Рибосомные белки связывание

Сейчас проводится много экспериментов с использованием реагентов, образующих поперечные связи между белковыми молекулами. В частности, используются бифункциональные соединения, способные ковалентно связываться с двумя различными —SH- или —ЫНг-груп-пами [93—95]. Использование этого подхода дало возможность идентифицировать следующие связанные поперечными связями пары [93, 95] S2-S3, S4-S6, S4-S8, S4-S9, S4-S12, S5-S8, S5-S9, S7-S8, S7-S9, S11-S18, S13-S19 и S18-S21. Другой подход состоит в том, чтобы получать специфические антитела к отдельным рибосомным белкам и изучать при помощи электронного микроскопа места их связывания на поверхности рибосомных субчастиц [96, 97]. Этим методом была установлена локализация многих белков на поверхности как 30S-, так и 505-субчастиц (рис. 15-13). В ряде случаев антитела к определенному белку связывались сразу в нескольких участках. Тот факт, что связывающие места для антител к белкам S2, S12, S15 и S18 отстоят друг от друга на 8—19 нм, свидетельствует о том, что эти белки в 305-субчастице находятся в вытянутой, фибриллярной [c.230]

Рис. 59. Схема расположения мест связывания сердцевинных рибосомных белков вдоль цепей рибосомных 16S РНК (а) и 23S РНК (б)

Изменение конформации рибосом (рибосомных белков, включенных в место связывания аминогликозидов). [c.230]

Некоторую информацию о пространственном расположении рибосомных белков, участвующих в инициации, можно получить на основании того, что антитела к белкам S19 и S21 блокируют образование инициирующего комплекса с fMet-тРНК. Известно также, что антитела к белкам S2, S18 и S20 блокируют связывание фактора IF-3. Эксперименты с использованием агентов, образующих поперечные мостики, показали, что IF-2 и S19 расположены близко друг к другу, а IF-3 находится рядом с S12. [c.233]

Известно неск. типов РНК. Рибосомные рибонуклеиновые кислоты, связываясь с рибосомными белками, образуют рибосомы, в к-рых осуществляется синтез белка. Матричные рибонуклеиновые кислоты служат матрицами для синтеза белков (трансляции). тРНК осуществляют связывание соответствующей аминокислоты и ее перенос к рибосомам. Обнаружены т.наз. малые ядерные РНК, участвующие в превращ. первичных продуктов транскрипции в функционирующие молекулы т.наз. антисмысловые РНК участвуют в регуляции биосинтеза белка и репликации плазмидных ДНК. В виде РНК представлены геиомы мн. вирусов (РНК-содержащие вирусы), в к-рых матрицами для синтеза РНК служат вирусные РНК. Нек-рые РНК обладают ферментативной активностью, катализируя расщепление и образование фосфодиэфирных связей в своих собственных или др. молекулах РНК. [c.298]

Особый интерес представляют, конечно, взаимодействия рибосомных белков с высокополимерными рибосомными РНК (16S и 23S РНК прокариот или 18S и 28S РНК эукариот), ибо они представляют собой основной ковалентный каркас и структурное ядро рибосомных субчастиц. По-видимому, больщинство рибосомных белков контактируют и так или иначе взаимодействуют с высокополимерными рибосомными РНК. Однако среди них можно выделить специальные сердцевинные РНК-связывающие белки, которые прочно взаимодействуют с соответствующей рибосомной РНК, более или менее независимо от других белков. Такими белками малой (30S) рибосомной субчастицы Е. соИ, независимо вступающими в комплекс с 16S РНК, являются S4, S7, S8, S15, S17 и S20. Каждый из них связывается только со специфическим местом на 16S РНК, узнавая его нуклеотидную последовательность и пространственную структуру. Эту последовательность можно выявить таким путем изолированный белок добавляется к рибосомной РНК, в результате чего образуется специфический белок-РНК-комплекс комплекс переваривается рибонуклеазой, так что негидролизованной остается лищь та часть нуклеотидной последовательности, которая закрыта белком эта защищенная последовательность определяется и, таким образом, идентифицируется. Другой метод локализации белков на первичной структуре рибосомной РНК — ковалентная сщивка (например, фотоиндуци-рованная) белка с РНК непосредственно в составе рибосомы, с последующим удалением несшитых белков, перевариванием РНК с помощью РНКазы и идентификацией сшитого олигонуклеотида. Расположение мест связывания вышеуказанных шести белков вдоль цепи 16S РНК схематически показано на рис. 59, а. Видно, что белки [c.100]

На основании вышеперечисленных фактов и наблюдений М. Номура с сотрудниками предложили очень изящную модель координированной регуляции синтеза всех рибосомных белков. Модель основана на идее о конкуренции между рибосомной РНК и мРНК за связывание с сердцевинными рибосомными белками. Такие белки, как S4, S7, S8, L1, Ы, а также белковый комплекс L10 (L7/Ы2)4, имеют сильное сродство к специфическим местам прикрепления на рибосомных РНК, и поэтому по мере их синтеза они немедленно вовлекаются в процесс сборки рибосомных частиц, связываясь с 16S и 23S РНК соответственно. Собственное высокое сродство к рибосомной РНК и кооперативность сборки [c.242]

Биологическое значение маскировки а-аминогрупп недостаточно ясно возможно, она защищает белок от атаки аминопептидаз или способствует закреплению N-концевой части полипептида в аполярном окружении либо на молекуле рецептора, либо внутри самого белка, чтобы препятствовать его контакту с раствором. Это предположение не относится к метилированию а-аминогруппы, обнаруженному в рибосомных белках, выделенных из Es heri hia oli [135], поскольку метилирование не элиминирует заряд. Физиологическая роль ацетилирования а-аминогруппы совершенно ясна в случае некоторых гемоглобинов рыб такая модификация помогает сохранять способность к связыванию кислорода независимо от рН-среды, что предотвращает выделение избыточного кислорода в плавательный пузырь [136] (разд. 10.3). [c.72]

У бактерий большое количество информации об отдельных этапах синтеза белка было получено при использовании антибиотиков, ингибирующих процесс на определенных стадиях. Например, кирромицин связывается с EF-Tu и мешает его функционированию. Одним из последствий этого связывания является активация GTPa3-ной активности, не зависящая от рибосом. Это означает, что гидролиз GTP, происходящий вслед за связыванием тройного комплекса с рибосомой, скорее осуществляется фактором EF-Tu, чем рибосомным белком (см. ниже). [c.81]

При использовании метода в иммунной электронной микроскопии получают антитела к индивидуальным рибосомным белкам. Этими антителами обрабатывают ин-тактные субчастицы и затем с помощью электронного микроскопа определяют места связывания. Таким способом была определена локализация всех белков 308-субча-стицы, а также многих белков 508-субчастицы. [c.107]

Используя для образования ковалентных сшивок соединения с различной длиной молекулы, можно определить близость расположения двух данных белков. Суть метода состоит в следующем нативные субчастицы обрабатывают реагентами, образующими ковалентные сшивки, с последующим анализом белков, вошедших в состав конгломератов. (Однако возможности этого метода ограничены анализом белков.) Ковалентные сшивки белков с рРНК позволяют определить места их связывания с нуклеиновой кислотой. Другие методы, с помощью которых были получены сравнимые результаты о местоположении белков,-это использование нейтронного рассеивания субчастиц, в которых определенные белки дейтерированы, и измерение энергии переноса между флуоресцентно меченными парами рибосомных белков. [c.107]

Рибосомные РНК по массе составляют большую часть бактериальных 308- и 508-субчастиц. Они присутствуют повсеместно, и, вероятно, большинство или даже все рибосомные белки связаны с рРНК. Поэтому укладка рРНК определяет структуру каждой субчастицы. Сложность в определении конформации молекул рРНК и способа связывания ими рибосомных белков состоит в том, [c.107]

Рис. 8.9. Участки связывания рибосомных белков сгруппированы ближе к 5 -концу 168-рРНК.

Фактор инициации IF3 связывается с той же областью рибосомы. Этот фактор можно ковалентно пришить к З -концу рРНК, так же как и ряд рибосомных белков,-включая и те, которые принимают участие в связывании мРНК. При условии что рассматриваемая область 308-субчастицы также принимает участие в связывании 508-субчастицы, вероятная роль IF3 может заключаться в стабилизации взаимодействия между 308-субчастицей и мРНК. В результате последующего присоединения 508-субчастицы этот фактор вытесняется. [c.114]

Вверху. При образовании рРНК происходит связывание с ней рибосомных белков в результате пула свободных рРНК не образуется, и трансляция мРНК р-белков продолжается. [c.203]

Каждый из регуляторов является рибосомным белком, который связывается непосредственно с рРНК. Его влияние на трансляцию обусловлено способностью связываться также со своей собственной мРНК. В некоторых случаях были охарактеризованы сайты связывания. Например, в опероне L11 белок L1 связывается с сайтом, расположенным поблизости от инициирующего кодона первого гена. Это, по-видимому, подавляет связывание рибосом. Такое подавление влияет на трансляцию обоих генов оперона, вероятно, потому, что между генами L11 и L1 находится всего три нуклеотида. Следовательно, предположение, что гены могут быть транслированы только последовательно, вполне правдоподобно. [c.203]

Структурные аналогии между местами на рибосоме и на мРНК для связывания регуляторных рибосомных белков были продсмонстрироваггы в большинстве исследованных с гуча-ев, хотя и не во всех. Здесь тоже не все выяснено. [c.21]

Протеинкиназы связывают сАМР и GMP с клеточным метаболизмом. Эти киназы катализируют перенос у-фосфата АТР к гидроксидным группам серина или треонина разнообразных акцепторных белков, включающих гликогенсинтазу (разд. 15.3.8), киназу фосфорилазы Ь (разд. 15.3.8), рибосомные белки (гл. 26), гистоны (гл. 26), а также мембранные белки субклеточных органелл, таких, как митохондрии (гл. 12). Изменение активности ферментов в результате фосфорилирования в действительности и есть тот метаболический процесс регуляции, который осуществляется по сигналу, полученному после связывания регуляторного агента с мембранными рецепторами. Неферментные субстраты протеинкиназ, например рибосомные белки и гистоны, могут проявлять свое влияние посредством других механизмов, а именно через реакции, воздействующие на скорости синтеза специфических белков (гл. 25 и 41). [c.366]

Многочисленными исследованиями установлено, что жесткие ограничения на экспрессию чужеродных генов в клетках грамположительных бактерий налагает организация их бе-локсинтезирующего аппарата. Так, например, в рибосомах грамположительных бактерий отсутствует белок S1, который является наиболее крупным рибосомным белком грамотрицательных бактерий. Полагают, что белок S1 обусловливает связывание молекул РНК с рибосомой и перенос мРНК в сайт декодирования рибосомы. В отсутствие данного белка значительно [c.263]

Иллюстрация положения, состоящего в том, что связывание одного из рибосомных белков с мРНК может [c.187]

Многочисленные данные свидетельствуют о том, что белки в рибосомах находятся в форме компактных молекул, у которых для добавляемых реагентов наиболее доступна поверхность. Молекулы РНК также в основном доступны для воздействий извне. Около 50% общей массы рибосом находится в гидратированном состоянии. Таким образом, рибосомы представляют собой структуры, в которые сравнительно легко может проникать растворитель. Большая часть РНК (возможно, 60— 70%) складывается, образуя петли со спаренными основаниями, как это имеет место в тРНК. Для выяснения физических основ, обусловливающих связывание различных рибосомных субчастиц друг с другом, было [c.228]

Белками, независимо и специфически связывающимися с определенными участками рибосомной 23S РНК Е. соП, являются L1, L2, L3, Ы, L6, L9, L11, L20, L23, L24 и некоторые другие, а также пентамерный комплекс (L7 / Ы2)4 L10. Схема расположения мест связывания некоторых белков вдоль цепи 23S РНК дана на рис. 59, б. [c.101]

Некоторые сведения о белках-соседях можно извлечь уже из данных о местах связывания белков на первичной и вторичной структуре рибосомной РНК (см. раздел III, 5). Действительно, если места посадки каких-то белков находятся совсем рядом на РНК, то, очевидно, эти белки являются соседями на рибосоме. Например, в приводившемся выше случае белков S8 и S15 они узнают и связывают соседние участки цепи и соседние шпильки во вторичной структуре 16S РНК очевидно, что белки S8 и S15 —соседи также и топографически. К ним примыкают белки S6 и S18, требующие для своего связывания предварительной посадки белков S8 и S15 и имеющие, как было показано, места узнавания на первичной структуре РНК в том же районе. Другой пример —это соседствование на цепи 16S РНК (в домене I) мест связывания белков S4, S16, S17 и S20. [c.106]

Открытие диссоциации рибосом сыграло очень большую роль в их дальнейшем изучении. Именно разделение субчастиц и их выделение поджило отправной точкой для структурных исследований отдельно большой и малой субчастицы, для выделения и изучения индивидуаль-Hf>ix 16S (18S) и 23S (28S) рибосомных РНК, для выделения и изучения Врибосомных белков каждой субчастицы. Кроме того, стало возможным изучение парциальных функциональных активностей на изолированных рибосомных субчастицах, таких как связывание матричной РНК, связы- ание аминоацил-тРНК, пептидилтрансферазная функция, связывание гидролиз ГТФ И Т. п. [c.119]

Возможно, что кодонзависимое связывание фактора терминации каким-то образом делает пептидилтрансферазный центр рибосомы просто доступным для воды, которая является для него хорошим субстратом в результате перенос пептида происходит на воду, гем более что конкурирующая аминогруппа аминоацил-тРНК в данной ситуации отсутствует. Например, это могло бы быть достигнуто в результате некоторого раздвигания рибосомных субчастиц или легкого раскрывания (разрыхления) больщой субчастицы, несущей пептидилтрансферазный центр. Однако пока нельзя исключать и другую альтернативу, предполагающую непосредственное участие либо какой-то нуклеофильной группы белка RF в атаке сложноэфирной связи и промежуточном кратковременном акцептировании пептида, либо RF-фиксированной молекулы воды как специфического акцептора. [c.269]

Смотреть страницы где упоминается термин Рибосомные белки связывание: [c.231] [c.266] [c.622] [c.137] [c.268] [c.108] [c.109] [c.110] [c.49] [c.94] [c.88] [c.28] [c.157] [c.255] [c.463] [c.230] [c.231] [c.622] [c.108] [c.144] [c.230] [c.249] [c.251] [c.255]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология