Олигонуклеотиды физические свойства

ФИЗИЧЕСКИЕ СВОЙСТВА ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ [c.519]

Физические свойства олигонуклеотидов [c.521]

Физические свойства олигонуклеотидов 537 [c.537]

Продукты разных методов деградации наряду с физическими свойствами обычно различаются длиной цепи, составом и последовательностью оснований. Был разработан ряд весьма эффективных способов разделения смесей моно- и олигонуклеотидов по одному или нескольким из этих свойств. [c.47]

В настоящее время известно, что многие физические свойства нуклеиновых кислот, которые ранее связывали только с их относительно высоким молекулярным весом, характерны для олигонуклеотидов и низкомолекулярных полинуклеотидов [1]. Чтобы избежать повторений, мы не будем придерживаться исторической последовательности и начпе.м наш обзор с описания свойств олигонуклеотидов с известной структурой. Далее будут обсуждены свойства высокомолекулярных полимеров, синтезированных ферментативным путем, и затем, наконец, будут рассмотрены свойства самих нуклеиновых кислот. Мы надеемся, что это позволит избежать путаницы, а число недоразумений, которые обычно возникают время от времени, будет сведено к минимуму. [c.519]

Таким образом, константа равновесия может быть определена при любых условиях, если известны физические свойства полностью упорядоченной и неупорядоченной форм. В этом, однако, и состоит основная проблема. Стэкинг олигонуклеотидов изменяется с температурой очень плавно. В некоторых случаях полностью неупорядоченное состояние может быть получено при КЮ С в других случаях, для оценки /4 , могут быть использованы свойства мономеров. Определить А можно только в том случае, если создать условия, соответствующие чистой упорядоченной форме. Для этого понижают температуру до тех пор, пока А не выйдет на некоторый постоянный уровень. Во многих случаях необходимая для этого температура оказывается очень низкой, до — 80 °С. Чтобы получить такие температуры, можно использовать в качестве растворителя концентрированные водные растворы Ь1С1 (рис. 22.11). Однако термодинамические параметры стэкинга, полученные при этих условиях, необходимо каким-то образом экстраполировать к условиям разбавленного солевого раствора. [c.259]

Для его получения использовали набор химически синтезированных олигонуклеотидов, состоящих из 18-нуклеотидных фланкирующих областей (праймеров) и центрального 60-нук-леотидного участка, где в каждом из 60 положений может находиться любой из четырех нуклеотидов. Теоретически такой набор содержит примерно 1,3 10 (4 ) олигонуклеотидов с разной центральной последовательностью. Образец пропустили через колонку, содержащую связанные молекулы тромбина, присоединившиеся к тромбину олигонуклеотиды элюировали и повторно пропустили через колонку со связанным тромбином. Эту процедуру повторяли не менее трех раз. Конечный набор тромбино-вых аптамеров амплифицировали с помощью ПЦР и клонировали, после чего определили физические и биологические свойства каждого из них. Те аптамеры, которые обладали высокими сродством, специфичностью и антитромбино-вой активностью, отбирали для более детального анализа. [c.508]

Реакционная способность нуклеотидных звеньев, механизм и кинетика реакций, а также строение и свойства модифицированных звеньев в первом приближении могут быть изучены на мономерных соединениях обычными методами органической и физической химии. Однако для учета взаимодействий, сказывающихся на реакционной способности отдельных нуклеотидных звеньев в составе полимера, необходимо исследовать модельные полимерные соединения— олигонуклеотиды, монотонные одно- и двухспиральные полинуклеотиды и, наконец, гетерополинуклеотиды. Полученных в ходе подобных исследований данных в большинстве случаев бывает достаточно для рационального использования реакции при изучении структуры и функций нуклеиновых кислот. [c.15]

Однако нуклеиновые кислоты как объекты физических исследований имеют несколько явных преимуществ перед белками. Поскольку у этих молекул обычно имеется только четыре типа мономерных звеньев (исключение составляют тРНК), спектр основных взаимодействий значительно уже, чем для белков. Как мы увидим дальше, большинство взаимодействий в высокомолекулярных нуклеиновых кислотах реализуется почти в такой же форме в очень небольших фрагментах нуклеиновых кислот — в ди- и олигонуклеотидах. Поэтому, исследуя такие небольшие фрагменты, удается получить достаточно общие результаты, которые позволяют судить о свойствах значительно более длинных полимеров. Напротив, короткие пептиды не могут служить адекватной моделью для белков и на самом деле их нельзя считать достаточно хорошими моделями даже для вторичной структуры полипептидов. [c.240]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология