ДНК расщепление микрококковой нуклеазой

Рис. 9-37. Расположение сайтов расщепления микрококковой нуклеазой вокруг центромеры (ответ 9-10). Нуклеосомы обозначены кружками.

B. Обработка нуклеосом трипсином влияет на их особую популяцию, а именно на нуклеосомы из активного хроматина. Этот вывод сделан в результате сравнения нуклеосом, обработанных трипсином, с ДНК эритроцитов, обработанной ДНКазой I. При расщеплении микрококковой нуклеазой нуклеосом, обработанных трипсином, получается ДНК, которая защищает глобиновую к ДНК и ДНК эритроцитов (25 и 83% соответственно) в той же степени, в какой это делает ДНК эритроцитов, обработанная ДНКазой I, (25 и 78% соответственно) (табл. 9-1). [c.393]

Обработка микрококковой нуклеазой не единственный способ выявить в хроматине регулярное чередование защищенных участков (нуклеосом) и открытых участков (линкеров). Такая структура подтверждается и с помощью некоторых химических проб, которые модифицируют или расщепляют ДНК- Эти соединения расщепляют ДНК там, где она не связана с белками. Гистоны в составе нуклеосомы защищают ДНК, поэтому при ограниченном расщеплении получается характерная нуклеосомная лесенка. [c.244]

Присутствие фракции, устойчивой к нуклеазе, в хроматине, но не в чистой ДНК дает возможность предположить, что у марсианского микроорганизма ДНК входит в состав структур, подобных нуклеосомам, которые и защищают ее от микрококковой нуклеазы. Поскольку при жесткой обработке самый мелкий фрагмент состоит примерно из 300 нуклеотидов, то структура, подобная нуклеосоме, должна защищать фрагмент ДНК примерно такой длины. Образование шлейфа при разделении продуктов расщепления свидетельствует о том, что структуры, подобные нуклеосомам, у марсианского микроорганизма не расположены, как у земных организмов, на одинаковом расстоянии друг от друга. Если бы в марсианских клетках нуклеосомы располагались [c.389]

В. Контрольный опыт с очищенной ДНК нужен потому, что не все последовательности ДНК одинаково чувствительны к микрококковой нуклеазе. Важно знать чувствительность каждой изучаемой последовательности ДНК. Иначе можно ошибочно полагать, что появление специфической полосы объясняется связыванием белка рядом с участком расщепления, в то время как на самом деле она зависит от специфичности расщепления нуклеазой. В действительности центромера сама по себе-предпочтительный участок разрезания (хотя это не показывают результаты по обработке нуклеазой очищенной ДНК, представленные на рис. 9-9). Тот факт, что в этом чувствительном участке расщепления не происходит, служит еще одним доказательством специфической защищенности этой последовательности. [c.391]

Рис. 126. Электрофорез фрагментов ДНК, образовавшихся при расщеплении микрококковой нуклеазой. хроматнна печени крысы (левая дорожка) н гриба нейроспоры (Правая дорожка)

Рис. 9-36. Схема, иллюстрирующая применение метода непрямого мечения концов для анализа фрагментов разной длины, представленных на рис. 9-9, (ответ 9-10). Участки расщепления микрококковой нуклеазой указаны стрелками, направленными вниз. Небольшой разрыв посередине фрагментов, образовавшихся при обработке нуклеазой, представляет собой участок расщепления ферментом BamHI. Числа означают длину фрагментов, гибридизующихся с зондом, и соответствуют длинам фрагментов, представленных на рис. 9-9.

Чувствительность к действию нуклеаз. Судя по более высокой чувствительности к расщеплению под действием ДНКазы I или микрококковой нуклеазы, транскрипционно активные области хроматина упакованы менее плотно, чем области, содержащие неактивные гены. Такая чувствительность к нуклеа-зам часто распространяется на сегменты длиной несколько тысяч пар оснований, фланкирующие единицу транскрипции. Структурные особенности, лежащие в основе этой чувствительности, не установлены, но данные биохимических исследований свидетельствуют о том, что нуклеосомы, содержащие активные гены, характеризуются низким содержанием гистона Н1, обогащены ацетилирован- [c.137]

Вам передали первые образцы только что открытого марсианского микроорганизма, чтобы вы проанализировали его хромосомы. Клетки этого микроорганизма напоминают клетки эукариот, обитающих на Земле, и состоят из тех же молекул, включая ДНК, которая обнаружена в структуре, похожей на клеточное ядро. Один из ваших коллег идентифицировал два основных гистоно-подобных белка, связанных с ДНК (их масса примерно равна массе ДНК). Вы выделяете из клеток ядра и обрабатываете их микрококковой нуклеазой в течение разных периодов времени. Затем вы выделяете ДНК и разделяете ее в агарозном геле параллельно с аналогичным препаратом ДНК из ядер печени крысы. Как показано на рис. 9-7, продукты расщепления ДНК из печени крысы дают стандартную лесенку полос, характерную для нуклеосом, тогда как продукты расщепления ДНК марсианского микроорганизма проявляются в виде растянутых зон шлейфа, причем размер минимального фрагмента составляет около 300 нуклеотидов. В качестве контроля вы выделяете из марсианского микроорганизма ДНК, свободную от белков, и обрабатываете ее микрококковой нуклеазой. ДНК оказывается весьма чувствительной к этой нуклеазе, и конечными продуктами расщепления являются преимущественно моно- и динуклеотиды. [c.135]

Вы выделяете хроматин из дрожжей дикого типа и из дрожжей, несущих отдельные плазмиды. Затем кратковременно обрабатываете эти препараты хроматина микрококковой нуклеазой, после чего депротеинизируете ДНК и обрабатываете ее нуклеазой BamHI, которая разрезает ДНК лишь в одном месте-в области центромеры (рис. 9-8). ДНК, обработанную таким образом, вы фракционируете с помощью гель-электрофореза и затем анализируете методом блот-гибридизации, используя в качестве зонда фрагмент радиоактивно меченной ДНК центромеры (рис. 9-8). Этот метод, называемый непрямое мечение концов , позволяет выявить все фрагменты ДНК, начиная с ДНК, расположенной непосредственно справа от участка расщепления ферментом BamHI. Контрольный опыт состоит в том, что вы депротеинизируете препарат хроматина, чтобы получить чистую ДНК, обраба- [c.135]

Б. Размеры фрагментов указывают на расстояние между участками расщепления нуклеазой и участком расщепления BamHI (рис. 9-36). Поскольку микрококковая нуклеаза разрезает ДНК между нуклеосомами, то участки расщепления позволяют определить расположение нуклеосом относительно участка расщепления BamHI (рис. 9-37). За исключением области вокруг центромеры, сайты разрезания расположены с интервалом в 160 нуклеотидов. Это дает возможность предположить, что нуклеосомы закрывают около 160 нуклеотидов ДНК. Однако участки расщепления по сторонам центромеры отстоят друг от друга на расстояние 250 нуклеотидов следовательно, центромеру закрывает какая-то особая структура (не нуклеосома). Полагают, что специальные белки связываются [c.390]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология