Модель упругой деформации белка

Согласно описанным моделям, катализ должен быть сопряжен также и со снижением самой высоты барьера активации. Рассмотрим существующие гипотезы о возможных механизмах непосредственного снижения барьера ее активации за счет запасания энергии в белковой глобуле и концентрации на атакуемой связи в субстрате. В модели упругой деформации (Д. С. Чернавский, Ю. И. Хургин, С. Э. Шноль) выдвигаются представления о молекуле белка как об упругой конструкции. Были рассчитаны размеры белкового резервуара для запасания необходимой в катализе энергии в виде энергии упругой деформации. Оказалось, что, если принять пределы упругости белкового тела примерно равными таковым для большинства материалов, то для запасания энергии 0,5 эВ необходимо распространение области упругой деформации на всю глобулу 2,0-5,0 нм. [c.424]

Связи между составными субъединицами фибрилл и между фибриллами нековалентны, а водородные связи, видимо, играют важную роль. Ткань, образованная переплетением волокон, позволяет объяснить эластичность и вязкость клейковины. Слабые деформации обратимы за счет возврата взаимодействий их к минимальному энергетическому уровню. После более существенной деформации возможно также прогрессивное и последовательное преобразование первоначальных связей между фибриллами (упругость). Нековалентные связи между волокнами позволяют им перемещаться относительно друг друга под действием значительных ограничений и сил (вязкость). В этой схеме функциональная единица является не полипептидной цепью, а белковой фибриллой. В зависимости от характера фибрилл (глиадины или глютенины) их способность к взаимодействию может варьировать. Так, изменчивость консистенции теста, подвергаемого механическим воздействиям, обусловлена перекомбинацией между фибриллами со слабой или сильной способностью взаимодействия [13]. В отличие от модели Гросскрейца [87] участие липидов здесь не является необходимым образование фибрилл зависит только от белков и наблюдалось при работе с обезжиренной мукой [15]. [c.221]

В 1, гл. XI была приведена модель ограниченной диффузии белковых фрагментов, совершавших микроконформационные движения с амплитудами 0,03-0,1 нм и временами корреляции Тс -е-10 с. Эти движения соответствуют локальным движениям различных белковых групп типа заторможенного враш ения, мягких деформаций и т. д. Однако описание более крупномасштабных изменений потребовало более конкретного учета реальной структуры белка. В связи с этим в модели учитываются движения жестких а-спиральных участков и боковых групп, обра-зуюш их жидкоподобную опушку , демпфируюшую изгибные движения а-спиралей (К. В. Шайтан). Иными словами, молекула белка здесь моделируется в виде жидкой капли, армированной упругими стержнями а-спирального каркаса. Аналогичный подход использовали ранее в теории флуктуаций ДНК (см. 3, гл. IX). [c.429]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология