Узнаваемая последовательность нуклеотидов

Узнаваемая последовательность нуклеотидов [c.9]

Узнаваемая последовательность нуклеотидов Да [c.9]

Вышеуказанными недостатками не обладают рестриктазы II типа. Нуклеотидные последовательности, узнаваемые этими ферментами, состоят из 4—8 нуклеотидных пар и отличаются вращательной симметрией второго порядка. Эти ферменты расщепляют ДНК полностью по всем узнаваемым участкам. Некоторые специфические эндонуклеазы способны узнавать ассиметричную последовательность нуклеотидов и расщеплять ДНК на расстоянии 5—13 пар оснований в сторону от узнаваемого участка. В других случаях узнаваемая последовательность нуклеотидов является прерванной — симметричные участки разделены любыми нуклеотидными парами. Однако, во всех случаях, вне зависимости от структурных особенностей узнаваемого участка, наблюдается исчерпывающий гидролиз ДНК. Способность рестриктаз II типа высокоспецифично к исчерпывающе расщеплять ДНК на фрагменты, соответствующие по длине расстояниям между узнаваемыми участками, предопределило широкое использование этих ферментов в качестве аналитических реагентов в исследованиях, в той или иной мере связанных с изучением и характеристикой структуры ДНК и в опытах по генетической инженерии. Именно рас смотрению этих ферментов посвящен настоящий обзор. [c.12]

Метилирование оснований в узнаваемой последовательности нуклеотидов способно предотвратить ее расщепление рестриктазой. Такая модификация субстрата осуществляется метилаза-ми и лежит в основе механизма защиты клеточной ДНК от сопряженной специфической эндонуклеазы. [c.45]

До недавнего времени специфичность рестриктаз к модификации субстрата изучалась только в отношении местоположения модифицированного основания в узнаваемой последовательности нуклеотидов. Открытие N -метилцитозина ( С) [56, 103, 191] поставило вопрос о способности рестриктаз дифференцировать два по разному модифицированные цитозина (№- и [c.48]

Предлоложительно случайное, по меньшей мере 1000 нуклеотидных пар в сторону от узнаваемой последовательности нуклеотидов [c.9]

Возможно одновременное проявление рестриктазной и метилазной активностей Нуклеотидная последовательность либо вообще не имеет вращательной симметрии второго порядка, либо имеет некоторые ее элементы 24—26 нуклеотидный пар в стороне от узнаваемой последовательности нуклеотидов [c.9]

Таксономические границы потенциальных продуцентов рестриктаз были еще более расширены после их обнаружения в штаммах АпаЬаепа [312], относящихся к другому большому разделу царства прокариотических микроорганизмов — цианобактериям. Эти результаты указывали на возможность наличия специфических эндонуклеаз у представителей самых различных таксономических групп прокариотических микроорганизмов, что и было подтверждено последующими исследованиями. Довольно наглядно динамика роста таксонов и штаммов, в которых были обнаружены рестриктазы, прослеживается в публикуемых, начиная с 1976 г., списках этих ферментов, составляемых Робертсом [31 —319]. Из таблицы 2, обобщающей сведения, имеющиеся в указанных списках, (а также дополнительные данные, не вошедшие в них) видно, что за 12 последних лет число видов и родов, в которых найдены рестриктазы, возросло в 7 и 5,3 раза соответственно, штаммов— в 17,3 раз, а количество открытых за этот период рестриктаз, в том числе и ферментов с новой субстратной специфичностью, в 15,7 и 6,5 раз соответственно. Абсолютные цифры тоже внушительны всего выявлено 1 107 штаммов, содержащих специфические эндодезоксирибонуклеазы, а в отношении узнаваемой последовательности нуклеотидов охарактеризовано 1 106 рестриктаз. Среди них обнаружено 143 прототипа— ферменты, различающиеся в отношении узнаваемой последовательности нуклеотидов. Таким образом, темпы роста сведений о все новых продуцентах рестриктаз и самих этих ферментах являются впечатляющими и пока не видно признаков их снижения. Все это позволяет предположить значительное расширение списка специфических эндонуклеаз в будущем, что, в частности, будет способствовать изучению закономерностей распространения рестриктаз, имеющих как теоретическое, так и практическое значение. В этом отношении представляет интерес распространение продуцентов в царстве прокариотических микроорганизмов, частота их встречаемости в различных таксонах и качественная сторона этого явления, а именно, наличие или отсутствие специфичности в отношении набора последовательностей нуклеотидов, узнаваемых рес-триктазами, выявленных в отдельных таксонах (вопрос о так-соноспецифичности рестриктаз). [c.14]

Основными проявлениями специфичности, характерными для всех рестриктаз, являются 1) узнаваемая последовательность нуклеотидов, 2) место расщепления и 3) зависимость действия рестриктаз от характера метилирования оснований в пределах узнаваемой последовательности. Некоторые другие функциональные проявления этих ферментов, а именно, способность надрезать одну нить гемиметилированной ДНК, расщеплять однонитевую ДНК и способность менять субстратную специфичность в сторону более низкой в зависимости от условий проведения реакции являются менее изученными и возможно присущи не всем рестриктазам. [c.33]

Рестриктазы проявляют специфичность и по отношению к местоположению модифицированных оснований в узнаваемой последовательности нуклеотидов. Во всех исследованных случаях было обнаружено, что метилирование, осуществляемое штаммо-специфической метилазой, защищает ДНК от расщепления сопряженной рестриктазой [98, 252, 319]. Этот тип модификации Макклеландом [252] был назван врожденным ( og-nate ). В настоящем обзоре для его обозначения будет принято название — каноническое метилирование. Оно проявляется в метилировании симметрично расположенных строго определенных оснований в каждой цепи узнаваемой последовательности нуклеотидов. Например, специфическая метилаза Нра II метилирует внутренний цитозин в последовательности 5 С С GG в [c.47]

Изошизомеры могут отличаться по чувствительности в отношении местоположения метилированного основания в узнаваемой последовательности нуклеотидов. Среди исследованных в этом аспекте ферментов удалось выявить 15 пар ферментов по разному реагирующих на метилирование одного и того же основания в узнаваемом участке (табл. 13 в таблице не приведены ферменты-изошизомеры, обладающие такой же чувствительностью к модификациям субстрата). Кроме того рестриктазы SauSA I, Mbo I и Dpn I различаются не только по чувствительности к модификации аденина в узнаваемом участке 5 G AT , но в случае Dpn I именно только такой (модифицированный) субстрат и расщепляется этим ферментом. [c.57]

Рис. 1. Схематическое изображение водородных связей, образующихся при взаимодействии рестриктазы E oR I с основаниями узнаваемой последовательности нуклеотидов

Общепринято, что ферменты любой системы RM характеризуются идентичной специфичностью в отношении узнаваемой последовательности нуклеотидов. До последнего времени не имелось фактов противоречащих этому обобщению. Существуют гипотетические варианты метилазной специфичности, отличные от специфичности сопряженной рестриктазы, способные защищать клеточную ДНК. Возможно прообразом таких систем является RE o47 I и МЕсо47 II узнающие перекрывающиеся [c.103]

Основной характеристикой специфичности эндонуклеаз является узнаваемая последовательность нуклеотидов. Ее определение позволяет каталогизировать новый фермент по отношению к известным, т. е. установить является ли он изошизомером или прототипом. Наличие этих сведений является отправной точкой для дальнейшей характеристики исследуемого фермента (место расщепления субстрата, специфичность по отношению к модификациям субстрата и т. д.) и служит одной из предпосылок для принятия решения об его перспективности для использования в качестве аналитического реагента. [c.170]

Некоторые из рестриктаз класса II перечислены в табл. 1.2. Для крат1 )сти изображена одна цепь узнаваемой последовательности нуклеотидов в направлении 5 -3. Вторая цепь расщепляется симметрично, как в приведенных выше примерах для рестриктаз Alul, ЕсоШ и Pstl. [c.17]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология