Денатурация в хромосомах III

Принцип этого метода прост. Рассмотрим его на конкретном примере картирования некоего фрагмента ДНК человека величиной 14,9 т.п.н., клонированного на фаговом векторе. Функция этого фрагмента ДНК не ясна. Известно, что он присутствует в количестве не более одной-двух копий на гаплоидный геном. Метафазные хромосомы человека, распределенные на стандартном предметном стекле, обрабатывали с целью удаления примесей связанной РНК и денатурации хромосомной ДНК. В качестве зонда использовали клонированный фрагмент ДНК, радиоактивно меченный ( Н) с помощью ник-трансляции. Пред- [c.314]

Объясните, почему сумма размеров фрагментов, полученных при рестрикции, не равна 21 т.п.н. и почему подвижность полос меняется при денатурации и ренатурации ДНК. Какова может быть, по вашему мнению, общая организация последовательностей в рибосомной мини-хромосоме [c.129]

Денатурация и ренатурация мини-хромосомы или продуктов ее расщепления рестриктазами вызывают изменение электрофоретической картины, поскольку левая и правая половины одноцепочечных молекул, образовавшихся из центрального фрагмента, комплементарны и, следовательно, могут гибридизоваться сами на себя. Благодаря тому что две комплементарные половины входят в состав одной и той же молекулы, они гибридизуются друг с другом намного быстрее, чем с другими молекулами. Гибридизация сама на себя приводит к тому, что наблюдаемый размер молекулы уменьшается в 2 раза. Таким образом, не разрезанная рестриктазой хромосома после денатурации и ренатурации уменьшается в размере с 21 до 10,5 т. п. н. Аналогичным [c.384]

Хроматография на гидроксиапатите была использована для доказательства предположения, что остаточная трансформирующая активность ДНК, подвергавшейся тепловой денатурации, обусловлена присутствием фракции ДНК, похожей, вероятно вследствие сшитости, на нативную ДНК (элюирующуюся в том же объеме, что и нативная ДНК, рис. 38.5) [63]. При помощи этого метода определяли число половых факторов в хромосомах Е. oli [73]. [c.73]

Полинуклеотидлигаза — фермент, действием которого объясняют процессы, возникающие и развивающиеся в период репликации ДНК на обеих сторонах вилки, образующейся при раскручивании двух цепей нативной ДНК. Предполагается, что ДНК в ходе репликации синтезируется отдельными небольшими фрагментами, которые затем сшиваются в единую структуру полинуклеотидлигазой. Это предположение подтверждается тем, что большая часть вновь синтезированной бактериальной хромосомы или хромосомы бактериофага Т4 после денатурации выделяется в виде коротких цепей ДНК, содержащих от 1000 до 2000 нуклеотидов, которые с помощью полинук-леотидлигазы сливаются в более крупные цепи. [c.67]

Наибольшая концентрация тандемных повторов обычно наблюдается в области центромер и теломер в хромосомах животных и растений. Иногда в одном таком участке обнаруживаются сотни и даже тысячи копий какой-то одной единицы, и на их долю часто приходится значительная часть суммарной геномной ДНК (табл. 9.12). При денатурации суммарной ДНК с последующей реассоциацией эти последовательности составляют фракцию наиболее быстро ренатурирующей ДНК (т.е. для них характерны очень малые значения ot). Как и другие длинные тандемные повторы, при равновесном центрифугировании в градиенте плотности эти элементы часто образуют отдельные сателлитные зоны (рис. 9.25). Все эти ДНК, включая и ДНК из зон, содержащих рДНК или повторяющиеся гистоновые гены, были названы сателлитными. Этот термин используется сейчас в основном в отношении [c.188]

Мини-хромосомы, меченные только P-d TP, при денатурации образуют одноцепочечные фрагменты, состоящие из 2, 3 или 4 тандемно повторенных последовательностей ССССАА. [c.131]

Сумма величин рестрикционных фрагментов не равна 21 т.п.н., и электрофоретическая картина меняется в зависимости от денатурации и ренатурации потому, что рибосомная мини-хромосома представляет собой инвертированный димер, или палиндром (рис. 9-32). Это означает, что последовательности, расположенные в левой половине мини-хромосомы, повторяются в противоположной ориентации в ее правой половине. Таким образом, рестриктаза разрезает каждое плечо (т.е. повторяющийся сегмент) в сайтах, равно удаленных от концов, при этом получаются один центральный фрагмент и две одинаковые копии концевого фрагмента. В случае обработки BglII центральный фрагмент содержит 13,4 т.п.н., а два концевых фрагмента-по 3,8 т.п.н. Сумма длин рестрикционных фрагментов не равна 21 т.п.н., поскольку концевые фрагменты надо считать дважды 2 фрагмента по 3,8 т. п. и. плюс 13,4 т.п.н. равно 21 т.п.н. [c.384]

В. Одноцепочечные интервалы в повторах ССССАА по большей части представляют собой пропуск одного нуклеотида. Поскольку при денатурации высвобождаются одноцепочечные фрагменты (наблюдение 4), то должны быть разрывы в фосфодиэфирном скелете. Вероятно, эти разрывы содержат З -ОН, поскольку они служат сайтами для синтеза ДНК (наблюдения 1, 3 и 7), однако они не могут быть простыми разрывами 5 -Р04 с З -ОН, так как обработка мини-хромосомы лигазой не приводит к снижению включения нуклеотидов ДНК-полимеразой (наблюдение 2). Природу этих одноцепочечных разрывов можно выявить, если произвести замещение свободных 5 -фосфатов мечеными фосфатами и затем разрушить все связи с пуриновыми нуклеотидами, что приведет к образованию преимущественно фрагмента ССС (наблюдение 5). Этот результат указывает на то, что большинство разрывов представляют собой пропуски одного нуклеотида, а именно первого С(5 -С)-повтора. (Если бы был пропущен З -С в последовательности —ССС—АА—, то метка по 5 -фосфату присоединялась бы к А, а фрагмент ССС оказался бы немеченым.) Длина разрыва скорее всего не больше размера одного нуклеотида, так как ДНК-полимераза может включать меченый С в отсутствие других нуклеотидов (наблюдение 1). (Если бы разрыв соответствовал, например, двум нуклеотидам, то первым нуклеотидом, встроенным ДНК-полимеразой, был бы А.) [c.386]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология