Окрашивание ДНК бромидом этидия

Гель погружают в разбавленный (наиболее подходящая концентрация 0,5 мкг/мл) раствор бромида этидия в воде или электродном буфере на 1 -н 2 ч и следят за окрашиванием в УФ-свете [JMB 98, 583 (1971)]. При определении небольших количеств ДНК может оказаться полезным кратковременное промывание водой. [c.377]

Зоны нуклеиновых кислот можно обнаружить в геле различными способами. Радиоактивность обычно измеряют путем разрезания геля, солюбилизации в 0,5 М ЫаОН или Н2О2 и использования сцинтилляционного счетчика. Если вещество имеет высокую молекулярную массу, то разрезание геля затруднено, поскольку в таких случаях используют очень мягкий гель для достижения большого размера пор. Двухцепочечную ДНК легче обнаружить при окрашивании флуоресцентным красителем бромидом этидия (рис. 9-11), который имеет повышенный квантовый выход (гл. 15) при связывании с нативной ДНК. Краситель 51а1п8-А11 обладает интересным свойством давать различные окраски с ДНК, РНК и белками. [c.234]

Окрашивание ДНК бромидом этидия [c.377]

Определить количество копий плазмиды в клетках трансформированного штамма можно разными методами, но все эти. методы предполагают выделение суммарной дрожжевой ДНК с последуюш,им определением соотношения плазмидной и геномной ДНК. Относительно простой способ оценить число копий высококопийной плазмиды — сравнение интенсивности окрашивания бромидом этидия рестрикционных фрагментов, соответствующих плазмидной ДНК и ДНК рибосомных повторов в суммарной геномной ДНК. Если суммарную ДНК из трансформированных дрожжей обработать рестриктазой, расщепляющей плазмиду и выщепляющей рибосомный повтор, соответствующие рестрикционные фрагменты можно визуализировать, окрашивая бромидом этидкя агарозный гель после электрофореза. В УФ-свете эти полосы отчетливо высвечиваются над фоновым свечением всех остальных окрашенных бромидом этидия гетерогенных по длине рестрикционных фрагментов. В ДНК гаплоидной дрожжевой клетки содержится приблизительно 140 копий рибосомных последовательностей, содержание же плазмидной ДНК может быть оценено количественно при помощи денситометриче-ск го сканирования фотонегативов, полученных при съемке геля. Интенсивность окрашивания нормализуют относительно длины [c.232]

Прием, описанный в табл. 4, предназначен для синхронизации репликативных вилок, которая достигается инкубацией клеток в хлорамфениколе в течение 1 ч непосредственно перед сбором. Обработка хлорамфениколом позволяет закончиться уже начатым репликативным процессам, но предотвращает запуск новых. Препараты ДНК можно получить и из несинхронизиро-ванных культур. Однако необходимо помнить, что области хромосом около точек конца репликации могут быть недопредстав-лены в некоторых препаратах [15]. Иногда это не имеет значения, но не всегда. Так, например, интенсивность окрашивания бромидом этидия зависит от молекулярного веса. Таким образом, хромосомную ДНК из области терминации репликации будет непросто выявить с помощью этого соединения. [c.69]

Качество и количество продуктов реакции легко оценить, проанализировав 5 мкл реакционной смеси в 4%-ном Nu Sieve-агарозном геле (FM ) с окрашиванием бромидом этидия. Фотография такого геля представлена на рис. 2, он содержит продукты ручной амплификации фрагмента -глобинового гена в диапазоне длин от ПО п.н. до 1829 п.н. [c.183]

Метиленовый синий в концентрациях >0,1% так сильно окрашивает агарозу, что гель приходится отмывать в течение нескольких суток. Имеются сообщения, что в случае окрашивания толуидиновым синим, метиленовым синим и некоторыми другими красителями, но не бромидом этидия (см.), наблюдается разрушение РНК в результате протекающей под действием света катализируемой красителем реакции [Anal. Bio hem. 65, 331 (1975)]. [c.377]

Бромид этидия. Гель окрашивают в 0,01%-ном растворе бромида этидия в 0,02 М ацетате натрия (pH 7,8). Полосы РНК видны в УФ-свете без отмывания от избытка красителя [Anal. Bio hem. 65, 331 (1975)] используется также для окрашивания ДНК. [c.377]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология