Динуклеозидфосфаты, спектры

Выше (см. стр. 240) уже отмечалось, что изомерные динуклеозидфосфаты различаются по дисперсии оптического вращения и круговому дихроизму. Спектры ЯМР дают основания полагать что в ApU остаток урацила перекрывается с шестичленным циклом остатка аденина, тогда как в UpA такое перекрывание происходит с пятичленным циклом остатка аденина. Этот вывод согласуется с данными по титрованию указанных изомеров кислотами и щелочами 8. Определенные в этом случае константы ассоциации для UpA и ApU оказались равными соответственно 0,05 и [c.244]

Взаимодействие следующих оснований (т. е. оснований, разделенных ближайшим соседом каждого) не вносит существенного вклада. Зная спектры КД всех пар ближайших соседних оснований (т. е. спектры динуклеозидфосфатов) и частоту ближайших соседей, можно путем простого суммирования рассчитать спектр КД одноцепочечного полинуклеотида. Если бы можно было с помощью вычислительной техники из спектра КД определить частоту ближайших соседей, это представляло бы огромную практическую ценность при определении последовательности оснований. Точность анализа методом КД не превышает обычные ферментативные методы, ио для получения спектра КД требуется несколько часов, а для выполнения ферментативного анализа — около недели при наличии очищенных ферментов. Для двухцепочечных полинуклеотидов разработка теории еще не завершена, хотя прогресс идет быстрыми темпами. Для двухцепочечных ДНК в обычно рассматриваемой области длин волн спектры КД, по-видимому, не зависят от состава оснований, хотя по недавно полученным данным в далеком (вакуумном) ультрафиолете такая зависимость возможна. [c.474]

Второе слабое место, которое видят Дэвис и Тиноко в этой модели, это ее чрезмерная простота. Рассматривая такую систему, как двухтяжевая ДНК, еще можно допустить модель двух состояний. Действительно, переход порядок — беспорядок в двухтяжевой ДНК осуществляется резко кооперативно по принципу все или ничего . Однако в случае динуклеозидфосфатов имеется область стопкообразной конформации, которая вместе с беспорядочной конформацией образует непрерывный спектр. Нет основания предполагать резкого различия на молекулярном уровне между этими двумя областями (между тем это есть основное допущение статистической модели). [c.198]

Эти данные могут свидетельствовать либо об отсутствии взаимодействия между основаниями в динуклеозидфосфатах, либо о специфическом взаимном расположении их моментов перехода. Однако спектры ЯМР аденилил-(2 5 )-цитидина 3 свидетельствуют о значительном перекрывании плоскостей оснований, даже более выраженном, чем в случае цитидилил-(3 - -5 )-аденозина. Можно поэтому полагать, что отсутствие эффекта взаимодействия в спектрах [c.244]

Влияние последовательности оснований на оптические свойства наглядно проявляется в спектрах ДОВ всех 16 ди-нуклеозидфосфатов (Warshaw, Tino o, 1965, 1966), приведенных на рис. 9.4. Нетрудно заметить, что спектр ДОВ каждого из динуклеозидфосфатов отличается от суммарного спектра соответствующих мономеров. Более того, легко можно различить изомеры последовательности, такие, как AU и UA, АС и СА, AG и GA, G и G, GU и UG, U и и С. Предполагается, что это связано с затрудненным вращением оснований в димере вследствие их взаимодействия между собой. Эта тенденция соседних оснований ориентироваться более или менее определенным образом, называемая стекингом, оказывается различной для каждого из четырех оснований, обычно содержащихся в нуклеиновых кислотах. Стекинг соседних оснований зависит от ряда факторов, в частности от температуры, р Н и ионной силы. Разумным подбором этих условий можно увеличить влияние расположения оснований на оптические свойства. [c.211]

Аналогичные исследования иа олигонуклеотидах были выполнены для комплексов с этидием. Следить за образованием комплексов в этом случае можно по изменению флуоресценции и поглощения, а также спектров ЯМР. Результаты исследований методом ЯМР подтверждают, что и в растворе сахара принимают конформации С-3 -эндо (3 -> 5 ) С-2 -эндо, характерные для больщинства кристаллических комплексов с интеркаляцией лигандов. Полученные для растворов данные были неожиданными в одном отнощенин оказалось, что комплексы с UpA UpA, pG pG и UpG СрА значительно стабильнее, чем комплексы с соответствующими изомерами, имеющими обратные последовательности. Тот факт, что в смеси некомплементариых динуклеозидфосфатов практически отсутствуют комплексы с этидием, указывает на необходимость образования в комплексах двойной спирали. Было показано, что этидий предпочтительно связывается с двухцепочечными последовательностями пиримидин(3 -> 5 )пурин. Эта специфичность, однако, не является абсолютной, и полученные данные носят качественный характер Крайне важно тем не менее, что даже такая простая молекула, как этидий, способна узна вать некоторые специфические последовательности нуклеиновых кислот. Не удивитель но, что белки, взаимодействующие с ДНК, обладают несравненно более высокой специ фичностью, связываясь лишь со строго определенными последовательностями ДНК и РНК. Следует отметить, однако, что физическая природа специфичности взаимодействия этидия с нуклеиновыми кислотами еще не вполне ясна. [c.379]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология