Модификация остатков в центре связывания субстратов

Для избирательной модификации аминокислот активного центра можно использовать высокое сродство фермента к субстрату. Для этой цели были специально проведены исследования бифункциональных реагентов типа А—О—К. Группа сродства А избирательно сорбируется на участке связывания, или регуляторном участке У, молекулы фермента —Р—X— —, а реакционноспособная группировка К модифицирует остаток X [c.369]

Первым актом ферментативного катализа является связывание субстрата с остатком аминокислоты в каталитическом участке с образованием фермент-субстратного комплекса. Следовательно, боковая цепь этой аминокислоты обладает повышенной реакционной способностью в отношении образования такого комплекса. Так, в эстеразах, фосфорилазах и некоторых протеолитических ферментах избирательно ацилируется или фосфорилируется определенный остаток серина. Такая повышенная рег.кционная способность остатка серина может использоваться для его модификации. Однако комплекс с истинным субстратом неустойчив, он быстро распадается с образованием конечного продукта и свободного фермента. Идентификация аминокислотного остатка активного центра возможна лишь в том случае, если комплекс устойчив при последующем анализе. Для этих целей предпочтительно использовать плохие субстраты, или псевдосубстраты, образующие непродуктивный комплекс, который будет распадаться до конечного продукта с низкой скоростью. [c.367]

Таким образом, в области активного центра нативной пероксидазы имеется протяженная субстратсвязывающая площадка, представленная несколькими участками индивидуального связывания субстратов, что создает условие для одновременного связывания ингибитора и субстрата. Причем, связывание одного из них затрудняет последующее связывание другого. В то же время в комплексе фермент-ингибитор-субстрат процесс превращения субстрата несколько ускоряется (р > 1). В модифицированной пероксидазе, в области субстрат-связывающей площадки (участке связывания о-дианизидина), по-видимому, находится по крайней мере один остаток карбодиимида в результате чего возникают стерические затруднения для одновременной посадки ингибитора и субстрата. Однако их индивидуальное связывание модифицированной пероксидазой несколько улучшается. Полученные данные показывают, что по крайней мере одна из модифицируемых СООН-группа лероксидазы располагается в области активного центра фермента в участке связывания о-дианизидина. Модификация этой группы оказывает влияние на процесс связывания о-дианизидина. Причем, только используя ингибитор (амид П1), удалось уточнить локализацию данной СООН-группы в активном центре пероксидазы, т.к. характер связывания ингибитора с нативной и модифицированной СМЕ-карбодиимидом пероксидазой резко различались. [c.130]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология