326]    [c.75]    [c.148]    [c.25]    [c.199]    [c.222]    [c.230]   
Смотреть главы в:

Гель-хроматография -> Олигонуклеотиды

Методы исследования нуклеиновых кислот -> Олигонуклеотиды


Органический синтез. Наука и искусство (2001) -- [ c.522 ]

Молекулярная биология. Структура и биосинтез нуклеиновых кислот (1990) -- [ c.14 , c.20 , c.27 , c.48 , c.80 , c.138 , c.320 ]

Молекулярная биология (1990) -- [ c.14 , c.20 , c.27 , c.48 , c.80 , c.138 , c.320 ]

Химия углеводов (1967) -- [ c.613 ]

Органический синтез (2001) -- [ c.522 ]

Реагенты для органического синтеза Т.6 (1975) -- [ c.22 ]

Реагенты для органического синтеза Том 6 (1972) -- [ c.22 ]

Биохимия (2004) -- [ c.423 ]

Органическая химия (1990) -- [ c.715 ]

Биоорганическая химия (1987) -- [ c.304 , c.309 , c.356 ]

Жидкостная колоночная хроматография том 3 (1978) -- [ c.3 , c.53 , c.59 , c.69 , c.96 ]

Аффинная хроматография (1980) -- [ c.346 ]

Основы биохимии Т 1,2,3 (1985) -- [ c.886 , c.887 ]

Возможности химии сегодня и завтра (1992) -- [ c.172 ]

Биохимия нуклеиновых кислот (1968) -- [ c.41 , c.86 , c.90 ]

Химия нуклеозидов и нуклеотидов (1966) -- [ c.0 ]

Биохимический справочник (1979) -- [ c.64 ]

Начала органической химии Кн 2 Издание 2 (1974) -- [ c.693 , c.694 ]

Начала органической химии Книга 2 (1970) -- [ c.766 , c.767 ]

Хроматография Практическое приложение метода Часть 2 (1986) -- [ c.168 , c.169 ]

Химия и технология полимеров Том 1 (1965) -- [ c.126 ]

Химия биологически активных природных соединений (1970) -- [ c.0 ]

Биосенсоры основы и приложения (1991) -- [ c.102 ]

Молекулярная биология клетки Сборник задач (1994) -- [ c.44 , c.153 , c.184 , c.185 ]




ПОИСК





Смотрите так же термины и статьи:

Автоматические приборы для синтеза олигонуклеотидов

Анализ кинетики спаривания оснований в олигонуклеотидах

Антикодон Антисмысловые олигонуклеотиды

Антисмысловые олигонуклеотиды как лекарственные средства

Время жизни возбужденного состояния олигонуклеотидов

Выяснение структуры меченых З-концевых олигонуклеотидов

Гибридизация олигонуклеотидов

Гидролиз синтетических олигонуклеотидов эндонуклеазами рестрикции

Динуклеотиды и олигонуклеотиды

Заказной синтез олигонуклеотидов и заказное секвенирование ДНК

Изменение свойств оснований, входящих в состав олигонуклеотидов, по сравнению с мономерными соединениями

Конкурентное связывание олигонуклеотидов

Константа равновесия процесса денатурации межмолекулярных комплексов олигонуклеотидов

