Пиперидин, для секвенирования ДНК

Химический сиквенс основан на избирательной химической деградации нуклеотидов. Он был предложен в 1977 г. А.М. Максамом и В. Гилбертом и назван их именем. Для секвенирования этим методом необходимо получить одноцепочечную молекулу ДНК, один из концов которой метят с помощью изотопа фосфора препарат меченой ДНК делят на четыре порции и каждую обрабатывают реагентом, специфически разрушающим одно или два из четырех оснований. Так, например, добавление 60 %-ной муравьиной кислоты разрушает пуриновые основания (А + Г), прибавление диметилсульфата — только гуанидиновые основания чистый гидразин разрушает пиримидиновые основания (Т + Ц), а в присутствии 1,5 М Na l избирательно разрушаются только цитозиновые основания. Очень важно подобрать условия реакции таким образом, чтобы на каждую молекулу ДНК приходилось лишь несколько повреждений. При обработке поврежденных молекул пиперидином в ДНК образуется разрыв в том месте, где находилось разрушенное основание. [c.30]

N-ацилирование проводят в присутствии большого избытка уксусного или муравьиного ангидрида. Для последующего секвенирования пептидных фрагментов необходимо провести гидролиз ацильных групп. Формильную защиту снимают кратковременной обработкой НС1 в метаноле при комнатной температуре, более устойчивые ацетильные группы отщепляют 0,01 М КОН. Из других методов расщепления 0-пептидных связей следует упомянуть реакцию с гидроксиламином или гидразином с образованием гидроксамовых кислот или гидра-зидов N-концевых партнеров гидроксиаминокислот (серина и треонина) для этих целей применяли также 1М пиперидин [64]. Относительно определения ацетильных и формильных групп см. разд. 8.13. [c.94]

Терминальная трансфераза осуществляет нематричный синтез по-линуклеотидной цели ДНК и способна включать произвольное количество нуклеотидов на 3 -конце. Однако в связи с тем, что для секвенирования ДНК требуется наличие фрагментов с гомогенными мечеными концами, необходим этап щелочного гидролиза, обычно осуществляемого пиперидином, с целью удаления достроенных нуклеотидов, кроме первого, и остатка фосфорной кислоты от второго. Таким образом, фрагмент ДНК, меченый подобным образом, будет нести в своем 3 -конце один дополнительный нуклеотид и два меченых остатка фосфорной кислоты. Более простой путь, исключающий этап гидролиза, для получения фрагментов ДНК с гомогенными мечеными 3 -концами с помощью терминальной трансферы достигается при использовании в качестве меченого предшественника или дидезоксинуклеотид трифосфа- [c.23]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология