Сайты сверхчувствительные к ДНКазе

Рис. 30.16. С помощью метода непрямого концевого мечения определяют расстояние от сайта сверхчувствительности к ДНКазе до сайта рестрикционного расщепления.

Сайты, сверхчувствительные к ДНКазе, расположены перед активными промоторами [c.388]

Различные активности молчащих и активных кассет могут зависеть от структуры хроматина. Использование зондов, представляющих области, прилегающие к каждой из кассет, позволяет определить структуру хроматина с помощью метода концевого мечения. Все кассеты содержат сайты, сверхчувствительные к ДНКазе I, однако существуют значительные различия по этому признаку между молчащими и активными кассетами. Локализация чувствительных сайтов показана на рис. 37.19. [c.487]

Рис. 37.19. Большинство сайтов, сверхчувствительных к ДНКазе I, которые обнаружены в локусе МАТ, не присутствуют в HML или HMR однако в мутантах sir они активируются. Некоторые постоянные сверхчувствительные сайты найдены в областях, фланкирующих HML и HMR.

Наличие сверхчувствительных сайтов может отражать более общее явление. Возможно, что особые (пока еще неизвестные) белки модифицируют короткие участки ДНК так, что нуклеосомы не образуются. Структуры, сформированные в каждом отдельном случае, не обязательно должны быть похожи между собой (за исключением того, что каждая, по определению, образует сайт сверхчувствительности к ДНКазе I). Мы видели, что сайты, характеризующиеся сверхчувствительностью, предшествуют транскрибируемым генам в пуклеазочувст-вительпом пробеле вирусов SV40 и полиомы и в дрожжевой центромере. Такие сайты могут быть связаны с транспозицией генов типа спаривания у дрожжей (гл. 37). [c.392]

Граница области У—Z представляет собой сайт изменения ДНК, которое может быть связано с транспозицией. В клетках, подвергающихся переключению, 1-3% ДНК лохуса МАТ содержат двухцепочечный разрез именно в этом сайте. Разрез находится в пределах 10 пар оснований пограничной области и совпадает с сайтом сверхчувствительности к ДНКазе. [c.488]

Первое доказательство биологической значимости сайтов, сверхчувствительных к нуклеазе, было получено в экспериментах с вирусом 8У40. Его хромосома помимо кольцевой ДНК содержит гистоны, продуцируемые клеткой-хозяин ом. В составе этой хромосомы имеется участок длиной 300 нуклеотидных пар, который свободен от нуклеосом и быстро разрушается под воздействием ДНКазы . Этот участок расположен очень близко от последовательностей ДНК, с которых начинается как репликация ДНК вируса, так и синтез его РНК. Здесь же локализуются и несколько сайт-специфических ДНК-связывающих белков, которые защищают лишь небольшой участок этой молекулы, по-видимому, совершенно лишенный нуклеосом, от нуклеазной деградации. Аналогичным образом, многие участки хроматина в клетке, обладающие гиперчувствительностью к ДНКазе, расположены в регуляторных областях генов (рис. 9-25) в клетках, где эти гены активны, таких сайтов больше, нежели в других клетках. Полагают, что за удаление нуклеосом ответственны сайт-специфические ДНК-связывающие белки, которые принимают участие в регуляции эукариотических генов (см. рис. 9-27). [c.113]

Первый эффект, наблюдаемый при расщеплении хроматина очень низкой концентрацией ДНКазы,-это индукция разрывов в двухцепочечной ДНК в специфических сайтах. В случае целого генома, например у D. melanogaster, в результате воздействия образуется серия специфических фрагментов, варьирующих в размере от 2 до 20 т.п.н. Эти фрагменты соответствуют участкам ДНК, расположенным между сверхчувствительными сайтами. Такие фрагменты не образуются при расщеплении свободной ДНК они возникают (тканеспецифично) при расщеплении хроматиновой структуры. [c.388]

Присутствие сверхчувствительного сайта хотя и необходимо, но недостаточно для того, чтобы обеспечить транскрипцию. В естественных условиях трудно установить, через какое время после появления сверхчувствительных сайтов начинается транскрипция, поскольку нелегко получить клетки, находящиеся на одной и той же стадии развития. Однако это можно выполнить на определенных клетках эритроидного ряда курицы, имморта-лизованных в культуре с помощью РНК-содержащего опухолеродного вируса. Различные клеточные линии представляют разные стадии эритропоеза. В одной из таких линий уже имеются сверхчувствительные к ДНКазе сайты, но еще не начата транскрипция глобинового гена. Эта линия, возможно, захвачена на стадии между активацией сверхчувствительного сайта и началом генной экспрессии. Все указания, однако, свидетельствуют о том, что сверхчувствительный 5 -сайт (или сайты) появляется перед тем, как начинается транскрипция, и, очень возможно, служит предпосылкой инициации. [c.389]

Подобные структурные изменения хроматина могут происходить у дрожжей в области центромеры. В данном случае кажется вероятным, что вместо видимого кинетохора сама нить хроматина вьшолняет функцию центромеры. Строение центромерной области было исследовано методом непрямого концевого мечения с использованием коротких фрагментов ДНК в качестве зОпдов. С помощью зондов были идентифицированы два сверхчувствительных к ДНКазе I сайта, локализованные с обеих сторон от областей I и III. Это короткие консервативные последовательности центромерной ДНК, приведенные на рис. 28.11. Область размером 220-250 п.н. между двумя сверхчувствительными сайтами защищена от нуклеазного расщепления. [c.392]

Рассмотрим предполагаемую серию событий, происходящих при переключении. Для этой цели может быть пригодным сверхчувствительный сайт на границе Y—Z1 области МЛ Т-локуса, так как он отсутствует в нуклеосоме. Его узнает эндонуклеаза, контролируемая локусом НО. Возможно, сверхчувствительность к ДНКазе I in vitro отражает природную чувствительность к эндонуклеазе НО in vivo [c.489]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология