Топологические перестройки ДНК

Перестройки, происходящие при репликации, могут быть связаны с реакциями, которые вызывают в отдельных молекулах ДНК структурные изменения более высокого порядка (в суперспирализации). Действительно, топологические перестройки ДНК-это основной аспект, который необходимо учитывать при рассмотрении всех ее функциональных активностей-рекомбинации, репликации и транскрипции. Следует напомнить, что для всех этих процессов дуплексная структура ДНК служит препятствием, которое преодолевается какой-либо реакцией, связанной с разделением цепей. Таким образом, все рекомбинационные события представляют собой топологические перестройки разных типов. [c.410]

Такой тип движения позволяет точке обмена в рекомбинационной промежуточной структуре перемещаться в любом направлении. Чтобы в естественных условиях поддерживалось образование протяженных областей гетеро дуплексной ДНК (более 1000 пар оснований), скорость миграции ветви должна быть, по-видимому, достаточно высокой. При вовлечении в реакцию двухцепочечных молекул могут оказаться необходимыми топологические перестройки либо спираль ДНК должна иметь возможность свободно вращаться, либо с помощью топоизомеразы должны сниматься топологические ограничения. [c.445]

Мы увидим, что близость окончательного (реализованного) волнового числа к предпочтительному прямо связана с возможностью перестройки валов по ширине. Такую перестройку — сжатие или расширение валов без топологических изменений и существенного нарушения двумерности — будем называть релаксацией. [c.143]

Химическая топология рассматривает различия в строении и свойствах соединений, которые идентичны по признакам 1, 2 и 3 и, несмотря на это, не могут претерпевать взаимного превращения за счет конформа-ционных изменений, таких, как вращение вокруг осей или деформации валентных углов взаимное превращение может происходить только при разрыве и перестройке химических связей. Соединения, которые можно классифицировать таким образом, Фриш и Вассерман назвали топологическими изомерами [3]. Согласно этой номенклатуре узел 3 и макроцикл 4 или катенан 1 и катенан с двойным витком 6 являются топологическими изомерами. Авторы считают, что катенан 1 и два цикла 5 также являются топологическими изомерами, хотя понятие изомерии должно быть ограничено соединениями с одинаковой молекулярной формулой [35]. Если пренебречь этим ограничением, как в случае 1 и 5, то два соединения [c.15]

Движение дислокаций чаще всего происходит в направлении, параллельном валам переползание — limb), хотя иногда отмечалось и перемещение в перпендикулярном направлении, сопровождаемое топологическими перестройками системы валов вблизи дислокации (скольжение — glide). В п. 6.5.3 мы увидим, что скорость переползания определяется фоновым волновым числом структуры и что переползание является одним из тех возможных сценариев эволюции структуры (иногда называемых механизмами отбора ), которые приближают волновое число к оптимальному. [c.100]

Топологические перестройки ДНК играют важную роль в проявлении ее функциональных активностей (репликации и транскрипции), а также в организации структуры более высокого порядка. Исходное описание ДНК как двухцепочечной спиральной молекулы предусматривало, что ее синтез включает разделение родительских цепей. Это предположение получило экспериментальное подтверждение, после того как был доказан полуконсервативный способ репликации ДНК (гл. 31). Цепи способны разделяться при поглощении энергии, достаточной для разрыва нековалентных связей, стабилизирующих двойную спираль. Следует учесть, однако, что цепи не просто лежат рядом друг с другом они взаимозакру-чены, поэтому для их разделения необходимо вращение. Некоторые возможные способы раскручивания показаны на рис. 32.1. [c.409]

Важнейшим топологическим свойством сетки является наличие циклических структур. По замечанию Флори [8, с. 458], связывание всех цепей системы при сшивании в одну гигантскую молекулу еш,е не приводит к образованию сетки, ибо такая система способна релаксировать и рассеивать любые напряжения, если будет достаточно времени для перестройки конфигурации этой гигантской структуры . Только те поперечные связи, которые возникают уже в этой структуре, образуют истинную сетку. Таким образом, сеточная структура, согласно Флори, немыслима без наличия в ней циклов. Отсюда проблематичность возможности описания топологической структуры трехмерного полимера моделью ветвяш егося дерева. [c.133]

Указанные представления дают возможность по-новому взглянуть на сам эффект вынужденной эластичности густосшитых полимеров, а именно вынужденно-эластическая деформация густосшитых полимеров обеспечивается, как и в линейных, перестройкой цепей под нагрузкой, однако возможность полной реализации такой перестройки связана с обязательным разрывом некоторой части наиболее нагруженных межузловых цепей, т. е. с обязательной перестройкой топологической структуры полимера в ходе вынужденно-эластической деформации. [c.239]

Внедрение молекулы амина в анион В Нхэ сопровождается такой же перестройкой системы связей, какая происходит при образовании иона В10Н14 -из иона В10Н13- (см. стр. 395). Топологическая диаграмма иона ВюИ дЬ представлена на рис. 31, из которого видна идентичность его структуры со структурой иона ВюНг4 , а также со структурой нейтральных комплексов ВщН зЬа (с д. стр. 397). [c.396]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология