Размер фрагмента

Рис. 12.8. Схема строения молекулы миозина. Указаны продольные размеры фрагментов и их м. м.

Обработка образца ДНК определенной рестриктазой всегда дает один и тот же набор фрагментов - при условии, что расщепление происходит по всем сайтам узнавания. Если использовать несколько ферментов рестрикции и сначала обработать ДНК каждой из рестриктаз в отдельности, а затем их комбинациями, можно построить физическую карту данной ДНК, т. е. установить порядок следования сайтов рестрикции вдоль молекулы. Определив размер полученных фрагментов с помощью гель-электрофореза, можно найти положение рестрикционных сайтов (дополнение 4.1). На рис. 4.4,А указаны размеры фрагментов, полученных в результате расщепления ДНК разными рестриктазами и их смесью. Из этих данных следует, что данный участок ДНК имеет по два сайта для ВатШ и ЕсоШ. [c.53]

При малых концентрациях п и (или) малых силах сцепления частиц размер фрагментов структуры I меньше Я в некотором интервале скоростей сдвига от О до у-1. В этом случае вязкость г 1 и не зависит, согласно (VII.56), от размера канала и неявным образом зависит от прочности сцепления частиц через соотношения типа (VII.46). Таким образом, различить характер структурообразования можно по зависимости от Я- Конечно, она может иметь и промежуточный между (УП.55) и ( 11.56) вид. [c.210]

Между средним размером фрагментов износа и толщиной пластически деформированного поверхностного слоя металлов с гране-центрированной кубической решеткой при скольжении без смазки существует количественная корреляция. Средняя толщина фрагментов износа составляла около четверти упрочненного слоя. Толщину деформированного слоя можно предварительно определить упрощенным анализом поля напряжений около контактных точек, в которых рассматривают динамику скольжения. [c.21]

Сравнение размеров фрагментов ДНК после обработки соответствующего участка генома набором рестриктаз позволяет построить рестрикционную карту, отражающую расположение определенной последовательности нуклеотидов в данном участке. Сравнением таких карт можно оценить степень гомологии между отдельными генами (участками) без определения их нуклеотидной последовательности. Рестрикционные карты важны для клонирования ДНК, решения эволюционных и филогенетических задач. [c.108]

Решающее значение для успеха синтеза длинноцепочечных объектов имеет правильное разделение всей последовательности на фрагменты. Всеобъемлющих правил для расчленения на фрагменты не существует. Можно разделить последовательность на два приблизительно равных по размеру фрагмента, чем облегчается последующая очистка благодаря различию свойств исходных и конечных продуктов. Можно, напротив, соединять крупный фрагмент с короткими карбокси- или аминокомпонентами. [c.216]

Получим соотношение, непосредственно связывающее дилатацию и размеры фрагментов, которое показывает, что разориентировка блоков, являясь причиной дилатации, может выступать в качестве важного самостоятельного параметра формирования тонкой структуры [c.101]

Наиболее общим методом фрагментации полисахаридной цепи является кислотный гидролиз. Его главный недостаток —незначительные выходы олигосахаридов, резко уменьшающиеся с увеличением размеров фрагмента. Этот недостаток в настоящее время пытаются обойти, удаляя олигосахариды из зоны гидролиза (гидролиз с одновременным диализом, действие полимерных кислот и т. д.). Развитие этого принципа, по-видимому, сделает частичный кислотный гидролиз гораздо более эффективным способом фрагментации. [c.633]

Электрофорез в полиакриламидном геле также используется для оценки молекулярной массы нуклеиновых кислот. Применительно к таким огромным молекулам, каковыми являются даже простейшие ДНК, например ДНК не особенно крупных вирусов или митохондриальные ДНК, этот подход мало эффективен, но он широко применяется для оцэнки размеров фрагментов двунитевых ДНК, на которые их разрезают на первых этапах работы по установлению первичной структуры. Этот вопрос несколько подробнее рассмотрен в 7.8. [c.268]

Число и размер фрагментов в значительной степени связаны со структурой соединения, поэтому по масс-спектрам можно судить [c.63]

Прежде чем перейти к иллюстрации этих правил, полезно классифицировать реакции в зависимости от величины взаимодействующих фрагментов. Мы определяем размер фрагмента как наименьшее число орбиталей, которое необходимо учитывать при переходе от одного конца данного фрагмента к другому при условии изображения фрагмента в виде я-эквивалентного представления . [c.127]

Величина исходного молекулярного веса деструктируемого продукта влияет, в частности, и на конечный размер фрагментов. Литературные данные показывают, что предельный молекулярный вес (Моо) будет тем ниже, чем выше исходный молекулярный вес исследуемого полимера . [c.39]

