Филогенетическое дерево

Специализация белков создает предпосылки для исследований на уровне организма. Согласно распространенной сейчас гипотезе в основе эволюции организма лежит, по-видимому, не эволюция структурных генов и соответствующих белков, а эволюция регуляторных генов [517]. Имеется много свидетельств тому, что адаптивная эволюция происходит прежде всего в результате изменений во взаимных отношениях структурных генов, а не в замещениях аминокислот в продуктах этих генов. В свете этой гипотезы увеличивается значение специализации белков для построения филогенетического дерева, поскольку предполагается, что положения аминокислот в полипептидной цепи являются признаками, не зависящими от эволюционных скачков. Таким образом, исследование специализации белка создает основу для более систематического изучения эволюции поведения и эволюции морфологии это особенно важно для таксонов, которые бедны сведениями об ископаемых вариантах. [c.211]

Рис. 40.18. Филогенетическое дерево, основанное на различиях в аминокислотной последовательности цитохрома С.

Рис. 9.3. Построение филогенетического дерева.

Установленная генеалогия цитохрома с, соответствующая филогенетическому дереву организмов, содержащих цитохром с, включает генетические расстояния (данные в единицах РАМ) без указаний на времена эволюции. Однако можно произвести калибровку путем [c.209]

Топологии филогенетических деревьев, построенные программой 3.1 с характеристикой достоверности и списками противоречивых "четверок". [c.61]

Обычно порядок транспозиций не известен, поэтому структура филогенетического древа, вообще говоря, прямо не связа-ана с порядком транспозиций. В таком случае удобно использовать интегральные характеристики филогенетических деревьев, связанных с частотами перемещений ПП. [c.72]

Топологическую взаимосвязь можно превратить в филогенетическое дерево. Исходя из существующих молекулярных видов, нужно разместить предшественников в точках разветвлений. Точку разветвления выбирают таким образом, чтобы числа замен во всех ветвях до существующих видов были по возможности близкими. В нашем примере обе точки разветвления а и 3 в этом отношении эквивалентны (рис. 9.3), что приводит к выбору БВ и ВТ в качестве соответствующих предшественников. Если, однако, обратиться к организмам, то вопрос будет решен в пользу ВТ, поскольку он встречается в более древних таксонах [145]. С помощью дерева можно также установить, что аминокислотная последовательность бычье- [c.213]

Для проверки работоспособности метода мы использовали набор филогенетических деревьев для Alu повторов [7 ]. Оказалось, что полученные оценки достаточно близки к оценка , полученным методами 2.1 и 2.2. [c.74]

В этом разделе рассматриваются генеалогические связи пептидных гормонов вазотоцина (ВТ),окситоцина (ОТ), бычьего вазопресси-на (БВ) и свиного вазопрессина (СВ). Вазотоцин участвует в восстановлении и регуляции водно-солевого баланса многих позвоночных, окситоцин (млекопитающих) выполняет только первую, а вазо-прессин — только вторую функцию. Эти гормоны, аминокислотная последовательность которых была определена в 1953 г. группой дю Виньё, представляют первый изученный пример дифференциации пептидов [145, 526]. Кроме того, их небольшая величина позволяет проследить основные этапы построения филогенетического дерева гомологичных (поли)пептидов. [c.212]

Цитохромы типа с могут способствовать выявлению эволюции метаболических путей. Цитохромы с вводят нас в обширную область прокариотов. В принципе структуры этих белков можно использовать для установления определенного порядка среди бактерий таким же образом, как митохондриальные цитохромы с были применены в таксономических целях к эукариотическим организмам. Первые попытки такой классификации бактерий уже сделаны [509, 571]. Однако, поскольку в бактериях может осуществляться переход межродового гена [507, 508], построение филогенетического дерева затрудняется генами, которые переходят из одной ветви в другую. [c.227]

Филогенетическое дерево прокариот, построенное по этому единственному гену, относящемуся к внутренней сфере организма, не дает представления о его функции в биосферно-геосферной системе. Считается, что точка ветвления указывает на последовательность возникновения. Вместе с тем неясно, идет ли молекулярный хронометр мутаций с одинаковой скоростью во всех условиях. Есть сравнительно немного корреляций крупных физиологических групп микроорганизмов с филогенетической системой. Для малочисленных групп говорить о корреляции физиологии и филогении не следует. Одну ветвь составляют оксигенные фототрофы - цианобактерии и с ними прохлорофиты. Целостную ветвь составляют мицели- альные прокариоты актиномицеты. В одной ветви сосредоточены спирохеты. Не продолжая этого перечисления, следует заметить, что в любой биологической классификации, как правило, складывается такая ситуация, в которой некоторые группы невысокого таксономического ранга очень многочисленны, в то время как другие, резкое отличие которых заставляет придать им значение таксона высокого ранга, представлены немногими видами. Далее, современная система бактерий, основанная на выделенных в чистую культуру и сохраняемых в коллекциях видах, заведомо отличается от того, что есть в природе. Филогенетическая система в принципе ориентирована на выяснение генеалогии отдельного вида на основе сходства генома. [c.332]

Необходимо установить топологическую взаимосвязь между молекулярными видами. Перед построением филогенетического дерева в нашем примере нужно установить топологическую взаимосвязь между четырьмя видами пептидов. Это можно сделать графическим путем, как показано на рис. 9.3, г. Здесь однократные замены оснований отмечены крестиками, так что при переходе от одного вида молекул (например, СВ) к другому виду (например, ОТ) крестики, складываясь, дают элемент матрицы МЗО (например, 3). Если применить тот же подход, но воспользоваться матрицей аминокислотных замен, то для рассмотренного примера мы не получим решения, даже если расположить молекулы в виде топологического графа <рис. 9.3, г). [c.213]

Для цитохромов с характерна низкая скорость эволюции (табл. 9.1), поэтому их нельзя использовать для выяснения взаимосвязей в ответвлениях филогенетического дерева, например между коровой и другими парнокопытными. Для этой цели необходимо использовать белки, эволюционизирующие быстрее, например рн-бонуклеазу поджелудочной железы [145, 488] (рис. 9.2). [c.210]

Различные гормоны отличаются лишь замещением в положениях 3, 4 н 8. Применив ЭВМ, Плишка [621] построил филогенетическое дерево нейро- [c.249]

Отметим, что этот метод дает сведения об аминокислотной последовательности предшественников в точках разветвления. Именно этот этап является основным в упоминавшемся выше методе пред-шествуюш,их последовательностей . При сравнении более чем четырех (поли)пептидов в обш,ем случае точного решения получить нельзя. В таких случаях, в частности, например, для цитохрома с (70 специализированных белков) и для сериновых протеаз (20 дифференцированных белков, см. ниже), метод предшествующих последовательностей [513] используется для достижения воз.можно лучшей подгонки при построении на основе имеющихся данных наилучшего филогенетического дерева. Очевидно, что в таком дереве будет наблюдаться тем больше неопределенностей в некой предшествующей последовательности, чем более удалена во времени точка разветвления. [c.215]

Смотреть страницы где упоминается термин Филогенетическое дерево: [c.45] [c.208] [c.209] [c.209] [c.209] [c.210] [c.212] [c.208] [c.209] [c.209] [c.209] [c.210] [c.212] [c.403] [c.405] [c.405] [c.93] [c.120] [c.139] [c.327] [c.333]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология