Этидий кривая связывания с ДНК

Нуклеиновые кислоты взаимодействуют со многими низко- и высокомолекулярными лигандами. Для расчетов кривых связывания лигандов можно использовать матричный метод. Эта процедура позволяет легко учитывать кооперативность и антикооперативность связывания. Интеркалирующие лиганды, например этидий, связываются с ДНК с исключением соседних мест связывания (антикооперативно). Это приводит к удлинению спирали, вызывает ее раскручивание и может сопровождаться образованием изломов. При связывании, по-видимому, происходит изменение конформации сахаров в соседних нуклеозидах. [c.380]

РИС. 23.28. График Скэтчарда для связывания бромистого этидия с двумя различными ДНК. — ДНК из тимуса теленка О — ДНК М. Iuleus. Расчетная кривая указывает на соответствие экспериментальных данных модели с исключением мест связывания ( = 0). Величина Г/Аг(т), отложенная по оси ординат, была нормирована путем деления на константу связывания. (Л. Вге51оГГ, неопубликованные данные.) [c.370]

Все рассмотренные выше способы определения стц предполагают, что нам известен угол, на который раскручивается ДНК при связывании с одной молекулой этидия. Мы уже упоминали, что первоначально полученная величина ф = —12° — это весьма грубая оценка, найденная с помощью построения пространственных моделей, которая согласовалась с результатами измерения угла раскручивания ДНК при щелочном тлтровании. В этих последних измерениях, однако, имелись некоторые трудности. За происходящими изменениями следили с помощью регистрации коэффициента седиментации или плавучей плотности, но в обоих случаях трудно было определить ту точку на кривой титрования, в которой происходит релаксация сверхвитков. Недавно Уонгу удалось более точно определить положение этой точки при этом он использовал молекулы с искусственно созданной сверхспирализацией, при титровании которых требовалось порядка 100 или более гидроксильных ионов на молекулу для снятия всех сверхвитков. Из сопоставления результатов измерений в щелочном градиенте плотности с результатами титрования этидием было получено новое значение Ф = —26°. При этом все предыдущие оценки числа сверхвитков изменяются приблизительно в два раза. [c.404]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология