Сайт узнавания для РНК-полимеразы

Д. Неправильно. Сигма-факторы взаимодействуют со специфической последовательностью ДНК, но лишь тогда, когда они входят в состав РНК-полимеразы. Аналогичным образом белки-активаторы взаимодействуют с РНК-полимеразой, но лишь в том случае, когда они связаны со своими специфическими сайтами узнавания в ДНК. [c.410]

При рассмотрении в трех измерениях все точки контакта, находящиеся против хода транскрипции от блока Прибнова, располагаются на одной и той же поверхности ДНК (рис. 11.5). Эти основания, вероятно, узнаются при первоначальном образовании закрытого бинарного комплекса. Это создает возможность для реакции узнавания между РНК-полимеразой и ДНК путем образования контакта между ферментом и одной из поверхностей ДНК, что является простейшей из возможных моделей. После того как расплетание ДНК началось, возможно узнавание и связывание со следующими сайтами, расположенными на другой стороне ДНК. [c.147]

ГО копированием 5 -геномного конца. У этих ДИ РНК отсутствует, таким образом, геномный сайт узнавания транскриптазы и лидер-последовательность на З -конце, а потому они неспособны действовать как матрицы для транскрипции поли (А) -содержащих кэппированных сигналов, хотя малый фрагмент РНК часто транскрибируется [30]. Новый сайт связывания полимеразы, генерированный на его З -конце, по всей вероятности, имеет более высокую аффинность к вирусной полимеразе (репликазе), чем З -геномный конец, и поэтому интерферирует с репликацией РНК стандартного вируса, конкурируя более эффективно за ограниченное число молекул полимеразы. Большая часть ДИ РНК из не сегментированных минус-цепочечных вирусов принадлежит к этому классу [30]. Хотя большая часть этих ДИ РНК имеет только одну точку делеции, возможность множественных делеций в некоторых ДИ РНК не должна быть исключена 2) 3 ДИ РНК эти ДИ РНК будут являться копией 5 ДИ РНК, т. е. будут содержать З -конец, но у них отсутствует 5 -конец геномной РНК. 5 -Конец этой ДИ РНК будет образован копированием З -конца ДИ РНК. Однако на сегодня ни одна из таких ДИ РНК неизвестна, а это предполагает, что 5 -конец геномной РНК не отвечает за репликацию вируса и морфогенез. В дополнение к активности связывания, полимеразы последовательность 5 -конца может иметь другие свойства, такие, как, например, сигнал нуклеации для сборки нуклеопротеида и образования вириона и т. д. Этот класс ДИ РНК, в случае его обнаружения, должен транскрибировать поли (А)-содержащие кэппированные сигналы таким же образом, что и геномная РНК 3) 5 —3 ДИ РНК эти ДИ РНК содержат внутреннюю делецию (делеции), но сохраняют оба 5 и 3 геномных конца и ожидается, что они будут транскрибироваться в молекулы РНК. Большая часть, если не все, ДИ РНК вируса гриппа [24, 51, 59] и некоторые ДИ РНК вирусов Сендай и УЗУ (вируса везикулярного стоматита) принадлежат к этому классу [4, 53] 4) сложные ДИ РНК любые ДИ РНК, которые не относятся ни к одному из этих упомянутых классов, будут входить в эту группу. Здесь происходят интенсивные изменения в ДИ РНК с образованием новых последовательностей и/или новых концов. УЗУ ДИ ЬТ2 [38], 18 3 ДИ РНК вируса леса Семлики [41] и мозаичная РНК вируса гриппа [43] являются примерами ДИ РНК этого класса. Транскрипционные свойства [c.259]

Одной из первых опубликованных работ, где было осуществлено секвенирование двух клонированных в векторе М13 фрагментов ДНК, полученных путем амплификации с использованием Кленовского фрагмента ДНК-полимеразы I в качестве фермента, была статья Шарфа и соавт [S harf et al., 1986]. Чтобы упростить процедуру лигирования, последовательности праймеров, используемые в их работе, несли в своей 5 -области сайты узнавания рестрикционных эндонуклеаз, но, несмотря на это, эффективность клонирования составила только 1%. Далее полученные клоны секвенировали обычным дидезокси-методом. [c.138]

Рис. 2.90. Единичная нуклеотидная цепь ДНК с характерной специфической последовательностью оснований. На 5 -конце, где начинается транскрипция, обозначены два характерных участка СААТ и ТАТА (80 и 30 п.н.). По аналогии с бактериальным геномом предполагают, что последовательность СААТ служит сайто.м узнавания для РНК-полимеразы, а участок ТАТА является промоторным для индуцируемой полимеразой транскрипции. ДНК транскрибируется в комплементарную последовательность РНК, включая интроны. Затем РНК подвергается процессингу, интроны удаляются, 5 -конец кэпируется , а З -конец закрывается последовательностью poly А. После этого созревшая мРНК проходит через ядерную мембрану и прикрепляется к рибосоме, где генетическая информация транслируется в белковую последовательность.

Справочник химика 21

Химия и химическая технология