Сайты разрезания

Рис. 9-2. Строение искусственной линейной хромосомы, в которой между теломерами Tetrahymena заключены последовательности дрожжевой и бактериальной ДНК (задача 9-4). Указаны единичные сайты разрезания тремя рестриктазами.

Для точного выяснения молекулярных механизмов сплайсинга необходимо исследовать природу границ сплайсинга (границ экзон—интрон), последовательностей, непосредственно окружающих сайты разрезания и сшивания. Как уже отмечалось в гл. 20, границы сплайсинга называются соответственно их расположению в интроне. Левая граница (иногда называемая донорной) находится [c.324]

Какова природа участков-мишеней Первый вопрос, который нужно решить,-это взаимоотношение между сайтами разрезания на двух цепях ДНК. Это удалось выяснить, используя условия, при которых фермент образует двухцепочечные разрезы. Исследуя концы образовавшихся двухцепочечных фрагментов, можно понять взаимоотношение между разрезами, сделанными на двух разных цепях. Результаты такого исследования суммированы на рис. 29.14. [c.366]

Наиболее существенный вывод, который можно сделать из этих результатов, состоит в следующем сайт разрезания представляет собой короткий отрезок (порядка 3-4 пар оснований), в котором фосфодиэфирные связи в обеих цепях открыты для действия нуклеазы. Аналогичный вывод был сделан при детальном исследовании в гелях высокого разрешения фрагментов одной цепи с концевой меткой, полученных при разрезании минимальной нуклеосомы ДНКазой I или II. Пример такого эксперимента показан на рис. 29.15. В каждом сайте действительно существуют 3-4 положения, в которых может произойти разрез, т. е. сайт разрезания определяется с точностью +1 п. н. Относительная интенсивность разрезания указывает на то, что некоторые положения оказываются предпочтительнее других. На основе полученной картины можно подсчитать среднюю точку разрезания. При этом видно, что нуклеотидные пары сайтов от 81 до 84 лежат на расстоянии 10,0 п.н. друг от друга, сайты от 84 до 810 разделены на 10,7 п.н., а для сайтов [c.366]

Сайты разрезания на серой цепи [c.367]

Сайты разрезания ДНКазой [c.367]

В большинстве случаев экспериментальные данные не получаются такими четкими, как в опыте, показанном на рис. 30.1 для однозначного расположения нуклеосом. Но иногда они достаточно сильно отличаются от широких полос или размазанных пятен, предполагаемых для случайной локализации. Из этих экспериментов действительно следует, что число сайтов разрезания нуклеазой микрококков ограничено немногими положениями по отношению к конкретным сайтам рестрикции. Следовательно, можно предположить, что образование нуклеосом ограничено таким способом, который позволяет им находиться только в немногих (2-4) альтернативных фазах. [c.378]

Многие сверхчувствительные сайты связаны с экспрессией генов. Каждый активный ген имеет один или (иногда) более сайтов разрезания, расположенных в участке, непосредственно прилегающем к промотору со стороны, противоположной направлению транскрипции (с З -конца). Некоторые примеры локализации сверхчувствительных сайтов суммированы на рис. 30.17. [c.389]

Специфический сайт разрезания [c.389]

Каким образом фермент узнает один сайт, а разрезает другой, достаточно удаленный Важно отметить, что белок никогда не отделяется от молекулы ДНК, с которой он первоначально связался. Если фермент инкубировать со смесью модифицированной и немодифицированной ДНК, он предпочтительно разрезает немодифицирован-ную ДНК. Следовательно, узнавая сайт связывания, белок не отделяется от неметилированной ДНК для того чтобы найти сайт разрезания. Существуют две альтернативные модели, объясняющие взаимосвязь между сайтами узнавания и разрезания в соответствии с одной из них движется фермент, согласно другой модели, перемещается ДНК. Предполагаемые схемы этих процессов представлены на рис. 34.4. Если движется фермент, то его перемещение вдоль ДНК будет продолжаться до тех пор, пока он не сделает выбор сайта разрезания. Если же движется ДНК, то фермент остается прикрепленным в сайте узнавания, а ДНК протаскивается через второй сайт связывания на ферменте, и это продолжается до тех пор, пока фермент не достигает области разрезания (пока не- [c.434]

Большинство сигнальных пептидов удаляется специальной сигнальной пептидазой, связанной с мембраной ЭР. Однако само по себе присутствие сигнального пептида еще недостаточно для работы этой пептидазы необходимо наличие по-соседству сайта разрезания, который не требуется для переноса. Показано, что у некоторых белков сигнальные [c.46]

Мутация 3 - точковая миссенс-мутация, затрагивающая нуклеотид 2,6 т. п. н. Эта мутация устранила сайт разрезания ДНК ферментом Есо R. [c.25]

Сайты разрезания ДНКазой I [c.389]

Сайты разрезания микрококковой нуклеазой [c.391]

Использование электрофореза для разделения рестрикционных фрагментов дает возможность получать рестрикционные карты — последовательности ДНК с нанесенными на них сайтами разрезания для различных рестриктаз. Первая карта была получена для вируса SV 40, содержащего 5423 пары оснований (рис. 1.2). Использовали рестриктазу Hind III, расщепляющую кольцевую ДНК вируса на 11 фрагментов. Порядок их расположения в ДНК был установлен путем исследований наборов обра- [c.28]

Сайт разрезания обнаруживается только в хроматине клеток с экспрессирующими генами. В неактивных генах он не обнаруживается. Например, у глобиновых генов сверхчувствительные сайты расположены в 5 -направ-лении от генов эмбрионального глобина в эмбриональных клетках, но не во взрослых клетках, и наоборот. Такие сайты иногда могут различаться по чувствительности (судя по интенсивности соответствующих полос). При близком расположении множественных сайтов некоторые из них оказываются значительно чувствительнее других. Помимо этих сайтов могут быть обнаружены сайты в других местах, в пределах транскрибируемого гена или на некотором расстоянии от него по ходу транскрипции (в сторону З -конца). Значение сайтов, расположенных в других местах, неясно. [c.389]

Реакция релаксации (АТР-независимая) хюдавляется налидиксовой кислотой. Это свидетельствует в пользу того, что субъедийица А вовлекается в осуществление разрыва и воссоединения. Обработка гиразы налидиксовой кислотой позволяет вьщелить ДНК в виде фрагментов, образованных в результате ступенчатого разреза поперек дуплексной молекулы. Концы содержат свободную З -ОН-группу и одноцепочечные 5 -концы протяженностью в 4 основания, ковалентно связанные с субъединицей А (рис. 32.6). Ковалентная сшивка сохраняет энергию фосфатной связи она может быть использована для проведения повторной реакции, что объясняет ее способность осуществлять релаксацию в отсутствие АТР. Сайты разрезания довольно специфичны и встречаются примерно один раз на каждые 100 пар оснований. [c.413]

Рис. 35.14, Белки Int и IHF связываются с различными сайтами в attP. Последовательности, узнаваемые белком Int в коре, включают сайты разрезания.

Разрешение-консервативный процесс связи при этом разрываются и восстанавливаются без поглощения энергии. Для завершения реакций необходимы ионы магния если они отсутствуют, происходит лишь частичная реакция с низкой эффективностью. В результате такой реакции получаются продукты, соответствующие промежуточной стадии в разрешении коинтегратов они состоят из резолвазы, ковалентно связанной с обоими концами, образовавшимися при двухцепочечном разрезе, произведенном в ге.5-сайте. Разрезание производится симметрично в коротких палиндромных областях в результате образуются выступы из двух оснований. Развивая представление об области перекреста, расположенной в сайте I, мы можем описать реакцию разрезания следующим образом [c.468]

Рис. 3.4. Механизм разрешения коинтегратов а — образование коинтсфата, б — разрешение коинтеграта — сайт разрезания коинтеграта

Рис. 9-8. Схема нативной хромосомы и трех плазмид, сконструированных вокруг EN3 (задача 9-10). Нативная хромосома имеет линейную форму ее концы на самом деле продолжаются далеко за сайты, отмеченные диагональными линиями. Плазмиды представляют собой кольцевые молекулы, но здесь для удобства они изображены в линейной форме. Нативные дрожжевые последовательности, окружающие центромеру, обозначены линиями. Последовательности бактериальной ДНК в составе плазмиды изображены как черные прямоугольники. Дрожжевая ДНК в составе плазмиды 3, изображенная как светлый прямоугольник, представляет собой фрагмент хромосомной дрожжевой ДНК, отстоящий далеко от центромеры. Сайт разрезания BamHI показан черным кружком слева от центромеры. Область гибридизации с радиоактивным зондом указана внизу.

Б. Размеры фрагментов указывают на расстояние между участками расщепления нуклеазой и участком расщепления BamHI (рис. 9-36). Поскольку микрококковая нуклеаза разрезает ДНК между нуклеосомами, то участки расщепления позволяют определить расположение нуклеосом относительно участка расщепления BamHI (рис. 9-37). За исключением области вокруг центромеры, сайты разрезания расположены с интервалом в 160 нуклеотидов. Это дает возможность предположить, что нуклеосомы закрывают около 160 нуклеотидов ДНК. Однако участки расщепления по сторонам центромеры отстоят друг от друга на расстояние 250 нуклеотидов следовательно, центромеру закрывает какая-то особая структура (не нуклеосома). Полагают, что специальные белки связываются [c.390]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология