Амидгидролазы комплекса

Субстратами многих амидгидролаз являются соединения, несущие ионогенные группы. Учет ионизации субстрата приводит к довольно сложным зависимостям кинетических констант от pH. Для простейшего случая, когда фермент связывает только одну форму субстрата, а константа диссоциации свободного фермента и фермент-субстратного комплекса одинаковы [c.214]

Таблица 67. Константы скорости образования и распада комплексов амидгидролаз с лигандами Е + Ь

К сожалению, имеется мало данных о величинах к и к для типичных субстратов амидгидролаз (табл.68). В большинстве случаев такие исследования проводились с плохими субстратами или ингибиторами. Кроме данных, приведенных в табл.68, имеются качественные результаты, свидетельствующие о стадийности образования комплексов с амидгидролазами 12972,2976,2992-29971 и данные для ферментов других классов и неферментных белков (см., например [2998-30031). [c.277]

В ЭТОМ разделе мы остановимся на некоторых общих вопросах структуры комплексов амидгидролаз. а затем подробно рассмотрим отдельные примеры, касающиеся структуры комплексов представителей четырех групп рассматриваемых ферментов. [c.285]

Фактический материал по каталитическим свойствам амидгидролаз (кинетика, спеодфичность, рН-зависимость и т.п.) собран в двух последующих главах. Эти данные вместе с результатами кристаллографических исследований являются основой для понимания собственно каталитического акта. Здесь целесообразно сначала проанализировать структуру фермент-субстратных комплексов и лишь затем - собственно акт химического расщепления связи. Первый этап такого анализа в настоящее время основывается на сравнительно немногочисленных данных рентгеноструктурного исследования комплексов ферментов с ингибиторами или очень медленно расщепляемыми субстратами (квазисубстратами). Экстраполяция этих данных на истинные фермент-субстратные комплексы требует известной осторожности, однако без этого любые выводы а механизме реакции будут не более чем гипотезами. [c.8]

Р I и Р I - экспериментальные и вычисленные факторы структурных амплитуд. В настоящее время рентгеноструктурные данные с таким и более высоким разрешением получзны для многих амидгидролаз, некоторых их зимогенов и большого числа комплексов ферментов с аналогами субстратов (табл.18 и гл.6). [c.73]

Другой тип моделей амидгидролаз, хотя и не относится формально к макро-молекулярннм соединениям, но близок им по способности образовш ать комплексы с субстратом. Речь идет о краун-эфирах (ХЬ) и близких им по структуре соединениях 16461. [c.139]

Сравнение эффективности различных амидгидролаз имеет, однако, относительную ценность, поскольку нет уверенности в том, что рассматриваемые сейчас субстраты являются наилучшими, а конгруэнтные модели действительно конгруэнтны. Важно отметить лишь, что амидгидролазы относятся к числу весьма эффективных ферментов, причем не исключено, что их эффективность определяется стадиями ассоциации и диссоциации соответствующих комплексов с субст- [c.193]

Во ВСЯКОМ случае, первый этап взаимодействия - это неполная "подстройка" фермента и лиганда. Для истишшх субстратов амидгидролаз, очевидно, конечный комплекс (ЕЪ или ЕЗ ) должен быть продуктивным фермент-субстратным комплексом. Первый же комплекс может быть результатом "заякоривания" субстрата ферментом по участку наибольшей специфичности, например участку первичной специфичности. Тогда можно себе представить, что вторая стадия заключается в реализации вторичных взаимодействий (вторичной специфичности) и она может сбпровождаться конформационными перестройками, вызывающими изменение структуры фермент-субстратного комплекса. Следствия таких представлений для понимания специфичности и эффективности катализа амидгидролазами будут изложены в разд.В.9. [c.278]

Химическое превращение субстратов амидгидролаз осуществляется при участии каталитически активных групп фермента, функционирующих как нуклеофильные, общие основные и общие кислотные катализаторы. Характерной особенностью ка тализа, по-видимому, является действие нуклеофильной группы на резонансно дестабилизированную связь в продуктивном фермент-субстратном комплексе. Элементарный акт химического изменения субстрата должен в этом случае ходить со скоростями, близкими к скоростям диффузионно контролируемых процессов. Гидролитическая реакция многостадийный процесс, проходящий обычно через образование тетраэдрических промежуточных соединений, корость обра зования и распада которых определяется структурой субстрата и, главным об разом, свойствами уходящей группы. [c.348]