Растворитель энергетические карты

Эмпирические статистические веса можно получить из наблюдаемых частот встречаемости. В принципе эти склонности можно рассчитать для каждого типа остатка по энергетическим картам, подобным приведенной на рис. 2.5. Однако эти карты следует расширить с тем, чтобы учесть зависимость от конформации х боковой цепи. Кроме того, для получения разумных результатов нужно принять во внимание растворитель, что, однако, сделать достаточно сложно. С другой стороны, близкие значения с этими вероятностями 2 , 2 , 2 можно получить путем приравнивания их частотам встречаемости состояний ак, аь, е рассматриваемого типа остатка в глобулярных белках известной структуры. Эта процедура принята в большинстве методов предсказания. [c.294]

Энергетические карты растворителя вблизи молекул белка [c.203]

Рис. 11.1. Энергетическая карта растворителя около молекулы белка.

А. Принцип моделирования. Предыдущее описание взаимо действий белок — растворитель с помощью энергетической карты пространства растворителя вблизи молекулы белка является лишь первым, грубым приближением к полному решению проблемы. Так как форма и главные особенности пространства растворителя вблизи поверхности белка на этих картах ясно обозначены, то легко видеть, что включение в вычисления сильных и строго направленных взаимодействий между молекулами воды приведет к тому, что пространство, занятое растворителем,, будет охарактеризовано различным образом, особенно в отношении структуры гидратных оболочек за его пределами. Вследствие того что большая часть растворителя находится в разупо-рядоченном состоянии, необходимо статистическое описание, а именно следует рассмотреть большое число различных конфигураций системы белка и растворителя, каждая из которых дает свой вклад в усредненные свойства системы пропорционально значению больцмановского фактора. [c.208]

Начальное положение молекул воды определялось следующим образом. Используя энергетическую карту (рис. 11.1) как отправную точку, набор из 140 молекул воды вводили по закону случая в пространство растворителя асимметрической элементарной ячейки. На этом этапе молекулы рассматривали как неперекрывающиеся жесткие сферы радиусом 1 А, а атомам водорода воды приписывали случайные начальные положения, согласующиеся с фиксированной геометрией воды. Другие 1000 воображаемых молекул воды вводили в пространство растворителя сходным образом, но так, чтобы молекулы воды не перекрывались друг с другом. [c.211]

Влияние воды на конформационную энергию пептидов существенно не изменяет положения энергетических минимумов на конформационной карте. Вода может оказывать сильное влияние на стабильность отдельных конформационных участков и тем самым на внутримолекулярную подвижность белка. Известно, что при увеличении степени гидратации высушенных препаратов ферментов увеличение их активности происходит резко в узком диапазоне увеличения числа молекул воды (10 - 20) на одну молекулу белка. В этой области происходит расторма-живание определенных внутримолекулярных степеней свободы, нужных для обеспечения ферментативной активности. Можно рассматривать систему белок - вода как единую кооперативную систему, где изменения в состоянии как растворителя, так и белка носят взаимосвязанный характер. [c.96]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология