Нуклеосомы фазирование

Предположим, что определенная последовательность ДНК организована в нуклеосомы только одной конфигурации так, что каждый участок в ДНК локализован в нуклеосоме всегда в одном и том же положении. Это называют фазированием нуклеосом. В серии фазированных нуклеосом линкерные области ДНК заключают в себе уникальные сайты. [c.376]

При анализе реальных последовательностей интерпретация результатов оказывается несколько сложнее. В случае больших геномов невозможно достаточно точно идентифицировать один уникальный фрагмент. А нам нужно узнать, фазирована ли нуклеосома не только в одной короткой последовательности, а на протяжении некоторого важного участка. Так, при попытках исследовать фазирование нуклеосом часто используют тандемно повторяющиеся последовательности. При этом подходе нужный фрагмент эффективно амплифицируется. В таком случае изучение отдельного фрагмента позволяет устано- [c.377]

Фазирование нуклеосом может осуществляться одним из двух способов. Один из них заключается в том, что каждая нуклеосома располагается специфически на определенной последовательности ДНК. Это несколько противоречит представлению о том, что нуклеосомная субъединица может образоваться в результате соединения любой последовательности ДНК с гистоновым октамером. Второй возможный способ связан с существованием некой специфической последовательности, которая предпочтительно участвует в образовании первой нуклеосомы на данном участке, а затем начинается последующее образование нуклеосом с определенным размером нуклеосомного повтора. (Если в конструкции нуклеосом существует некоторое разнообразие-например, если длина линкерного участка может варьировать, скажем, на 10 п. н.,-место специфической локализации будет постоянно смещаться по мере удаления от первой фиксированной нуклеосомы.) Стартовую точку образования нуклеосом можно определить путем связывания негистоновых белков со специфическим сайтом ДНК. [c.378]

Несмотря на то что фазирование возле фиксированных сайтов может быть обусловлено пограничным эффектом, могут также существовать фазированные ряды нуклеосом. В качестве примера назовем а-сателлитный хроматин африканской зеленой мартышки. Эта ДНК состоит из тандемно повторяющейся последовательности в 172 п.н. Длина повтора в нуклеосомах такая же, так что одна нуклеосома приходится на один сателлитный повтор. [c.378]

Значение фазирования нуклеосом, даже если считать его доказанным в некоторых случаях, неясно. Одна из возможных причин кажущегося фазирования заключается в том, что существуют области, в которых нет нуклеосом. Такие области могут быть связаны с контролем экспрессии генов или же с образованием структур более высокого уровня организации хроматина. Вполне возможно, что область, лишенная нуклеосом, служит барьером, ограничивающим возможность образования следующей нуклеосомы в определенных положениях. В этом случае статистическое распределение нуклеосом будет таким же, как при фазировании, хотя отдельные места их расположения не обязательно должны быть фиксированы в каждой индивидуальной копии генома. [c.378]

Если расположение нуклеосом на ДНК происходит случайным образом, то все сайты, чувствительные к нуклеазе микрококков, рано или поздно окажутся в линкерной области, став доступными для действия фермента. Картина расположения полос при расщеплении хроматина и ДНК будет одинаковой. Но, если нуклеосомы лежат в упорядоченных местах (фазированы), некоторые сайты, чувствительные к нуклеазе микрококков, будут вне пределов досягаемости, так как окажутся в пределах минимальной нуклеосомы. Тогда отдельные полосы, обнаруживаемые при электрофорезе расщепленной ДНК, будут отсутствовать в электрофореграммах расщепленного хроматина. Если же при образовании нуклеосом возникают новые чувствительные сайты, то в электрофореграммах расщепленного хроматина можно будет обнаружить новые полосы. Таким образом, различие в расположении полос при расщеплении контрольной ДНК и хроматина доказывает существование фазирования нуклеосом. Такие эксперименты действительно были выполнены. [c.379]

Фазирование нуклеосом [102—107]. Важен и широко дискутируется вопрос о том, локализованы ли нуклеосомы в определенных местах ДНК или они распределяются слу- [c.94]

Распространяется ли фазирование нуклеосом от центромерной последовательности, или же это свойство самих фазированных последовательностей В плазмиде, содержащей эти последовательности, но не имеющей центромерной области, фазирование сохраняется. Из этого следует, что естественная центромерная область характеризуется двумя особенностями. Консервативная последовательность образует некую безпуклеосомную структуру. А фланкирующим последовательностям присуща способность фазировать свои нуклеосомы. [c.392]

При репликации происходит очевидное нарушение структуры хроматина, так как нуклеосомы должны временно отсутствовать по крайней мере в одной из дуплицированных хромосом. При этом другие белки могут связываться с регуляторным сайтом и препятствовать образованию нуклеосом. Безнуклеосомный участок может быть узнан по сверхчувствительному сайту и может служить границей, с которой начинается фазирование нуклеосом. [c.393]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология