Фенотипическая классификация

Хронологически первыми были попытки использовать накопленные сведения о фенотипических признаках бактерий для построения традиционной системы в виде некоего генеалогического древа . В основу создания системы был положен и традиционный принцип. Все используемые признаки мысленно распределяли по степени их значимости, результатом чего являлось субъективное (основанное только на опыте и интуиции исследователя) создание иерархической системы признаков. Затем в зависимости от важности признаков объекты разбивали на таксономические группы. От того, в какой последовательности при классификации учитываются признаки, зависит путь, по которому осуществляют разделение микроорганизмов и в конечном счете полученные таксономические группы. Легко видеть, что структура иерархической системы определяется порядком, в котором располагаются признаки, а последний выбирается произвольно. [c.156]

Очевидно, недостаточно полная информация, которую дает даже комплекс всех доступных исследователю фенотипических свойств, приводит к необходимости подкреплять характеристику по физиологическим и другим свойствам бактерий данными о структуре их ДНК. Поскольку ДНК представляет собой наследственный материал клетки, можно полагать, что подобный подход наиболее надежно способствует приближению к естественной классификации бактерий. Однако изучение нуклеотидного состава ДНК явилось лишь самым начальным этапом в упорядочении систематики бактерий на основе строения генома. Для ее дальнейшего усовершенствования необходимо более глубокое изучение строения ДНК и в частности нуклеотидной последовательности. О сходстве нуклеотидных последовательностей ДНК дает возможность судить метод молекулярной гибридизации ДНК, уже нашедший достаточно широкое применение в современных исследованиях. [c.79]

Существует также более формальная нумерическая таксономия, где все признаки альтернативны и имеют одинаковый вес . Это позволяет дать количественную оценку степени сходства и различия организмов путем вычисления коэффициентов сходства или соответствия. Для использования нумерической классификации необходимо как можно полнее изучить фенотипические признаки микроорганизма, так как от этого зависит точность помещения его в данную группу. [c.12]

В систематике бактерий можно выделить три взаимосвязанных аспекта первый — это классификация — распределение по группам бактерий со сходными фенотипическими или генетическими характеристиками второй — номенклатура — наименование бактерий в соответствии с международными принципами, правилами и рекомендациями (3], которые обеспечивают точное взаимопонимание бактериологов, работающих с различными бактериями, и третий — идентификация — сравнение неизвестных организмов с уже классифицированными бактериями с целью установления идентичности или наименования неизвестных организмов. Систематика требует прежде всего как можно более широкого изучения характеристик бактерий с последующим решением вопроса о том, как следует разделить или сгруппировать бактерии. Надежные схемы идентификации неизвестных организмов можно разработать только после того, как бактерии охарактеризованы и расклассифицированы. Так, систематика стремится установить порядок среди хаоса и расположить множество бактериальных видов в последовательной, ясной и удобной для использования форме. [c.5]

Выражение достаточно сходными из приведенного выше определения бактериального вида является источником большинства затруднений в классификации бактерий, так как то, что один человек считает достаточно сходным, не обязательно представляется таковым для другого. Однако совершенно очевидно чем больше известно о какой-то группе бактерий, тем более вероятно, что различные исследователи смогут прийти к одной приемлемой схеме классификации. Исторически сложившийся способ характеристики бактерий заключается в качественном описании как можно большего числа фенотипических признаков, основанных на морфологии, структуре, культивировании, питании, биохимии, метаболизме, патогенных и антигенных свойствах и экологии. Рутинные и специальные тесты для выявления многих из этих признаков описаны в гл. 20. Методы нумерической таксономии, приведенные в гл. 21, полезны для количественного определения сходства на основе фенотипических признаков они могут помочь в достижении объективности, которая иногда отсутствует в тех случаях, когда бактерии классифицируют по интуиции. Фенотипическое сходство не обязательно означает филогенетическую связь или родственность (обш-ность происхождения), однако в последние годы появились методы, основанные на гомологии нуклеиновых кислот, позволяющие группировать бактерии по степени их родства. Эти методы, описанные в гл. 22, позволяют сравнивать бактерии по нуклеотидным последовательностям их ДНК или РНК. [c.6]

Выбор тестов для анализа полностью зависит от исследователя. Более предпочтительными являются тесты, предназначенные для получения информации о единичном свойстве, т. е. об элементарном признаке. Элементарным признаком называется таксономическая характеристика двух или нескольких состояний, которая является логически неделимой, если только не меняется метод кодирования [5, 16]. В нумерической таксономии основными источниками информации для классификации и идентификации являются фенотипические признаки, генетические же признаки (гл. 22) в рамках указанного подхода обычно не используются. [c.101]

Описано несколько тысяч видов микроорганизмов, однако считают, что это составляет лишь около 5% от реально существую-Ш.ИХ. Изучение разнообразия микроорганизмов составляет предмет систематики. Основной ее задачей является создание естественной системы, отражающей филогенетические взаимоотношения микроорганизмов. До последнего времени систематика микроорганизмов базировалась преимущественно на фенотипических признаках морфологических, физиологических, биохимических и других. Поэтому существующие системы классификации носят в значительной степени искусственный характер. Однако они позволяют сравнительно легко идентифицировать некоторые вновь выделенные штаммы микроорганизмов. [c.189]

Наконец, очень часто мутации классифицируют по их фенотипическому проявлению, т. е. в зависимости от изменяющегося признака. Тогда рассматривают мутации летальные, морфологические, биохимические, поведенческие, устойчивости или чувствительности к повреждающим агентам и т. д. Возможно, это наиболее эклектичный способ классификации, но им довольно часто пользуются в специальной литературе. [c.294]

Наряду с уже рассмотренными классификациями существует также иотипическая классификация. Такая классификация представляет собой попытку избежать проблемы установления эволюционного родства, которое подчас оказывается очень трудным и очень противоречивым, особенно в тех случаях, когда необходимые ископаемые остатки слишком малочисленны или вовсе отсутствуют. Слово фенотипический происходит от греч. рЬашотепоп, т. е. то, что мы видим . Эта классификация основана исключительно на внешних, т. е. видимых, признаках (фенотипическое сходство), причем все учи-тьшаемые признаки считаются одинаково важными. Учитываться могут самые разнообразные признаки организма по принципу чем больше, тем лучше. И совсем необязательно, чтобы они отражали эволюционные связи. Когда накапливается определенное число данных, на их основе рассчитывается степень сходства между различными организмами обычно это делается с помощью компьютера, поскольку расчеты крайне сложны. Использование компьютеров в этих целях получило название численной таксономии. Фенотипические классификации часто напоминают филогенетические, хотя при их создании такая цель не преследуется. [c.16]

Более тонкий метод оценки генетического сходства организ-м ов — сравнение нуклеотидных последовательностей ДНК из раз-н ых источников методом ДНК—ДНК-гибридизации. Метод наи-<5олее полезен для классификации на уровне вида, т.е. в случае I высокой степени гомологии, и мало информативен для классификации объектов на уровне высоких таксонов . В то же время часто несовпадение выводов, сделанных на основании фенотипических признаков и ДНК-гибридизации. В целом значение данных о строении ДНК для систематики прокариот офомно, так как позволяет перейти от установления степени сходства к выводам о степени родства между организмами. [c.160]

Определительные (диагностические) таблицы, значительно облегчают биологу идентификацию организмов. Для этого прежде всего составляют перечень признаков данного организма и затем сопоставляют их с диагностическими признаками отдельных таксономических групп. Для определения, как правило, используются легко различимые признаки, такие как форма, окрас, число конечностей, сегментов и т. д. Следовательно, определение является искусственньш или фенотипическим, поскольку при этом полагаются исключительно на внешний вид (фенотип) организма. Несмотря на это, почти все диагностические таблицы позволяют определить принадлежность организма к определенному таксону, который является частью естественной филогенетической иерархической классификации. [c.16]

Специалисты по нумерической таксономии, занимающиеся главным образом сравнением фенотипических признаков, нашли возможным разработать фенетическую классификацию, которая согласуется, насколько позволяют судить современные данные, с концепцией эволюции. Обе системы классификации могут иметь и самостоятельное значение, как способы описания множества живых организмов, но в то же время они явно наводят на мысль о существовании эволюционного процесса. [c.294]

Объясняющая мощь этой теории еще не исчерпана. Возвращаясь к нашей классификации генетического анализа (т. е. на уровне ДНК-генный уровень, на уровне генного продукта-биохимический уровень, на качественном фенотипическом уровне, на уровне количественного фенотипа-биометрический уровень), можно сказать, что гальтоновский биометрический подход дает ответы на уровне, дальше всего отстоящем от генного действия. Другими словами, исследования с помощью методов биометрической генетики руководствуются теорией черного ящика . Две внешние наблюдаемые переменные (измерения признака у родителей и детей или других групп родственников) сравниваются друг с другом, но промежуточная биохимическая переменная неизвестна и остается в черном ящике (рис. 3.57). [c.247]

Понятия иерархии и ранга признаков едва ли могут быть обобщены. В принципе, признаки более низкого ранга должны выделять более мелкие группы внутри совокупностей, маркируемых признаками более высокого ранга. Наши наблюдения показывают, что подобная картина нереальна. Многие признаки, вернее их состояния, свойственные одной или нескольким большим группам популяций, могут проявиться и в других группах, маркируя уже значительно более мелкие структурные единицы [14, 20]. Тем самым ранг признака безусловно связан с природой каждой фенотипически единой группы популяций. В этой ситуации при выделении внутривидовых группировок, особенно крупных, не пригоден аппарат формальной логики всегда надо иметь в виду возможность отклонений от групповой нормы , игнорируя такие отклонения, если они достаточно редки и не систематичны. В частных случаях, когда рассматривается не все внутривидовое разнообразие, классификация с использованием ранжированных признаков может давать хорошие результаты [12]. [c.15]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология