Аланиновая тРНК

В 1968 г. Р. Холли был удостоен Нобелевской премии за установление структуры аланиновой тРНК дрожжей. Поскольку молекулы тРНК отличаются сравнительно небольшими размерами, многие лаборатории заняты выяснением полной структуры различных транспортных рибонуклеиновых кислот. [c.494]

Экзонуклеазы отщепляют нуклеотиды с концов полинуклеотидных цепочек, в то время как эндонуклеазы делают разрывы внутри цепи. Одни из них гидролизуют лишь одноцепочечные молекулы, другие— двухцепочечные. Некоторые нуклеазы разрывают обе цепи ДНК, тогда как другие надрезают молекулу, внося разрыв лишь в одну из цепей. Специфичность ряда нуклеаз отражена в табл. 2-11. Частичный ферментативный гидролиз РНК дает расщепление молекулы на короткие нуклеотидные последовательности, позволяющие далее определить полную последовательность РНК. (Первой РНК, для которой установлена последовательность, была аланиновая тРНК. Расщепление проводили с помощью панкреатической рибонуклеазы и рибонуклеазы Т1 [133]. Очень полезным методом получения нуклеотидных карт оказался двумерный электрофорез в полиакриламидном геле [134]. [c.168]

В 1965 г. Р. Холли с сотр. сообщили о нуклеотидной последовательности первой молекулы тРНК. Это была аланиновая тРНК дрожжей (рис. 12). С тех пор были расшифрованы многие десятки последовательностей различных тРНК из разнообразных источников. Все они имеют ряд общих черт. [c.29]

Ключевым катализатором в данном случае является фермент ДНК-лигаза. Его функции заключаются в репарации повреждений одной цепи двуспиральной ДНК, которые находятся между 5 -фосфатом одного остатка и З -гидроксильной группой его соседа (акцептора). Некоторым лигазам необходим в качестве кофактора АТР другие используют для этой цели различные коферменты. Для того, чтобы расположить 5 -фосфат сегмента донора в непосредственной близости с сегментом акцептора, их отжигают с третьим сегментом, матрицей (splint), который имеет подходящую последовательность оснований, комплиментарную фрагментам донора и акцептора в обратной полярности схемы (3), (4) . На практике должны быть завязаны как минимум по четыре водородные связи между парами оснований каждого сегмента. Для устранения неоднозначности в направлениях комплиментации могут быть сделаны два или три таких связывания одновременно, как это показано для образования отрезка дуплекса (4). Этот нуклеотидный блок фактически соответствует остаткам с 30 по 60 Молекулы аланиновой тРНК установленной Холли последовательности (см. разд. 22.1.3.3), [c.179]

В выяснении первичной структуры РНК решающую роль сыграли методы ступенчатого гидролиза, осуществленного в основном экзонуклеа-зами и заключающегося в последовательном отщеплении по одному мононуклеотиду с одного конца молекулы нуклеиновой кислоты. Ниже представлена первичная структура первой РНК, имеющей 77 нуклеотидов, для которой была расшифрована нуклеотидная последовательность в 1965 г. Р. Холли и сотр., а именно аланиновой тРНК [c.106]

Впервые последовательность нуклеиновой кислоты аланиновой тРНК нз дрожжей была расшифрована в 1965 г. Р. Холли. Для установления структуры использовалась методология, аналогичная разработанной Ф. Сенгером для определения аминокислотной последовательности белков. Усовершенствование этого подхода привело н 1975 г. к расшифровке последовательности целого генома — РНК фага MS-2. В настоящее время известны структуры многих тРНК, 5S и 5.8S рибосомных РНК, а также структуры больших рРНК (16S, 23S, I8S и 28S) нз ряда организмов. [c.308]

Рнс. Л1.1. Структура дрожжевой аланиновой тРНК, полученной химико-ферментативным синтезом. [c.368]

Общая площадь сигналов в области от —2 т до —5t в спектре дрожжевой аланиновой тРНК соответствует 21 3 протонам, что удовлетворительно совпадает с числом NH-протонов, связанных в пары по Уотсону — Крику, в этой структуре (рис. 15.13,6). В этой области можно различить по меньшей мере 8 пиков. Сигналы в области от От до —2т могут принадлежать NHa-npoTonaM и не рассматриваются нами. До сих пор невозможно провести детальное отнесение, в частности, из-за большой чувствительности этих сигналов к малым изменениям структуры (см. разд. 15.6.1). [c.432]

Г. X. Корана синтезировал ген аланиновой тРНК с промотором и терминатором, которые придали гену биологическую активность, и включил его в ДНК вируса, размножающегося на кишечной палочке. Последняя в результате такой операции стала синтезировать тРНК, закодированную в гене. [c.699]

Для тринуклеотидов строение однозначно вытекает из определения концевых нуклеотидных остатков (см. стр. 44). Строение полинуклеотидов большей длины может быть в некоторых случаях установлено однозначно перекрестным расщеплением эндонуклеазой другой специфичности, как это показано ниже для одного из тетрануклеотидов, выделенного при расщеплении аланиновой тРНК пиримидил-РНК-азой [c.73]

Схема 1. Установление первичной структуры аланиновой тРНК из дрожжей А1. .. А9 — Продукты частичного гидролиза гуанил-РНК-азой Б1. .. Б12—продукты полного гидролиза гуанил-РНК-азой В1. .. В9 —продукты полного гидролиза пиримидил-РНК-азой Г1 —продукт частичного гидролиза продуктов А гуанил-РНК-азой. Помимо стандартных сокращений Гсм. стр. 20 приняты сле-Ме Мб2 [c.75]

В продуктах гидролиза 5 -фрагмента (б) аланиновой тРНК под действием пиримидил-РНК-азы обнаружен уникальный динуклеотид IpGp (В8) это однозначно показывает структуру З -концевого участка изучаемого фрагмента. Близость редкого компонента к концу цепи изучаемого фрагмента позволяет однозначно решить, что два динуклеотида pGp (фрагменты Б7 и Б8) должны находиться на участке последовательности 11—14 поскольку структуры обоих динуклеотидов одинаковы, последовательность всего фрагмента (1—36) устанавливается однозначно. [c.77]

Итак, совокупность различных методов приводит к выводу о значительной -степени спирализации тРНК. Априорно можно предполагать достаточно много способов такой организации молекулы РНК, чтобы в ней были двухспиральные участки 2 . На рис. 4.23 приведено несколько возможных способов укладки молекулы аланиновой тРНК из дрожжей (обсуждение — см. стр. 291). [c.289]

Рис. 4.23. Возможные схемы вторичной структуры аланиновой тРНК из дрожжей

Методом дифференциальной спектрофотометрии при термической денатурации аланиновой тРНК из дрожжей недавно обнаружено существование не менее трех фазовых переходов Неясно, однако, связаны ли они с третичной структурой или с независимым плавлением отдельных спиральных участков клеверного листа . [c.295]

Была сделана попытка построить стереохимиче-ские модели различных третичных структур аланиновой тРНК (из дрожжей) на базе известной нуклеотидной последовательности и предложенной Холли вторичной структуры молекулы типа клеверный лист , затем рассчитать для каждой полученной модели интенсивности малоуглового рассеяния рентгеновских лучей и сопоставить эти значения с экспериментальными величинами Лучшее совпадение было получено для модели, схематически изображенной на рис. 4,25 (хотя при углах выше 60 мрад наблюдаются заметные расхождения). Такая конформация, по-видимому, согласуется с имеющимися данными. Действительно, петля с антикодоном находится в менее экранированном состоянии, чем две другие петли, что должно обеспечивать большую реакционную способность этого участка. Изложенное, конечно, не исключает возможности существования и других 33 моделей . [c.298]

Рис. 4.25. Предлагаемая схема третичной структуры аланиновой тРНК из дрожжей (вто ричная струк тура соогветст вует модели ти па клеверный лист , обозна чение петель с т рис. 4.23,6)2 "

Реакция с Ы-бромсукцинимидом в определенной степени специфична по отношению к вторичной структуре нуклеиновых кислот. Так, при бромировании этим реагентом аланиновой тРНК из дрожжей наиболее реакционноспособными оказываются основания в составе петлевых участков этой молекулы (см. стр. 291). Бромирование нуклеотидов в составе ДНК , по-видимому, приводит в итоге к тем же продуктам, которые получаются в случае мономерных производных. [c.332]

Другой подход к использованию модификации азотистой кислотой для исследования макроструктуры полинуклеотидов состоит в частичном дезаминировании полинуклеотида в мягких условиях и идентификации участков полинуклеотидной цепи, подвергшихся реакции. Этот подход был успешно применен, например, к аланиновой тРНК из дрожжей . [c.421]

Рис. 22. Структура аланиновой тРНК (одна из трех вероятных структур) на отдельных участках произошло спаривание оснований. Узнающая группа (антикодон) обведена красной рамкой.

Очистка больших количеств аланиновой тРНК стала возможной благодаря тому, что был разработан метод обработки больших количеств пекарских дрожжей ( НоПеу, 1963). Операция начинается с экстракции 45 кг дрожжей фенолом в большом пластмассовом чане и за один раз дает, как правило, 65 г смеси тРНК. [c.29]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология