Исследование механизмов действия ферментов

ИССЛЕДОВАНИЕ МЕХАНИЗМОВ ДЕЙСТВИЯ ФЕРМЕНТОВ [c.374]

Исследования механизма действия фермента имеют своей целью, во-первых, идентификацию непосредственно контактирующих с субстратом ( контактных ) аминокислотных остатков активного центра, во-вторых, выявление вспомогательных аминокислотных остатков, располагающихся близко к контактным остаткам и влияющих на их свойства, и, наконец, в-третьих, выяснение распределения аминокислотных остатков, ответственных за поддержание вторичной и третичной структур той части полипептидной цепи, которая содержит контактные и вспомогательные аминокислотные остатки. [c.107]

С другой стороны, существуют достаточно большие сложности в интерпретации стационарно-кинетических данных. Идентификация лимитирующих стадий реакции — одна из наиболее сложных задач в исследовании механизмов действия ферментов. [c.33]

Можно ожидать, что удастся получить наибольшее число сведений путем исследования механизмов действия ферментов, не дожидаясь окончания трудной работы по созданию подходящих моделей. [c.336]

С другой стороны, существуют достаточно большие сложности в интерпретации стационарно-кинетических данных. Идентификация лимитирующих стадий реакции — одна из наиболее сложных задач в исследовании механизмов действия ферментов. Рассмотрим несколько подходов для определения лимитирующей стадии реакции. [c.98]

Второй пример — исследование механизма действия фермента в условиях протекания ферментативной реакции. Помимо определения стадии связывания и выявления конформационных изменений, в этой реакции необходимо исследовать стадии образования и разрыва связей и идентифицировать промежуточные соединения. Химические процессы обычно лучше всего исследовать методами, которые позволяют прямо измерить концентрацию химических соединений, например методом остановленной струи с регистрацией оптической плотности раствора и методом замороженной струи. Иногда лучше воспользоваться косвенными методами, например методом флуоресцентного анализа. Идеальной для исследования является такая ситуация, когда промежуточное соединение накапливается и его можно обнаружить и измерить концентрацию. Вообще для подтверждения имеющихся данных и получения новых следует привлекать возможно большее число различных методов. Примеры применения таких методов даны в гл. 7. [c.152]

ПРИМЕРЫ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ КИНЕТИЧЕСКИХ МЕТОДОВ ДЛЯ ИССЛЕДОВАНИЯ МЕХАНИЗМА ДЕЙСТВИЯ ФЕРМЕНТОВ [c.211]

Накопление промежуточных соединений при исследовании механизма действия фермента часто наблюдают в тех случаях, когда используют синтетические субстраты, обладающие высокой реакционной способностью (например, эфиры при изучении химотрипсина), или когда работают при необычных pH (например, в кислой среде при исследовании щелочной фосфатазы). Все это обусловлено причинами принципиального характера. Естественное следствие принципа максимизации скорости путем увеличения как кс и так и 7(м состоит в том, что накопление промежуточных соединений уменьшает скорость реакции.Любое накапливающееся промежуточное соединение уменьшает /(м реакции, приводя к насыщению при более низких концентрациях субстрата. Посмотрим на эту проблему с другой стороны. Если промежуточное соединение накапливается, то это означает, что константа скорости его исчезновения меньше константы скорости образования. Следовательно, скорость реакции ниже, чем [c.325]

Одним из наиболее важных методов исследования механизма действия ферментов, участвующих в переносе водорода между двумя углеродными атомами, состоит в использовании изотопов водорода. Эти эксперименты с каждым годом становятся все сложнее, и, чтобы лучше в них разобраться, стоит рассмотреть их в ретроспективном плане. [c.404]

Многие из общих подходов к исследованию механизма действия ферментов также применимы и к изучению роли ионов металлов в ферментативном катализе. Схемы координации, описывающие взаимодействие фермента, металла и лиганда, могут быть изучены методами, применяемыми при определении стехиометрии и сродства связывания белками небольших молекул. Эти методы включают гель-фильтрацию в присутствии или в отсутствие небольших молекул [49], метод скоростного диализа [50], ультрафильтрацию, метод ультрацентрифугирования по Хейесу — Велику [52], равновесный диализ [53], а также методы для измерения только сродства взаимодействия [54—58]. Выбор схемы координации ионов металлов и лигандов с ферментами с помощью этих методов возможен только при отсутствии влияния других факторов. Например, если образуется комплекс Е — лиганд — М +, фермент должен проявлять значительное сродство к иону металла только в присутствии лиганда. И, наоборот, если образуется комплекс Е — М + — лиганд, то не должно происходить значительного связывания лиганда в отсутствие иона металла. Однако практически ферменты часто проявляют склонность к связыванию обоих компонентов комплекса, невзирая на выбранную схему координации. Следовательно, важны данные, полученные с учетом стехиометрических и кинетических критериев. Такие важные типы комплексов, как Е — лиганд — М + и Е — М + — лиганд, обычно содержат все три компонента в эквимолярных количествах. Более [c.449]