Следует отметить, что деструкция в атмосфере окиси азота протекает с большей скоростью, чем в среде инертного газа (азот). Отсюда следует, что часть макрорадикалов захватывается окисью азота, вследствие чего вероятность их рекомбинации или комбинации становится меньше, чем при измельчении в среде азота. Размеры фрагментов деструкции, выраженные через средний молекулярный вес, уменьшаются после 36 час размалывания с 170 000 до 11 000 (в присутствии акцептора) и с 170 000 до 14 000 при измельчении в атмосфере азота. [c.122]

С другой стороны, когда скорость межмолекулярной передачи цепи становится значительной по сравнению со скоростью реакции, обратной реакции роста цени, процесс термодеструкции приближается к таким процессам, в которых полимерные цепи разрываются по закону случая. В этих условиях на любой стадии процесса термодеструкции в качестве продукта реакции получается набор молекул всех промежуточных размеров, причем наиболее низкомолекулярные члены этого ряда летучи при повышенной температуре, при которой проводится реакция. Анализ продуктов термической деструкции при протекании процесса по этой схеме показывает, что могут образовываться даже очень крупные молекулы, содержащие до 35 этиленовых звеньев. Симха и Уоллу удалось показать, что такой процесс должен характеризоваться максимумом скорости при степени превращения около 25%, причем степень превращения, при которой наблюдается максимальная скорость реакции, должна сравнительно мало зависеть от размеров фрагментов цепи, которые могут удаляться в результате испарения. [c.21]

При деструкции по закону случая без деполимеризации скорость изменения массы образца зависит от того, какого размера фрагменты удаляются. Теоретический анализ такого процесса был проведен Уоллом [24, 36]. Предполагалось, что все молекулы меньше некоторой длины улетучиваются, т.е. потеря массы обусловливается выделением летучих фрагментов цепи со степенью полимеризации меньше Между массой остатка полимера ю и долей разорвавшихся связей р для этого процесса существует соотношение [c.24]

В первой группе методов (А) создают условия для измерения линейных размеров фрагментов и углов их разориентировки. [c.219]

Оценить минимальные значения разориентаций и линейных размеров фрагментов, выявляемых в данном эксперименте. [c.222]

С целью внедрения второго способа утилизации загрязненного оборудования заключен договор с предприятием ЭКОМЕТ-С (г. Сосновый Бор) на пробную плавку небольших по размерам фрагментов различных конструкций и труб. Будет также заключен договор с этим же предприятием на разработку способа доставки и технологии плавки стандартных НКТ. [c.102]

Оказаки. Таким образом, синтез ДНК на двух матричных цепях исходной молекулы заметно различается. Новосинтезированная цепь которая синтезируется непрерывно, называется ведущей (англ. lea- ding), другая цепь называется запаздывающей (англ. lagging). Каждый фрагмент Оказаки имеет на 5 -конце несколько рибонуклеотидов— результат действия праймазы. Характерный размер фрагментов Оказаки различается для бактерий и эукариот у бактерий, они имеют длину около 1000 нуклеотидов, у эукариот они короче, порядка 100 нуклеотидов. Через некоторое время после синтеза РНК-затравки удаляются, бреши застраиваются ДНК-полимеразой,. а фрагменты сшиваются в одну ковалентно-непрерывную цепь ДНК предназначенным специально для этого ферментом, ДИК-лигазой. [c.54]

Существует три этапа в этом классическом методе анализа последовательности. Первоначально РНК расщепляют иа фрагменты умеренной длины (примерно 50 пар оснований) частичным гидролизом РНазой. Затем анализируют общий состав оснований этих дискретных фрагментов с последующим их расщеплением до маленьких блоков, для которых можно непосредственно установить последовательность оснований. И наконец, большие по размеру фрагменты располагают в нужном порядке, используя частичное перекрывание последовательностей. Такие частичные перекрывания возникают в результате различных способов расщепления, получаемых при действии панкреатической РНазы (специфичной к пиримидинам) и такадиастазы Т] (специфичной к гуанозину). Сложное разделение большого числа фрагментов, получаемых в результате частичного расщепления нуклеазами, удается наилучшим образом осуществить при использовании двумерного разделения ( фингерпринт ), сочетая ионофорез на ацетате целлюлозы при pH 3,5 в одном направлении и ионофорез- на ДЕАЕ-целлюлозной бумаге при кислых значениях pH [30]. Во всех случаях фрагменты детектируют без деструкции с использованием Р-меченных нуклеотидов. [c.193]

Чтобы построить рестрикционную карту, следует сравнить размеры фрагментов, полученных при раздельной рестрикции и при рестрикции смесью ферментов. Результат такого сравнения представлен на рис. 4.4,Б. Если при гидролизе ДНК каждой из двух рестриктаз ( соЯ1 и ВатШ) образуются три фрагмента, значит, в исходном фрагменте ДНК было два сайта узнавания для каждой из использованных рестриктаз. Фрагмент размером 300 п. п., который образуется в результате гидролиза соК1, не расщепляется [c.53]

Расстояние между сайтами на РГ-карте измеряется в так называемьгх сантирэях (сР). Поскольку размер фрагментов обратно пропорционален дозе облучения, необходимо указывать дозу, при которой была получена данная РГ-панель и построена РГ-карта. Например, расстояние в 1 сР ддо означает, что при дозе 8000 рад между двумя маркерами происходит разрыв в 1% случаев. [c.462]

Введение деструктора не всегда способствует полному удалению остатков полимера, которые могут коагулировать между собой с образованием более крупных комплексов, и в результате проницаемость ПЗП может существенно уменьшиться, Чтобы избежать этого, разработали специальную добавку антикоагулянтов (С1еапРЬОШ), которая синергетически работает с деструктором, уменьшая размеры фрагментов полимера (рис. 4.33). [c.390]

Как видно из рис. 82 и 83, имеется четкая зависимость =/(5), определяющая характер изменения молекулярного веса полимеров прн их механическом измельчении (здесь 5 — степень дисперсности). Экстраполяция кривой к оси ординат дает отрезок, соответствующий очень низкой дисперсности, поп которой моле-, кулярный вес монолитного полимера и разрушенных частиц практически одинаков. Дальнейший ход кривой в сторону более высокой дисперсности менее определен, хотя этот вопрос представляет большой теоретический интерес. По оси М (или соответственно [т]]) в конечном итоге должна достигаться точка, в которой М=М . По оси 5 в пределе должна быть достигнута дисперсность, соответствующая молекулярным размерам фрагмента М оо, однэко практически это невозможно. Дело в том, что при измельчении полимеров в газовой среде по достижении определенной степени дисперсности дальнейший размол практически приводит к уменьшению молекулярного веса без изменения степени дисперсности. Это происходит вследствие того, что образующиеся субмикроско-пические частицы вновь слипаются, агрегируют, так что иаивыс-шая практически достижимая дисперсность определяется химической природой полимера —его аутогезионными свойствами в данных условиях. [c.111]

Нерастворимые трехмерные системы в результате механодест-рукции переходят в растворимое состояние 240-243 образуя дисперсии, частицы которых являются фрагментами этих систем. Размеры фрагментО(В изменяются в очень широких пределах (рис. 92—96)—от макрочастиц, представляющих собой обломки волокон (коллаген, кератин), до фрагментов молекулярных размеров (глифтали, мочевино-формальдегидные полимеры, феноло-формальдегидные полимеры и т. д.) . 24з [c.118]

При использовании метода сцинтилляционного счета следует обратить внимание на выбор размеров фрагментов, на которые разрезается гель перед измерениями. Очень хорошее разрешение достигается при разрезании геля на узкие полоски, например 0,5 мм, однако при этом возрастает число исследуемых образцов. Время обработки можно сократить, если, по предложению Албаниза и Гудмена [26] получать сначала авторадиограмму, а потом исследовать только зоны, содержащие радиоактивность. [c.153]

Размер фрагмента Лфр оценим грубо из условия, что он имеет порядок длины волны радиации Rфp=Nф p кг . Если не учитывать гидродинамическое взаимодействие между сегментами фрагмента, то Вфр Л фр и I2( ) к. При учете гидродинамического взаимодействия )фр Nфpкии(к) . [c.227]

Единственная существенная проблема в описанном выше подходе к фрагментации РНК заключается в том, чтобы в каждом опыте получать одинаковые фрагменты. В случае рРНК дополнительную гарантию воспроизводимости фрагментации можно получить, действуя нуклеазами на целую рибосому (Сох, 1969). Было найдено, что при обработке рибосом ретикулоцитов кролика панкреатической РНК-азой теряется 20-30% рибосомной РНК, однако при этом не наблюдается заметного изменения коэффициента седиментации рибосом или их вида на электронных микрофотографиях. Размеры фрагментов РНК, выделенных после нуклеазной обработки рибосом, указывают на то, что в большой субъединице рибосомы имеется около 40, а в малой - примерно [c.154]

Самая нижняя прямая соответствует интактной ДНК фага Т4 другие прямые соответствуют фрагментам ДНК фага Т4, полученным посредством гидродинамического воздействия (размеры фрагментов убывают снизу вверх). Наклон кривой, описывающей зависимость 1/S от концентрации, возрастает с увеличением молекул 1рного веса, как это и следует из уравнения (7). Можно видеть, что при концентрации 20 мкг1мл, которая часто используется при седиментационном анализе ДНК, имеется существенное различие между -V величиной, экстраполированной к бесконечному разведению. [c.223]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология