Рибоза, влияние конформации

Ограниченность рассмотренных квантовохимических подходов состоит в том, что они не учитывают многих чрезвычайно важных факторов, зачастую определяющих и направление, и скорость реакции. Таковыми, например, являются влияние растворителя, пространственные эффекты заместителей и др. О пространственных эффектах заместителей мы уже говорили при рассмотрении кислотно-основных свойств оснований. Отметим еще несколько примеров подобного влияния. Из данных по конформации нуклеозидов и нуклеотидов (см. гл. 2) следует, в частности, что для этих соединений в обычных условиях предпочтительной является антиконформация, при которой в пиримидиновых нуклеозидах и нуклеотидах остаток рибозы и карбонильная группа находятся по разные стороны от К-гликозидной связи. Если эта конформация сохраняет свое преимущество и в растворе, то можно ожидать, что остаток сахара будет пространственно затруднять нуклеофильное присоединение по двойной связи, вследствие чего реакции подобного рода с объемистыми реагентами могут стать даже невозможными. Не исключено, например, что такие реагенты, как семи-карбазид или реактив Жирара (см. стр. 350), не присоединяются по двойной связи именно в силу пространственных затруднений. Более трудная фотохимическая гидратация двойной связи в ури-дин-5 -фосфате по сравнению с уридин-З -фосфатом, возможно, также связана с пространственными эффектами (см. гл. 12). Несмотря на эти довольно многочисленные факты, детального исследования пространственного влияния остатка сахара на реакционную способность оснований до сих пор еще нет. [c.203]

Природа влияния оснований на скорость гидролиза фосфодиэфирной связи продолжает оставаться предметом обсуждения. Возможно, что одной из основных причин меньшей реакционной способности фосфодиэфирных связей в пуриновых олигонуклеотидах являются межплоскостные взаимодействия, более сильные между пуриновыми основаниями 5 - (по сравнению с взаимодействиями между пиримидинами). В частности, для динуклеотндного звена они приводят к такой конформации, при которой атом фосфора удален от ОН-группы при С-2 остатка рибозы, а вращение связи С-З —О заторможено. Это затрудняет переход динуклеотидного звена в конформацию, необходимую для достижения переходного состояния реакции гидролиза. Предполагается, что при наличии межплоскостного взаимодействия оснований скоросЛ гидролиза фосфодиэфирной связи примерно в 10 раз меньше, чем при [c.557]