Кооперативность конформационных переходов в одноцепочечных олигонуклеотидах

Коррекция генетических дефектов с помощью олигонуклеотидов

Кристаллы комплексов олигонуклеотидов с этидием

Круговой дихроизм олигонуклеотидов

Лекарственные средства на основе олигонуклеотидов

Локализация специфических олигонуклеотидов

Мутагенез с использованием олигонуклеотидов

Нуклеотиды и короткие олигонуклеотиды

Нуклеотиды олигонуклеотиды

Образование комплексов с олигонуклеотидами

Образование олигонуклеотидов, оканчивающихся цитидиловой кислотой

Олигонуклеотид антигенный

Олигонуклеотид антисмысловой

Олигонуклеотид-направленный

Олигонуклеотид-направленный метагенез с использованием

Олигонуклеотид-направленный мутагенез

Олигонуклеотид-направленный мутагенез с использованием ДНК фага

Олигонуклеотид-направленный мутагенез с использованием ПЦР-амплификации

Олигонуклеотид-направленный мутагенез с использованием плазмидной ДНК

Олигонуклеотид-синтетаза

Олигонуклеотиды Очистка

Олигонуклеотиды ацетилирование

Олигонуклеотиды взаимодействие с красителями

Олигонуклеотиды гидролиз

Олигонуклеотиды гиперхромный эффект

Олигонуклеотиды гипохромизм

Олигонуклеотиды и индуцирование мутагенеза

Олигонуклеотиды искусственные, примеиение

Олигонуклеотиды как модель двойной доля спаренных оснований

Олигонуклеотиды как модель двойной спирали

Олигонуклеотиды как модель двойной спирали зависимость от длины

Олигонуклеотиды как модель одноцепочечных полинуклеотидов

Олигонуклеотиды облучение светом

Олигонуклеотиды образование двойной спирали

Олигонуклеотиды образование комплементарных водородных связей

Олигонуклеотиды одноцепочечные

Олигонуклеотиды определение нуклеотидной последовательности

Олигонуклеотиды пептидные производные

Олигонуклеотиды плавление, зависимость от концентрации

Олигонуклеотиды полимеризация

Олигонуклеотиды получение линкеров

Олигонуклеотиды рК оснований

Олигонуклеотиды сборка гена

Олигонуклеотиды синтез

Олигонуклеотиды синтетические

Олигонуклеотиды стабильность двойной спирали

Олигонуклеотиды структура

Олигонуклеотиды уникальны

Олигонуклеотиды физические свойства

Олигонуклеотиды фосфодиэфирный

Олигонуклеотиды фосфорилирование

Олигонуклеотиды химерные

Олигонуклеотиды химический синтез

Олигонуклеотиды химический синтез, метод

Олигонуклеотиды циклические производные

Олигонуклеотиды, используемые

Олигонуклеотиды, используемые в качестве праймеров

Олигонуклеотиды, последовательность

Олигонуклеотиды, резистентные к действию РНКазы

Олигонуклеотиды, электрофорез

Определение нуклеотидной последовательности в олигонуклеотидах путем частичного гидролиза фосфодиэстеразой из селезенки

Определение строении олигонуклеотидов

Определение энтальпии взаимодействия в олигонуклеотидах

Полидезоксирибонуклеотиды олигонуклеотидов

Полимерные носители, синтез олигонуклеотидов

Полинуклеотиды и большие олигонуклеотиды

Получение новых форм белков олигонуклеотид-направленным мутагенезом

Получение олигонуклеотидов

Применение синтезированных олигонуклеотидов

Простые и модифицированные олигонуклеотиды

Равновесный диализ измерение констант связывания олигонуклеотидов с тРН

Разделение олигонуклеотидов по длине цепи

Рентгеноструктурный анализ комплексов олигонуклеотидов

Секвенирование олигонуклеотидов

Специфические олигонуклеотиды из гемоглобиновой матричной РНК

Структурный анализ олигонуклеотидов

Стэкинг оснований в полинуклеотидах спектр ЯМР олигонуклеотида

Стэкинг-взаимодействие, влияние способность олигонуклеотида образовывать комплекс

Тритиево-водородный связывание с олигонуклеотидам

Фосфодиэфирный метод синтеза олигонуклеотидов

Фракционирование длинных олигонуклеотидов

Фракционирование олигонуклеотидов

Химический сдвиг и конформация рибозы в олигонуклеотидах

Хроматография олигонуклеотидов и нуклеиновых кислот

Электрофорез в полиакриламидном олигонуклеотидов

Электрофорез олигонуклеотидов в геле

связывание с олигонуклеотидами



© 2024 chem21.info Реклама на сайте